Тело Димитрия было положено в гроб и вынесено в соборную церковь. К царю немедленно был послан гонец с ужасным известием. Гонца сначала привели к Годунову, тот велел взять у него грамоту, написал другую, где говорилось, что Димитрий сам зарезался в припадке падучей болезни.
Феодор Иванович долго и неутешно плакал по брату. Наряжено было следствие по этому делу. Князь Василий Иванович Шуйский, окольничий Клешнин и крутицкий митрополит Геласий должны были в Угличе на месте расследовать все, как было, и донести царю. Последние двое были сторонники Годунова, а Шуйский был его врагом. Очевидно, Годунов рассчитывал, что осторожный Шуйский не осмелился в чем-либо обвинить его, а между тем у всех недоброхотов правителя назначение Шуйского зажимало рты: никто не мог сказать, что следствие велось только друзьями Годунова.
Следствие ведено было крайне недобросовестно; оно направлено было, казалось, к тому, чтобы скрыть преступление: внимательного осмотра тела не было сделано; показаний с людей, убивших Битяговского и его соумышленников, снято не было; царицу тоже не спрашивали. Больше всего значения было придано показаниям нескольких сомнительных лиц, утверждавших, будто царевич зарезался сам в припадке падучей болезни.
Следственное дело было дано на обсуждение патриарха и духовенства. Патриарх признал следствие верным, и решено было на том, что царевичу Димитрию смерть учинилась Божиим судом, а Михайло Нагой государевых приказных людей: Битяговских, Качалова и др. – велел побить напрасно…
Годунов сослал всех Нагих в отдаленные города в заключение; царица Мария была насильно пострижена под именем Марфы и заключена в монастырь. Угличане подверглись опале. Обвиненных в убийстве Битяговского и товарищей его предали смертной казни. Некоторым за «неподобные речи» отрезали языки; множество народу было сослано в Сибирь; им населили вновь основанный город Пелым. Сложилось в народе предание, что Годунов из Углича сослал в Сибирь даже и тот колокол, в который били в набат в час смерти царевича. В Тобольске до сих пор показывают этот колокол.
Нагие пострадали, но всенародная молва произнесла свой приговор над Годуновым. Убеждение, что он сгубил царевича, окрепло в народе – и тот самый народ, который не озлобился на Грозного за его лютые бесчисленные казни, никогда уже не мог, несмотря на все благодеяния и милости, простить честолюбцу гибели последней отрасли царского дома, мученической смерти невинного ребенка.
Виновен ли Годунов в убийстве Димитрия, как гласила народная молва, или нет – это дело темное. Ходили слухи, будто убийцы, терзаемые народом, перед смертью повинились, что они подосланы Годуновым; но едва ли он, при его уме и осторожности, мог решиться на такое грубое и опасное преступление. Вернее предположить, что доброхоты Годунова, понимая, какая беда грозит и ему, и им при воцарении Димитрия, сами додумались до преступления.
Смертию царевича положение Годунова упрочивалось. Едва ли уже тогда он мечтал о царском троне: для него важно было уж и то, что он избавился от страшных для него Нагих. Теперь, со смертью бездетного царя, он мог надеяться, что власть перейдет к царице, а он при ней останется по-прежнему всемогущим правителем.
Вскоре после смерти царевича в Москве вспыхнул сильный пожар, испепеливший значительную часть города. Годунов стал немедля раздавать пособия погорельцам, целые улицы отстраивал на свой счет. Небывалая щедрость, однако, не привлекла к нему народа; ходили даже недобрые слухи, будто Годунов тайно приказал своим людям поджечь Москву, чтобы отвлечь внимание москвичей от убийства царевича и выказать себя народным благодетелем.
В 1592 г. у царя Феодора родилась дочь Феодосия. Велика была радость царя и царицы; радовался или, по крайней мере, показывал вид радости и Годунов. Именем царя он освобождал узников, раздавал щедрую милостыню, но народ не верил искренности его, и когда, несколько месяцев спустя, ребенок скончался, в народе пошли ходить нелепые толки, что Годунов извел маленькую царевну.
Он очевидно становился жертвой беспощадной людской молвы.
Самым важным делом Годунова в царствование Феодора было прикрепление крестьян к земле. Оно привело к очень печальным последствиям.