Мало кто решился на открытое возражение против страшного разорения монастырей. Резкий протест выразил митрополит Ростовский Арсений (Мацеевич), за что был подвергнут суровой расправе: лишению сана, а потом заключению в каземат, в котором он скончался после беспримерных страданий. И правительство стало относиться к Церкви с бесцеремонностью, которая заставляла вспомнить о временах бироновщины. Отсюда и назначение И.И. Мелиссино, а затем П.П. Чебышева обер-прокурором Синода.
Архиереи из великороссов, в отличие от выходцев из мало-российского монашества, вместо тщетных сокрушений о понесённых Церковью утратах, обдумывали пути устроения монастырской жизни в новых условиях. В оскудении монастырей «сёлами и виноградами», в их обнищании они открывали новые возможности для возрождения в них подлинно аскетического духа. В монастырях они вводили общежительный устав.
В XVIII столетии духовенство выделилось в отдельное сословие. Кандидатами на замещение церковных мест становились, как правило, выходцы из духовного чина. Духовные школы приобрели сословный характер. Распространилась негласная практика передачи церковных мест по наследству. Дом и усадьба священника, как правило, находились в его частной собственности. Поэтому сын, получив надлежащее образование, оказывался гораздо более приемлемым кандидатом на замещение отцовского места, чем чужой человек, которому, чтобы получить место, пришлось бы выкупать дом и усадьбу. Если же после смерти священника его сыновья были уже устроены, но оставались вдова или дочь на выданье, то они и становились наследницами отцовской недвижимости. И соискатель священнического места, женясь на дочери и беря на себя обязательство содержать вдову-мать, становился вполне подходящим претендентом на место своего покойного тестя. В «Очерках бурсы» Николая Помяловского приводятся безобразные сцены, когда бурсак готов был жениться и на старой некрасивой дочери умершего дьякона, чтобы получить его место. Бывали и случаи, когда на смотринах представала симпатичная невеста, а венчаться в церкви шла старая и безобразная. Естественно, желанием жениха было намять своей суженой бока в первую же брачную ночь. Такого рода наследственность поддерживалась епархиальными архиереями, которые почитали своей обязанностью заботиться об устроении материального благополучия семейств духовного чина.
Но в семьях священников и причетников рождалось слишком много сыновей, чтобы каждый из них мог надеяться получить церковное место. Множество лиц переводилось из духовного сословия в податное состояние или рекрутировалось в армию. Для грамотных и способных был открыт выход на чиновничью службу и в учёные специалисты, в которых в XVIII веке государство испытывало большую нужду. Лучших учеников забирали из семинарий в Академию наук, в Московский университет.
Но положение сельского духовенства оставалось тяжёлым. Поэтому неудивительно, что среди приходского духовенства находились люди, сочувствовавшие крестьянским беспорядкам XVIII века и с готовностью помогавшие неграмотным крестьянам составлять их обвинения против помещиков во время пугачевского восстания или при других обстоятельствах.
Экономист-правдолюбец, современник Петра I И.Т. Посошков рисует следующую картину:
