Первым делом Никона по избрании на патриарший престол было основание нового монастыря. Этого требовал установившийся обычай: почти все русские патриархи старались ознаменовать начало своего высшего пастырства устройством «тихого пристанища для спасения душ» и придать ему как можно больше значения. Никон избрал место для новой обители близ Валдайского озера и назвал свой монастырь Иверским, в честь Иверской иконы Богородицы на Афоне. Оттуда был привезен список с иконы, и Никон, богато украсив икону золотом и драгоценными камнями, поставил ее в каменной церкви монастыря… С первых же дней своего управления церковью Никон ревностно занялся делами. Очистить церковь от всяких зол и беспорядков, ввести истинное благолепие – вот что поставил он себе задачею. Живой, деятельный Никон достиг патриаршего сана еще в пору полного расцвета сил душевных и телесных; он хотел быть патриархом «строителем» и «управителем» церкви не по имени только, а на деле. Сила воли, даже чрезмерная, увлекала Никона к деятельности. Начал он бороться с разными церковными беспорядками, «многогласием» в церковной службе, с нестройным пением, еще будучи митрополитом. Теперь он стал действовать еще смелее.
Невежественных и порочных священников он без всякой пощады лишал мест; за проступки сурово наказывал… Поблажки не давал никому. После слабого Иосифа круто пришлось русскому духовенству под рукой властного и решительного Никона.
Дела ему предстояло много. Самым важным было исправление богослужебных книг. Уже давно об этом думали на Руси, но дело не ладилось: знающих людей не было; правили книги по славянским «добрым переводам» и «старым спискам», да, на беду, и в них погрешностей было много, а заметить и исправить их не могли. Только незадолго до кончины патриарха Иосифа сознали ясно, что для исправления книг недостаточно славянских древних списков, что необходимо сверять их с греческим текстом. Сам Алексей Михайлович обратился в Киев с просьбой прислать ученых мужей, знающих греческий язык, чтобы править книги. Вот на это дело и пришлось Никону более всего обратить внимание.
Кроме того, греческие духовные лица, которые при благочестивом и щедром Алексее Михайловиче чаще, чем в былые годы, наезжали в Москву, приглядывались к русскому богослужению, находили в нем уклонения от обрядов Греческой церкви и указывали на некоторые «новины», которые вкрались в церковный обиход: так, например, указывали, что русские неправильно творят крестное знамение
В это же время Никон нашел в грамоте об утверждении патриаршества в России между прочим следующее:
«Так как православная церковь получила совершенство не только в догматах, но и в священно-церковном уставе, то справедливость требует, чтобы мы истребляли всякую новину в ограде церкви, зная, что новины всегда бывают причиною церковного смятения и разделения, и чтобы следовали мы уставам святых отцов, и чему научились от них, то хранили неповрежденным, без всякого приложения или отъятия…»
Прочитав это, Никон впал в страх, не допущено ли каких отступлений от православного греческого закона. Начал прежде всего рассматривать Символ веры и нашел, что в славянском есть несогласия с древним греческим текстом; рассмотрел Служебник (чин святой литургии), и тут заметил он некоторые различия; то же оказалось и в других книгах.
Желавший быть блюстителем истины, Никон решился исполнить свой долг – уничтожить всякие «новины» в наших книгах и в обрядах. Но уже первая попытка его в этом деле встречена была некоторыми враждебно. В 1653 г. он разослал по всем московским церквам «памятную грамотку», где указывал, что по правилам в иных случаях можно поясным поклоном заменять земной и что следует креститься тремя перстами. Когда эту грамоту прочли Иван Неронов, протопоп Казанского собора, и юрьевский протопоп Аввакум, то, по словам последнего, они «задумались, увидели, яко зима хощет быти; и сердце у них озябло и ноги задрожали…»