Гипотезы ювенильных и ископаемых вод с самого начала имели сторонников и противников. К настоящему времени, благодаря накопленному обширному материалу по гидрогеологии глубоких горизонтов, обе концепции претерпели значительные изменения, однако остались в основе наших знании о происхождении ресурсов и состава подземных вод и в той или иной мере подтверждены новыми фактами.
Так постепенно происходило становление гидрогеологии. С годами появились успехи в познании динамики и состава подземных вод, изучении региональных гидрогеологических закономерностей и использовании подземных вод для водоснабжения и в медицине. Все это нашло отражение в фундаментальных обобщениях и учебных пособиях, среди которых наиболее известными считались труд русского гидрогеолога П. В. Отоцкого, трижды переиздававшаяся книга знатока грунтовых вод и минеральных источников Центральной Европы немецкого гидрогеолога К. Кейльгака и работы американца О. Мейнцера — специалиста в области теоретической и прикладной гидрогеологии. Особо хочется отметить исследования, проведенные сибирским геологом А. В. Львовым и положившие начало изучению подземных вод мерзлой зоны Земли.
Резкий скачок в развитии гидрогеологии произошел в нашей стране в 20–30-е годы, когда изучение подземных вод приобрело планомерный характер. Опираясь на богатый отечественный опыт и огромный фактический материал, советские гидрогеологи выступили с новыми теоретическими и прикладными разработками буквально по всем направлениям гидрогеологии. Это вопросы классификации подземных вод, принципы гидрогеологического картирования и районирования, закономерности распределения и формирования воды в недрах Земли, методические приемы гидрогеологических исследований, проблемы рационального использования подземных вод. В Ленинграде, Москве, Новочеркасске, Томске, Ташкенте появились кафедры, специализировавшиеся на выпуске инженеров-гидрогеологов.
Первый учебник гидрогеологии в нашей стране (1922 год) составил новочеркасский профессор П. Н. Чирвинский. Ему же принадлежит создание исторического направления в гидрогеологии. Весомый вклад в развитие гидрогеологии внесли М. М. Васильевский, А. И. Дзенс-Литовский, О. К. Ланге, Н. Ф. Погребов, Ф. П. Саваренский, Н. Н. Славянов, Н. И. Толстихин. Из большого числа работ, посвященных подземной гидросфере и гидросфере вообще, следует указать на «Историю природных вод» академика В. И. Вернадского, опубликованную в середине 30-х годов. В ней обобщен опыт многовекового изучения воды на Земле. Книга эта не утратила своего энциклопедического значения и в наши дни. В. И. Вернадский не отрицал наличия ювенильных и ископаемых вод, но считал, что в основной своей массе вода проникает в земную кору сверху и имеет метеорную природу. Очень важное значение он придавал переходу воды из одного состояния в другое. Он же обратил внимание на воду, выделяемую из минералов, и водяные пары, часть которых освобождается из магмы или, наоборот, захватывается ею.
В 30–40-х годах сформировалась школа советских гидрогеологов во главе с талантливым ученым и крупным организатором науки академиком Ф. П. Саваренским. Ему принадлежат глубокие теоретические обобщения, заслуга в основании при Академии наук СССР Лаборатории гидрогеологических проблем. Достойными представителями этой школы, продолжателями традиций Ф. П. Саваренского были член-корреспондент АН СССР Г. П. Каменский, открывший новые закономерности движения и формирования подземных вод, и профессор А. М. Овчинников — автор оригинальных трудов по минеральным водам, гидрогеохимии и палеогидрогеологии. В 50–70-х годах составлены гидрогеологические карты СССР (И. К. Зайцев, Н. А. Маринов, Н. В. Роговская), карты подземного стока (Б. И. Куделин), минеральных вод (В. В. Иванов).
Некоторые зарубежные ученые (Д. К. Тодд и Р. де Уист в США и А. Гисслер в ГДР) склонны в учении о подземных водах различать гидрогеологию («геологию подземных вод») и геогидрологию («гидрологию подземных вод»). Такой подход представляется формальным, ибо сразу возникает вопрос, куда же тогда относить, скажем, «геохимию подземных вод» или «физику подземных вод»?
Во второй половине XX века в гидрогеологии фактически наступил качественно новый этап развития. Если до этого в ней господствовал описательный элемент и она была учением о явлениях, то теперь стала превращаться в науку о процессах, стремящуюся вскрыть присущие предмету ее исследований закономерности. Совершенно иной уровень приобрел элемент предвидения в связи с глубоким воздействием человека на жизнь подземной гидросферы.
