В обоснование предложенной автором модели налоговой системы был положен анализ основных положений теории налогов, содержащихся в исследованиях главнейших финансистов-теоретиков (А. Смит, А. Вагнер, К. Г. Pay, П. Леруа-Болье, Ж. Б. Сей, Дж. Ст. Милль, В. А. Лебедев и др.). Начала справедливости в политике налогов А А. Исаев определял посредством ответа на два основных вопроса: 1) кто должен платить налоги и 2) как достигнуть уравнительности при распределении налогов между налогоплательщиками? При ответе на первый вопрос автор не отрицал принципа всеобщности податей, но при этом считал справедливым установление налоговых льгот в виде изъятий, которые объясняются целями государства – идеей всеобщего блага.
В связи с этим он обосновывал необходимость освобождения от налога двух категорий плательщиков: 1) все юридические лица, имеющие своей целью содействовать умственному, нравственному развитию народа или же росту благосостояния малоимущих классов; 2) физические лица, доход которых едва достаточен для покрытия крайне необходимых потребностей. В отношении ответа на вопрос об уравнительности при распределении налогов А. А. Исаев отстаивает идею прогрессивного налогообложения, где прогрессия должна начинаться от самых крупных доходов и переходить к мелким в порядке нисходящем.
Еще один вывод автора заслуживает особого внимания. А. А. Исаев ратовал за международную унификацию налогового законодательства. Он писал: «Почему не надеяться, что международные конгрессы могут содействовать построению податных систем всех цивилизованных государств на началах однородных, соответствующих более высоким общественным идеалам? Если международные финансовые конгрессы войдут в обычай и будут работать над улучшением податных систем, то финансовая политика постепенно подчинится этому влиянию…»[1224]
В 1889 г. А. А. Исаев, покинув Ярославль, переходит на должность приват-доцента Петербургского университета (до 1899) (читал сначала спецкурс о народном хозяйстве, затем – основной курс политической экономии). Осенью того же года профессор занимает кафедру полицейского права Императорского Александровского лицея (до 1897), затем вел занятия и в Психоневрологическом институте (1911–1912). В 1899–1904 гг. он читал лекции в Париже и Брюсселе. Значительное время он по-прежнему уделял сотрудничеству в периодических изданиях «Русская мысль», «Вестник Европы», «Вестник финансов», «Экономический журнал» и др.
В Петербурге он продолжил активно заниматься общественной деятельностью, стал одним из учредителей Общества для помощи нуждающимся переселенцам, председателем кустарного отделения в Обществе для содействия русской промышленности и торговли, был членом Исторического общества и Вольного экономического общества. В этот период он публикует фундаментальные исследования по политической экономии (его «Начала политической экономии» выдержали 7 изданий с 1894 по 1908 г.).
Также профессор пишет о влиянии экономики на общественную жизнь, о взглядах народников на перспективы российской общественной жизни[1225]. Высказывался он и о значении мирового хозяйства для общественной жизни отдельных стран, о связи мирового хозяйства с таможенной политикой государств, о внутренних проблемах России и др.[1226]