В начале 1804 г. он прибыл в Россию по официальному приглашению для преподавания в Учительской гимназии (с 1804 – Петербургский педагогический институт) по кафедре политической экономии. В том же году он был приглашен в только что созданную Комиссию составления законов (отдел государственного хозяйства и финансов). С названной комиссией ученый сотрудничал до ее упразднения в 1826 г. Его можно считать ближайшим помощником М. М. Сперанского в подготовке «Плана финансов». Его отношения с известным реформатором были хорошими и ровными, но по человеческому типу М. М. Сперанский представлял полную противоположность нашему герою. Пожалуй, единственный упрек, который сделал Михаил Андреевич своему русскому коллеге, заключался в том, что тот не был глубоко знаком с немецкой культурой и наукой, так как не знал в совершенстве немецкий язык. Именно ориентация М. М. Сперанского на французский опыт государственного строительства, менее устойчивого, чем германский, способствовала, по его мнению, неудачам проводимых реформ[125]. В свою очередь М. М. Сперанский всегда неизменно высоко отзывался о М. А. Балугьянском и своим интересом к учению А. Смита он во многом был обязан своему товарищу. В целом они работали согласованно и результативно[126].
С 1809 г. Михаил Андреевич назначается начальником 4-го отделения («публичного права и государственной экономии») Комиссии составления законов при Министерстве юстиции, с 1810 г. по просьбе министра финансов Д. А. Гурьева ведет разработку различных проектов по его ведомству. В 1817 г. ученый возглавил Комиссию погашения государственных долгов Министерства финансов и работал в ней до начала 1829 г. Преуспел он и на педагогическом поприще, став в 1813 г. деканом философско-юридического факультета Петербургского педагогического института. Там в качестве профессора им читался курс «Право финансовое и коммерческое», причем без всякого вознаграждения. В 1819 г. он становится первым ректором Санкт-Петербургского университета, одновременно занимает кафедру энциклопедии права, политических наук и политической экономии. Кроме того, в 1813–1817 гг. он преподавал юридические науки (естественное, публичное и народное право) великим князьям Николаю (будущий Николай I) и Михаилу. О его преподавательских качествах сведения неоднозначные. Эрудиция ученого, ораторский дар и лекторское воодушевление не ставили под сомнение, однако впечатление ослабляло не совсем твердое знание лектором русского языка.
В 1821 г. в знак протеста против увольнения ряда университетских профессоров за «неблагонадежность» М. А. Балугьянский оставляет пост ректора, а со следующего года назначается старшим членом Комиссии составления законов, занимается упорядочением административного и финансового законодательства, формирует ряд предложений по совершенствованию финансовой деятельности государства. Как уже указывалось выше, в 1826–1847 гг. он возглавлял II Отделение собственной Его Императорского Величества канцелярии, на которое возлагалась задача по систематизации российского законодательства: создание Полного собрания законов Российской империи в хронологическом порядке, составление систематического Свода действующих законов, Составлений уложений (новых законов). Управление всеми работами по кодификации было поручено М. М. Сперанскому. С 1826 г. М. А. Балугьянский стал тайным советником[127].
После ухода с поста ректора столичного университета Михаил Андреевич полностью не оставил преподавания, хотя зачастую читал лекции «без содержания» (до 1824 г.). Его по-прежнему интересовали проблемы просвещения. В частности, он выступил инициатором отправки студентов юридических факультетов российских университетов для обучения в Берлинский университет, а затем и в другие германские университеты. В целом эта практика сохранялась с 1829 по 1835 г. Михаил Андреевич постоянно поддерживал связь с европейским научным миром, переписывался с немецким ученым А. Гумбольдтом и министром внутренних дел Пруссии Л. Штейном. Помимо профессиональных знаний в области правовых и экономических наук, М. А. Балугьянский неплохо разбирался в архитектуре, живописи, музыке, играл на флейте.
