Ответственные решения Елизавета принимала только после тщательного обдумывания и обсуждения мнений советников. Алексея Петровича Бестужева-Рюмина она сделала канцлером и хотя не любила его, считая человеком неискренним и пьяницей, но ценила его опыт и знания. Бестужев был прирождённый дипломат — хладнокровный, расчётливый, хорошо разбирался в отношениях европейских держав, владел латынью, французским и немецким языками. Именно он в начале 1742 года организовал систематическую перлюстрацию дипломатической почты аккредитованных в Петербурге послов, создав для этого целый штат, включавший резчика печатей, копиистов, переводчика. Главным специалистом «чёрного кабинета» стал бывший учитель Петра II академик-математик Христиан Гольдбах: именно его усилиями через год были дешифрованы депеши французского маркиза Шетарди, возглавлявшего вместе с Арманом Лестоком и вице-канцлером Михаилом Воронцовым «партию» при дворе. Прусский король выделил Воронцову «подарок» в 50 тысяч рублей, ежегодный «пенсион» и даже лично инструктировал его в Берлине осенью 1745 года. Но миссия маркиза по вовлечению России в орбиту франко-прусского влияния завершилась полным провалом. В 1748 году Лесток был арестован и сослан в Устюг; но ни Воронцова, ни Трубецкого Елизавета не тронула — она умела лавировать и использовать противоречия между своими слугами.
Воронцов во внешней политике являлся сторонником Франции, из-за чего вступил в конфликт с Бестужевым-Рюминым, ориентировавшимся на Англию и Австрию. В этой борьбе он потерпел поражение, но сохранил свою должность, а после смещения Бестужева в 1758 году стал канцлером. Камергер Александр Иванович Шувалов ведал Тайной канцелярией, а его брат Пётр стал «мозговым центром» реформ елизаветинского царствования.
По его инициативе была осуществлена отмена внутренних таможен, созданы первые государственные банки — Дворянский заёмный и Купеческий, началось генеральное межевание, созвана очередная комиссия для разработки свода законов (1754). Как вспоминали современники, дом Шувалова «наполнен был весь писцами, которые списывали разные от графа прожекты. Некоторые из них были к приумножению казны государственной... а другие прожекты для собственного его графского верхнего доходу, как то сало, ворванье, мачтовый лес и прочее». Как начальник артиллерии (генерал-фельдцейхмейстер) он много сделал для её усовершенствования: его именем названы гаубица с овальным дулом для стрельбы картечью и универсальное орудие «единорог», находившееся на вооружении около века; по его проекту открыт уже в царствование Екатерины II (1762) Артиллерийский и инженерный шляхетный кадетский корпус.
Контроль над соперничавшими «персонами» и «партиями» Елизавета сочетала с невмешательством в повседневную работу государственной машины. Так, например, за 1753—1756 годы она только однажды, 29 марта 1753-го, посетила заседание Сената, но провела там более четырёх часов, слушая доклады о назначениях на высшие государственные посты президентов и вице-президентов коллегий, судей приказов, губернаторов и вице-губернаторов — всего на 31 должность, об установлении пошлины на суда, шедшие с Ладоги, о наказании каторжников в Рогервике, о размере жалованья служащим Сыскного приказа, об очистке улиц Петербурга от нищих (отдавать в солдаты, отправлять на предприятия или возвращать помещикам) и т. д. Затем государыня разбиралась в конфликте Сената и Военной коллегии (и отчитала руководство последней за невыполнение давнего указа Петра I о присутствии в ней генералитета «с переменою»), поручила сенаторам обсудить ставку ясака в Сибири и Иркутской провинции и меры контроля над качеством продукции мануфактур, а также вопрос о способах пресечения лжесвидетельств для получения недвижимой собственности.
Елизавета уважала Сенат, но в то же время периодически созывала «конференции» и «советы» из авторитетных лиц для обсуждения ответственных решений; с 14 марта 1756 года Конференция при высочайшем дворе работала уже на постоянной основе. Императрица присутствовала всего на шести из семидесяти шести заседаний, состоявшихся до конца года.
Была восстановлена личная канцелярия (Кабинет) императрицы, имевшая возможность контролировать действия всех прочих органов власти. Умение лавировать в политике обеспечило Елизавете 20 лет спокойного царствования. Тайная канцелярия при Елизавете работала не менее активно, чем раньше; но резкое сокращение репрессий по отношению к дворянству исключало повторение процессов времён бироновщины. Ещё одним способом контролировать государственный аппарат стали массовые «ротации кадров» в системе центрального и местного управления, проведённые в 1753 и 1760 годах, при этом перестановки не сопровождались опалами. В царствование Елизаветы репрессии в отношении руководителей учреждений применялись почти в два раза реже, чем при Анне Иоанновне. Кнут, казнь и конфискацию имущества — распространённые при Петре I кары за казнокрадство и взяточничество — Елизавета заменила понижением в чине, переводом на другую службу и изредка увольнением.
