Ученый горячо защищал расширение бюджетных прав Думы. М. М. Алексеенко последовательно выступал против сверхсметных и условных кредитов, зато поддерживал увеличение ассигнований производственному сектору и на образование, выступал за продолжение политики выкупа частных железных дорог казной. Он был сторонником сохранения имеющихся государственных монополий, хотя и выступал против введения новых, поддерживал ограничение эмиссионных прав Госбанка. Проблемы налогообложения он ставил в тесную связь с проблемами материального положения того или иного сословия. В связи с этим обложение крестьян в силу их низкого жизненного уровня ученый не считал нужным ставить в центр внимания. Напротив, он предлагал совершенствовать систему прямых налогов, так как отсутствовало единое основание налогообложения различных слоев населения, а прямые налоги с торговли и промышленности выступали в форме издержек производства и неизбежно восстанавливались в ценах произведенных товаров и оказанных услуг. Для совершенствования прямого обложения им обосновывалось перераспределение обложения торговли и промыслов, расширение предметов обложения за счет капитала, профессии и службы и увеличение обложения крупной промышленности. Кроме того, ученый полагал необходимым включить в число плательщиков налогов неподатные сословия.
М. М. Алексеенко считается основоположником так называемого «делового парламентаризма», целью которого была не эскалация политической борьбы и конфронтации с царской администрацией, а конструктивное участие в решении важных государственных вопросов. Его стараниями Бюджетная комиссия стала одной из самых авторитетных в 3-й Госдуме. В 4-й Госдуме он входил в ту же комиссию, представляя ее в Комитете финансов в 1914–1917 гг.
В Докладе III Всероссийскому съезду «Союза 17 октября» он поставил и рассмотрел вопрос о правилах государственной росписи от 8 марта 1906 г. и 1862 г., которые ограничивают деятельность Государственной Думы в деле бюджета. Он буквально по статьям дал развернутый комментарий названных правил, а также правил о финансовом контроле, отмечая довольно широкую роль административного усмотрения в расходовании средств государства, отсутствие самостоятельного контрольного учреждения (бюджетного контроля), неполной ответственности Государственной Думы за результаты рассмотрения бюджета. Он делает совершенно справедливый вывод: «Правильный строй государственного хозяйства составляет одну из основ политического могущества государства»[458].
Бюджетная речь, произнесенная им на заседании Государственной Думы 12 февраля 1910 г., построена на обширном фактическом материале, который освещал финансовое положение России в тот период. В этом докладе председатель Бюджетной комиссии с «цифрами на руках» объяснял, по каким основаниям предстоит сократить расходы в проекте государственной росписи и повысить доходные ассигнования. Он настаивал на необходимости «оставить свободную наличность в надежном хранении Министра финансов», которая будет расходоваться по постановлениям законодательных учреждений и обусловливаться непредвиденными обстоятельствами. Эта образовавшаяся дополнительная наличность – результат временного хозяйственного благополучия и вызвана хорошим урожаем и высокими ценами. Следует помнить, как замечает М. М. Алексеенко, что этот подъем временный. Иными словами, речь шла о создании некого резервного (стабилизационного) фонда. М. М. Алексеенко завершил свою речь следующими пожеланиями: «Бюджетная комиссия уже не раз повторяла, что требуется строгая отчетность и порядок в ассигновании и расходовании государственных ресурсов и самостоятельный, независимый разветвленный и приспособленный контроль за расходованием всех средств, которые берутся с населения»[459].
Со слов П. П. Мигулина, один из высокопоставленных чиновников заявил, что Государственная Дума – это М. М. Алексеенко, многолетний председатель Бюджетной комиссии, пользовавшийся среди депутатов «непререкаемым авторитетом»[460]. Депутат-октябрист А. В. Еропкин впоследствии писал, что «профессор Алексеенко был идеальным председателем Бюджетной комиссии и вынес… колоссальную работу на своих плечах», и даже утверждал, что «без профессора Алексеенко Государственная Дума ни в коем случае не справилась бы с бюджетом». Он выступал редко, обычно раз в год при обсуждении бюджета, и произносил речь, продолжавшуюся несколько часов. «Дума при этом всегда была переполнена и слушала оратора с величайшим вниманием… встречала и провожала профессора Алексеенко громом аплодисментов»[461]. По воспоминаниям современников, Бюджетная комиссия, в сущности, держала в своих руках все нити думской работы, ибо почти все законопроекты передавались на заключение Бюджетной комиссии по вопросу об ассигновании средств из казны. Министры не позволяли себе игнорировать работу этого учреждения. В. Н. Коковцов, будучи министром финансов и председателем Совета министров, почти всегда лично давал объяснения в Бюджетной комиссии, нередко весь день присутствовал на ее заседаниях.