Благодаря трудам о. Хрисанфа молодая православная община в Сеуле зажила полнокровной жизнью. За время его миссионерской деятельности были крещены 14 корейцев; это только один пример плодотворной деятельности энергичного начальника миссии. Готовилась к печати книга первоначальных наставлений в вере; в окрестностях Мунсана, города в 35 км к северу от Сеула действовали корейские катехизаторы. (Мунсан был разрушен во время корейской войны 1950–1953 гг., в нем не осталось ни одного прежнего здания).
В отчете о деятельности Русской духовной миссии в Корее за 1902 г. сообщалось, что в школе для корейских православных мальчиков обучалось 10 человек, из которых 6 находились на полном содержании миссии. «Дети воспитываются в строго православном духе, – отмечалось в отчете, – они изучают Символ веры, заповеди, краткие рассказы из Священной истории Ветхого и Нового Завета. С корейским же учителем они проходят «Тысячесловие» (Чхнь-чжа-мунь). Посещая неопустительно церковные службы, ученики поют на корейском языке «Верую», «Отче наш» и «Господи, помилуй», а на славянском языке принимают участие в прочих песнопениях литургии и всенощной».
В 1905 году в Москве вышла в свет книга «Корейцы-христиане». Ее автор – архимандрит Павел (Ивановский) (будущий начальник РДМ в Корее) писал: «Протестантские миссии главный тормоз своей деятельности усматривают в почитании корейцами предков – в культе предков. Это понятно, потому что почитание родителей и предков у корейцев является краеугольным камнем общественной и религиозной жизни. Протестанты же не признают молитв за умерших. Другое дело – Православная Церковь; ее высокохудожественный, умилительный погребальный чин, служение сорокоустов, панихид, особые дни поминовения усопших – общие и частные – все это должно прийтись по сердцу корейцам. И вот, если отбросить недостойное и незаконное в корейском культе предков – поклонение духам, то все остальное послужит не помехой, а, наоборот, помощью в делах православной миссии».
В своей книге архимандрит Павел пишет: «Дай Боже, чтобы над Кореей скорее воссияло солнце Православия, воссияло уже светом невечереющим…».
Все шло хорошо до того момента, когда разразилась катастрофа. Япония прервала долго тянувшиеся переговоры с Россией, и в ночь с 26 на 27 января 1904 г. начала военные действия. Без объявления войны японцы напали на три русских корабля и потопили их в гавани Инчон (в то время она была известна под именем Чемульпо, название, принадлежащее всему району гавани). Японцы принудили корейского императора подписать договор, предоставлявший японским войскам свободный проход через страну. Война была короткая – немногим более года – и на Корейском полуострове военных действий не велось. Но война перечеркнула все планы России в Корее, а русская крепость Порт-Артур была потеряна.
Корея подверглась японской оккупации, и все русские граждане были вынуждены покинуть ее пределы. 12 февраля 1904 г. русская дипломатическая миссия на французском крейсере «Паскаль» покинула Корею. С большой скорбью расстался с паствой и о. Хрисанф. В феврале 1904 г. вместе со своими сотрудниками он выехал из Кореи. Имущество миссии было описано и вверено на сохранение французскому посольству.
Перед отъездом архимандрит Хрисанф обратился за помощью и к англиканским миссионерам. Он оставил экземпляр своего корейского катехизиса в англиканской миссии, и о. Вильфред Герней с помощью «доброго плотника по имени Николай» посещал и поучал 20 или 30 семейств в Сеуле и Мунсане.
Сотрудники православной миссии были высланы из Сеула японской военной администрацией и нашли временный приют в Шанхае в отделении Пекинской Православной миссии. По возвращении в Россию о. Хрисанф был рукоположен в епископа Елизаветградского, но его архипастырское служение длилось недолго – в 1906 г. он скончался от туберкулеза, прожив всего 37 лет.
В ноябре 1906 года Корея была вынуждена подписать договор признания над собой японского протектората. Император Коджон безуспешно пытался призвать на свою сторону иностранных государственных деятелей во время Гаагской мирной конференции в 1907 году. В ответ на это проявление неповиновения японцы вынудили Коджона отречься от престола в пользу его сына Сунджона.
Новый период в истории Русской миссии в Сеуле наступил после нормализации отношений между Россией и Японией. Достойным преемником о. Хрисанфа стал архимандрит Павел (Ивановский). С четырьмя помощниками, прибывшими вместе с ним из России в Сеул, он энергично трудился на миссионерском поприще.