Труды основателя города-порта и устроителя Черноморского флота Потемкина, его сподвижников и помощников увенчались скорым успехом. Уже через 20 лет после основания, 23 февраля 1804 г., Севастополь указом внука Екатерины Великой Александра I был назначен «главным военным портом» России на Черном море, а купеческим кораблям разрешалось заходить в него только во время шторма или поломки.
Предназначение и весь смысл существования Севастополя — это корабли и море, весь город повернут к морским просторам. Уже когда корабль огибает маяк на мысе Херсонес, вдали появляется громадное скопление построек, и взору предстает величественный город, основанный нашими предками. Дома раскинулись по медленно поднимающейся от моря равнине Гераклейского полуострова. Равнина сменяется каменными холмами, берег опоясывают обрывы, проплывают белая колоннада и развалины большого собора. Это древний Херсонес, откуда первые строители брали камень для зданий. Городские дома тянутся все выше и выше, располагаясь террасами, соединенными между собой лестницами. Днем при ярком солнце ослепительно сияют белые фасады, а вечером холмистые дали покрываются разноцветными огоньками: бухта превращается в широкий освещенный проспект. Таким вспоминается современный Севастополь, когда перелистываешь старинные архивные фолианты в массивных кожаных переплетах, повествующие о первых годах жизни города, слава которого — слава великого Потемкина. Уже только за этот могущественный порт, принесший гордость и богатство России, мы можем говорить о светлейшем в превосходной форме.
Во время войны 1787–1791 гг. строительство кораблей не прекращалось, причем для большей безопасности этих работ был создан новый порт с адмиралтейством и верфями — Николаев. Он расположился в устье реки Ингула и был назван в память штурма Очакова 1788 г., происходившего в день святого Николая Чудотворца.
Уже в конце 1787 г. под руководством адмирала Н.С. Мордвинова трижды промерялись глубины Бугского лимана и устья Ингула. В июне 1788 г. по распоряжению Потемкина, заметившего во время осмотра очаковской степи достоинства указанного места, штурман Гурьев вновь измерил глубину и изучил пределы судоходности Ингула, а полковник М.М. Фалеев начал строить походный лазарет в селении Витовке, расположенном в урочище на берегу Бугского лимана, в нескольких километрах южнее будущего города. Вскоре при устье Ингула были заложены эллинги для строительства кораблей. В октябре 1788 г. в Витовку для проектирования дворца Г.А. Потемкина прибыл архитектор В.В. Ванрезант.
Для руководства строительством города был приглашен инженер И.И. Князев, составивший проекты планировки не только города, но и собора, заложенного в 1789 г. (окончательно построен в 1794 г.). Была организована «Канцелярия строений города Николаева» во главе с инженером Коноплиным. Город возводили преимущественно солдаты и пленные, но к работам привлекались и крестьяне. Специально для рабочих Николаева и больных в госпитале Г.А. Потемкин приказал Фалееву выдавать горячее вино; в 1789 г. в городе жили и работали 2,5 тыс. человек. В результате их напряженного труда многое было сделано, и в октябре Фалеев смог донести Потемкину, что «пристань доделывается. Вынимание земли на эллинги рекрутами и турками производится и через месяц уповательно оное кончится. Колодезь каменный сделан. Магазины для пристани делаются. В городе Николаеве 9 казарм каменных и 5 деревянных покрывают… Сверх того и еще заложено каменных казарм 4 и офицерских связей 3…». В связи с этим Потемкин ходатайствовал об официальном утверждении Николаева — нового города на южных пределах Российской империи.