Даже в выборе жены царь оказался не волен. После смотра невест в 1616 году Михаил выбрал незнатную Машеньку Хлопову; она уже была помещена «во дворце наверху», и её имя было велено поминать на ектениях. Но в результате интриги Салтыковых обычная болезнь невесты была объявлена опасной, а сама девушка — «неплодной» и «к государевой радости не прочной». Несостоявшуюся царицу с роднёй сослали в Тобольск. Михаил препятствовать не смел, однако, по-видимому, сохранял к девушке нежные чувства и жениться на другой отказывался.
По возвращении из плена в 1619 году его властный отец был торжественно избран патриархом. Он сослал Салтыковых, оттеснил от трона не менее властную «великую старицу», сам стал вторым «великим государем» на Руси и фактическим соправителем сына-царя. Филарет устроил свой двор и учредил патриаршие приказы (Разрядный, Казённый, Дворцовый, Судный), которые судили духовенство и ведали хозяйством и денежными сборами с патриарших сёл. А архиереи, монастыри, их слуги и население их вотчин вновь стали независимы от местной администрации и её суда по гражданским делам. «Сей же убо Филарет патриарх Московский и всеа Руси возраста и сана среднего, Божественная писания отчасти разумел, нравом опалчив и мнителен, и владетелен таков был, яко и самому царю боятися его», — гласит язвительная характеристика Филарета, явно записанная в одном из хронографов со слов недовольных патриархом бояр.
Однако необычное соправительство двух «великих государей», где сын-царь оказался выше отца-патриарха, не вызвало конфликта. Михаил Фёдорович не спорил с отцом; их отношения были ровными и тёплыми, основанными на взаимном доверии и любви. «Честнейшему и всесвятейшему о Бозе, отцу отцем и учителю православных велений, истинному столпу благочестия, недремательну оку церковному благолепию, евангельския проповеди рачителю изрядному и достохвалному, преж убо по плоти благородному нашему отцу, ныне ж по превосходящему херувимскаго владыки со ангелы равностоятелю и ходатаю ко всемогущему и вся содержащему, в Троице славимому Богу нашему, и того повеления и человеколюбия на нас проливающу великому господину и государю, святейшему Филарету Никитичю, Божьею милостию патриарху Московскому и всеа Русии, сын ваш, царь и великий князь Михайло Фёдорович всеа Русии, равноангильному вашему лицу сердечными очыма и главою, целуя вашего святительства руку и касался стопам вашего преподобия, челом бью», — адресовал сын-царь послание отцу-патриарху 25 августа 1619 года.
В письмах отцу Михаил называл его «драгий отче и государь мой» или «святый владыко и государь мой»; часто писал, что скучает вдали от него: «Желаем бо... предобрый твой глас слышати, яко желательный елень напаятися». С дороги царь посылал отцу подарки — две сотни яблок из сада Троице-Сергиева монастыря или своих «царских трудов рыбные ловитвы... пять осетров». Владыка же не скрывал от сына свои тягости и болезни: «...от старого от лихорадки есть немного полегче, а камчюгом (подагрой. —
Филарет являлся для сына авторитетом и главным советником. Порой он бывал недоволен мягкостью и нерешительностью царя, и тот, как отмечала псковская летопись, «от отца своего многи укоризны прият». Но и патриарх признавал главенствующее положение царя в московской политической системе. Он всегда соблюдал этикет — ничего не навязывал сыну; допускал, что его совет может быть не принят, а по поводу тех или иных решений обязательно спрашивал: «А ныне как вы, великий государь, укажете?»
Богомольный сын не особо жаловал светские развлечения, предпочитая им поездки по ближним и дальним обителям — в Троицу, Николо-Угрешский или Симонов монастыри. По пути могли устраиваться царская охота и прочие развлечения; например, государя «тешили» стрельцы, паля «по шапкам из луков и пистолей». Сам он являлся скорее зрителем, чем участником этих увеселений. С 1630-х годов Михаил Фёдорович стал брать на соколиную охоту сына Алексея, и царевич навсегда полюбил «красную и славную птичью потеху».
Документы сохранили описание церемоний, которыми обменивались светский и церковный владыки, «...от великого государя святейшего патриарха Филарета Никитича Московского и всеа Руси в посылке к государю царю и великому князю Михаилу Фёдоровичу: блюдо икры паюсные, блюдо икры осетровой свежие, блюдо икры сиговые, лещ жив паровой, язь жареной, стерлядь паровая, спина белой рыбицы свежие с уксусом студёным, лук сырой, крошен мелко, четверть коровая тельново из государева патриарша блюда, стерлядь тельная... уха назимная шафранная, уха назимная чёрная, уха щучья шафранная, уха щучья чёрная, уха окунева, уха стерляжья, окуни росольные» — все эти вкусности патриарх отправил сыну накануне Пасхи в марте 1623 года.
