В марте 1967 года в джунглях департаментов Санта-Крус и Чукисака появились партизанские группы во главе с аргентино-кубинцем Эрнесто Че Геварой. Местом расположения партизанского отряда был избран район, прилегавший к нефтепромыслам «Боливиэн галф ойл компании». Здесь было куплено ранчо «Каламина», недалеко от которого протекала река Ньянкауасу.
23 марта произошло первое столкновение между отрядом Че Гевары и правительственными войсками. 10 апреля пять провинций департаментов Чукисака и Санта-Крус были объявлены на чрезвычайном положении. Для борьбы с партизанами сюда были направлены 4-я и 8-я дивизии, усиленные подразделениями рейнджеров. Борьбу с партизанами поддержали также Аргентина, Бразилия и Парагвай, так как район действия отряда находился недалеко от границы с этими странами. Они выдвинули войска в приграничные районы, создав второе кольцо окружения вокруг партизанской зоны.
Активное участие в специальных операциях против отряда Гевары приняли США через своих советников и сотрудников ЦРУ. В начале апреля 1967 года в Вашингтоне состоялось совещание координационной противоповстанческой группы. Вскоре в Боливию были направлены военные советники США, которые в Ла Эсперанса организовали обучение 600 боливийских солдат для антипартизанских действий. Обучением руководил майор Ральф «Паппи» Шелтон, ранее создававший антипартизанские школы в Доминиканской Республике и Лаосе. С апреля 1967 года американские военно-транспортные самолеты С-130 и С-141 из зоны Панамского канала стали доставлять оружие и снаряжение в Ла-Пас и Санта-Крус.
За месяц до первого боя партизан с войсками генерала Баррьентоса, в феврале 1967 года, из отряда Гевары бежало двое шахтеров. Они сдались властям и сообщили все подробности об отряде, его вооружении, связях, системе обеспечения в городах и т. д.
Уже в июле 1967 года президент Баррьентос объявил о начале операции по ликвидации партизанского движения, получившей кодовое название «Операция Синтия». План операции был разработан американскими советниками. В зоне действия партизан была установлена тщательная слежка. По малейшему подозрению в связях с партизанами или симпатиях к ним людей хватали и доставляли в центры, созданные ЦРУ. Все населенные пункты, дороги и речные переправы были взяты под контроль армии и специальных войск министерства внутренних дел и управления национальной полиции. По странной случайности именно здесь в это же время американцы из «Корпуса мира» начали проводить исследования «социальных отношений в деревне».
С осени 1967 года общая численность американских военных специалистов в Боливии достигла тысячи человек. Начальник генштаба армии США генерал Джонсон и командующий Южным командованием США генерал Портер настаивали на интервенции США в Боливию силами войск 8-й группы «зеленых беретов». Директор ЦРУ Ричард Хелмс предлагал поручить ликвидацию Че Гевары своему Управлению. В конце концов, была создана специальная оперативная группа во главе с генералом Уильямом Скером, начальником разведки Южного командования США, имевшим опыт подавления партизанского движения в Перу, Колумбии и Венесуэле. Командование операцией непосредственно в Боливии взяли в свои руки начальник 8-й группы «зеленых беретов» генерал Генри Элджер и руководитель резидентуры Центрального разведывательного управления в Боливии полковник Эдвард Фокс.
Используя самолеты-разведчики «Локхид У-2», разведка ВВС США провела съемку районов местонахождения основных баз партизан. Для этой же цели были использованы спутники-шпионы Управления национальной разведки США. В конце сентября начался заключительный этап «Операции Синтия». В зону действия группы партизан, насчитывавшей всего несколько десятков человек, была брошена треть боливийской армии. Командующий боливийскими ВВС генерал Хорхе Бельмонте заявил корреспондентам, что против партизан применяется напалм.
7 октября 1967 года партизаны вошли в ущелье Юро. Гевара не знал, что его предали и что боливийские рейнджеры и их американские советники были в курсе маршрута отряда и подготовили здесь засаду. В 8 часов 30 минут Геваре сообщили, что вокруг ущелья Юро находятся солдаты. Начался бой. Часть партизан прорвала цепь окружения и ушла от преследования. Раненный в ногу Гевара был взят в плен.
Генерал Рене Баррьентос Ортуньо принял решение о расстреле раненого и плененного Эрнесто Че Гевары 9 сентября 1967 года. В ночь на 21 июля 1968 года границу Боливии с Чили перешли два человека, тут же попросившие у властей политического убежища. Выяснилось, что один из беглецов – боливийский министр внутренних дел Антонио Аргедас, а второй – его брат Хайме. Аргедас, бывший летчик и в молодости коммунист, бежал из страны, бежал из страны, чтобы разоблачить проамериканскую политику своего бывшего друга – диктатора генерала Рене Баррьентоса.