Кастильоне оказался провидцем. Папа поручил кардиналу Алидози оборону Болоньи, выделив многочисленный отряд, а командование расположенным неподалеку войском возложил на своего племянника. Когда в мае французы под водительством известного кондотьера Тривульцио предприняли новое наступление, в Болонье вспыхнуло народное восстание, и Алидози в панике бежал в соседнюю Имолу, оставив на произвол судьбы вверенный ему отряд, и не известил об этом урбинского герцога, который мог быть застигнут неприятелем врасплох. Как выяснилось, у кардинала были все основания опасаться за собственную шкуру, так как своими неправомерными действиями и поборами он нажил немало врагов в городе, а недавно приказал обезглавить троих почитаемых граждан, открыто критиковавших его преступные деяния.
Вернувшийся в Болонью при поддержке французов правитель Бентиволья приказал убрать статую Юлия II. С помощью канатов четырехметровая бронзовая скульптура работы Микеланджело была сброшена с постамента на землю, угодив в кучу специально сваленного навоза, и под радостные крики толпы разбита вдребезги. В свое время на ее отливку пошел главный колокол, снятый по приказу папы с колокольни собора Сан-Петронио, чего болонцы не могли простить Юлию. Обломки статуи были проданы феррарскому герцогу Альфонсу д’Эсте, который отлил из них мортиру, дав ей издевательское имя «Юлия» – большего оскорбления римскому понтифику трудно было нанести.
Узнав о предательском бегстве папского выдвиженца, герцог Франческо Мария делла Ровере, считавший себя верховным командующим папским войском, на которого возложена вся ответственность, а стало быть, право поощрять отличившихся в сражении и наказывать подчиненных за трусость и забвение воинского долга, решил судить изменника Алидози. Обвинив его в трусости и мародерстве, он собственноручно заколол кардинала 24 мая 1511 года.
Эта весть повергла папу в бешенство, и он приказал лишить племянника-убийцу всех званий, регалий и отдать под суд. Поначалу Франческо Мария делла Ровере укрылся в Мантуе у тестя с тещей, но по совету умных людей решил отправиться в Рим в сопровождении пользующегося авторитетом при дворе Кастильоне, который в письмах матери подробно сообщил о всех перипетиях. Правитель Урбино был помещен в одну из камер замка Святого Ангела. По просьбе папы судейскую коллегию возглавил кардинал Джованни Медичи. Рассмотрение громкого дела затянулось из-за внезапной болезни папы, вызванной нервным срывом и военными неудачами. Когда папа немного оправился, была созвана Консистория для рассмотрения совершенного преступления. Но выступивший на суде адвокат обвиняемого Филипп Бероальдо-младший доказал судейской коллегии, что Франческо Мария делла Ровере проявил себя как герой «во имя справедливости», а казнив изменника, защитил тем самым папу и престол. Члены суда согласились с такой оценкой, и урбинский герцог был помилован.
С идеей созыва собора в Пизе, чтобы низложить папу, ничего не вышло, и 3 мая 1512 года в римской базилике Сан-Джованни ин Латерано состоялось открытие Вселенского собора в присутствии шестнадцати кардиналов, семидесяти епископов, двенадцати патриархов и трех предводителей главных монашеских орденов. Правая рука папы в вопросах теологии Эджидио да Витербо выступил с проповедью, вызвавшей резонанс в широких кругах. В ней, в частности, прозвучали такие слова, как руководство к действию: «Народ Божий отныне должен прибегать лишь к оружию милосердия и молитвы. Вера должна стать его защитной броней, а Божественное откровение его мечом».
Собор закончился триумфом Юлия II, и теперь, как полагал его главный советник Эджидио да Витербо, победа должна быть закреплена не только политически, но и идеологически посредством искусства, поддерживающего в народе религиозный дух. С этой целью он направился в мастерскую к Рафаэлю, передав ему и его команде пожелание папы, чтобы отныне их кисти, краски, рисунки и эскизы служили великой цели во славу Рима и Италии.
Вместе с Джулиано Медичи, прибывшим на собор, в Риме объявился Леонардо да Винчи. Он поселился в одном из помещений дворца Бельведер, о чем и поныне напоминает мемориальная доска. Младший из братьев Медичи, имевший склонность к наукам и искусству, стал покровителем Леонардо, дела которого не сложились в Милане, и ему пришлось во время наступления войска Людовика XII искать себе новое пристанище и влиятельных покровителей. Поначалу он остановился в Венеции, где не нашел понимания своих смелых проектов. Воспользовавшись приглашением мантуанской маркизы Изабеллы д’Эсте, он вынужден был вскоре бежать от ее докучливого и обременительного гостеприимства.