«Наказ» не имел юридической силы, но в нём впервые в российском законодательстве прозвучал термин «гражданское общество», хотя и понималось оно как социум, где «надлежит быть одним, которые правят и повелевают, и другим, которые повинуются». Однако в «Наказе» ставился вопрос об обязанностях власти перед подданными и «безопасности каждого особо гражданина», в том числе о презумпции невиновности. Гражданам, в свою очередь, надлежало знать законы: «...книга добрых законов должна быть доступна всем, как букварь». Ещё одной новацией стало внимание к охране собственности вплоть до стремления «учредить нечто полезное для собственного рабов имущества». Императрица заявляла, что «все граждане должны быть подвергнуты одним и тем же законам», но сопровождала эту революционную для своего времени мысль оговоркой: «Для введения лучших законов необходимо потребно умы людские к тому приуготовить» — и очень осторожно затрагивала вопрос о крепостном праве: власти должны «избегать случаев, чтоб не приводить людей в неволю».
Депутаты заявляли о своих «нуждах и недостатках» на основании наказов от избирателей, но согласия среди них не было. Дворяне требовали ввести для них выборный суд, передать власть в губерниях и уездах в руки их сословных организаций, предоставить шляхетству исключительное право владеть крепостными рабочими на своих мануфактурах. Купцы же, наоборот, желали получить хотя бы часть дворянских привилегий — покупать к своим предприятиям «деревни» и получить монополию на торговую и промышленную деятельность. Но на это не соглашались ни крестьянские депутаты, ни представители дворян, чьи мужики разными промыслами добывали деньги для уплаты оброка.
Наказы государственных крестьян заполнены жалобами на малоземелье и захват угодий помещиками, заводчиками и своими же богатеями, на тяжесть податей и повинностей, на произвол судей. Дворянин Григорий Коробьин предложил законодательно определить объём работ и платежей крепостных крестьян, однако поддержки не получил. Шляхетские депутаты убеждали, что «крестьян своих берегут и любят», содержат их, как велит «долг власти отца или хозяина», а мужики не хотят хорошо работать из-за пьянства и лености.
На заседаниях так и не было принято ни одного решения — у большинства депутатов отсутствовал опыт законодательной деятельности, а социальные противоречия были слишком острыми. Под предлогом начавшейся Русско-турецкой войны Екатерина II в январе 1769 года распустила комиссию. Не успела завершиться тяжёлая война, как началась война крестьянская.
Осенью 1773 года на реке Яик (Урал) беглый донской казак Емельян Иванович Пугачёв объявил себя императором Петром III. Пока основные силы повстанцев осаждали Оренбург, другие отряды под предводительством башкира Салавата Юлаева, работных людей Афанасия Хлопуши и Ивана Белобородова, казака Ивана Чики-Зарубина захватили Кунгур, Красноуфимск, Самару, осадили Уфу, Екатеринбург, Челябинск; заняли ряд крепостей Яицкой укрепленной линии. К движению присоединялись башкиры, татары, калмыки, чуваши, марийцы.
В марте—апреле 1774 года правительственные войска разбили Пугачёва под Татищевой крепостью. Восставшие отступили на Урал, а оттуда двинулись к Казани и взяли её в июле 1774 года. В сражении под Казанью Пугачёв потерпел поражение и перешёл с полутысячным отрядом на правый берег Волги. Здесь у него вновь появилась армия из тысяч восставших крестьян. «Государь Пётр Фёдорович» жаловал крепостных «вольностью и свободою», землями, сенокосными угодьями, рыбными ловлями «без покупки и без оброку», освобождал «от податей и отягощениев», «чинимых от злодеев дворян». Восставшие казнили дворян и тех, кто отказывался признать их предводителя императором. Прасковья Лопатина сообщала знакомому о страшной участи таких помещиков:
«Государь мой, Иван Антипович! Письмо от вас, от 2-го сентября, получила того ж 18-го, в котором изволите писать о несносной нашей горести и печали общей, о смерти покойных Степана Ивановича и Марьи Григорьевны. И на то вам, государь мой, доношу... Покойные поехали, собравши, к вам в Тулу и взяв с собою лутчее платье, бриллианты и серебро, до приезду злодея Пугачёва в Саранск за день, и доехали до Сипягина генерала и предводителя саранского, и с ними Василий Иванович Языков. А у Сипягина ночевав, и после обеда поехали все вместе и, отъехав 15 вёрст до села Украинцова Щербачовой, Марьи Григорьевой, и в том селе пойманы мужиками; Степана Ивановича сковав с Сипягиным; а Василья Ивановича, посадя на стул, взяв на боярской двор под караул. Обоз остался за деревнею, в коем была и нещастная Марья Григорьевна, назвав её Бориска своею женою и выпросясь у мужиков за дватцать три рубли; и как они из Украинцова повезли их в Саранск, и отъехав до села Исы три версты, и в том селе встретясь злодейская команда — казаки; она ушла из обозу, взяв с собою бедного сына Дмитрия и всех прося людей и женщин, в таком несчастном случае, чтоб их не оставили; однако никто с нею не пошёл...
