В 1819 году были преданы земле все экспонаты анатомического кабинета Казанского университета, по причине того, что «мерзко и богопротивно» употреблять «создание и подобие Творца человека на анатомические препараты» (хотя «распилить» тело «святого» на мощи – считалось богоугодным, но для поиска причин болезни и лечения оной нельзя).
В 1866 г. появилась замечательная книга русского ученого И.М.Сеченова «Рефлексы головного мозга». Опасаясь, что развитие естествознания и распространение материалистических идей подорвет основу христианской религии – веру в бессмертие души, по настоянию духовных цензоров эту книгу «за изложение самых крайних материалистических взглядов» признали вредной и наложили на нее арест. Автора хотели сослать в Соловецкий монастырь «для смирения и исправления». Но к книге И.М.Сеченова было привлечено внимание общества, и, боясь возбудить к ней особый интерес, цензурное ведомство было вынуждено снять с нее арест. Однако труд И.М.Сеченова продолжал долгое время числиться в списках запрещенных книг. Автора книги зачислили в число «неблагонадежных» и запретили ему читать лекции для народа («Материалы по пересмотру действующих постановлений цензуры и печати», ч. I. СПб., 1870, с. 499–505; В.Прокофьев. Атеизм русских революционных демократов. М., 1955, с.88).
Священники с непримиримой враждебностью относилась не только к отдельным ученым, но и к материалистической науке в целом. Так, харьковский епископ Амвросий писал в 1901 г., что развитие науки приводит к росту неверия. («Вера и разум», 1901, № 12). Другой епископ, Иннокентий, призывал отказаться от научного мировоззрения и вернуться к вере («Вера и разум», 1901, № 12). Служители культа пытались убедить народ, что наука не принесла человечеству пользы, что она бесплодна и бессмысленна, не нужна для практической жизни.
Церковь активно участвовала в образовательном процессе. Закон Божий являлся первым и главным предметом изучения в начальной школе и значимым в средней школе. Одним из основных видов начальной школы были церковно-приходские. В состав Закона Божьего как школьного предмета в начальной школе входили катехизис, церковные молитвы, Священная история, разъяснение богослужения. Право преподавать Закон Божий имели только священнослужители или лица, получившие образование в духовных семинариях. В гимназиях учащиеся, записанные православными, изучали его с первого по седьмой класс, по два часа в неделю. Наряду с умением читать, знание основ православия являлось одним из обязательных требований к поступающим в гимназию. (Вячеслав Черемухин. Закон Божий в годы Великой российской революции и Гражданской войны. https://readli.net/chitat-online/?b=1029866&pg=5).
Православные ученики должны были ежегодно представлять справку об исповеди и причастии. Художник Евгений Спасский вспоминал: «Посещение же всех церковных служб именно в своей церкви было обязательным, при входе в церковь сидел надзиратель и в журнале отмечал приход ученика. Пропуск одной службы без уважительной причины, то есть без справки от врача, значит, в четверти по поведению будет четыре; пропуск двух – вызывают родителей, а трёх – увольнение из гимназии. А служб этих было без конца: суббота, воскресенье и каждый праздник, все отдыхают, а мы стоим, и стоим подолгу, так как священник наш был тягомотный и служил медленно и долго» (Религия в Российской империи. Религия и образование https://wiki2.org/ru/).
Церковно-приходская школа рассматривалась как дополнение к церкви. Из церковных школ «изгонялись» учебники прогрессивных педагогов – К.Д.Ушинского, И.А.Худякова, В.П.Вахтерова. Их заменяли антинаучные учебники, составленные в религиозно-монархическом духе. Представители церкви говорили: «Пусть дети лучше останутся темными людьми, но добрыми христианами и верными сынами царя и отечества, чем будут грамотными, но напитанными ядом революции» (П.С.Иващенко. Народная школа в Белоруссии с конца XIX в., дисс., с. 54).
И церковь преуспела в том, чтобы русский народ не просто был темным, но в значительной степени оставался неграмотным. Статистические данные по этому вопросу уже приводились выше. Священники запрещали пользоваться учебными пособиями – картинами по географии, зоологии, даже глобусом, ибо школа должна развивать не ум, а сердце и религиозность.