Осенью 1798 года русский флот под командованием адмирала Фёдора Ушакова вошёл в Адриатическое море и совместно с турецкой эскадрой начал боевые операции. В феврале 1799 года русские корабли, высадив десант, взяли считавшиеся неприступными крепостные сооружения острова Корфу и, очистив архипелаг от французов, двинулись к итальянскому побережью. Над городом Бриндизи был поднят флаг коалиции. Отсюда отряд русских моряков и солдат капитан-лейтенанта Генриха Белли пересёк Апеннинский полуостров с востока на запад, освободив от французов Неаполь и Рим. Сопровождавший десант неаполитанский министр Антонио Мишеру сообщал Ушакову: «...в промежуток двадцать дней небольшой русский отряд возвратил моему государству две трети королевства».
В Италии Суворов принял командование союзной армией (33 тысячи русских и 86 тысяч австрийцев). Он готовил австрийцев действовать в традициях русской военной школы: применять холодное оружие, совершать ночные марши, атаковать колоннами.
В сражении на реке Адде Суворов нанёс поражение французской армии генерала Моро. Затем фельдмаршал разбил французскую армию Макдональда в сражении на Треббии. Новый французский главнокомандующий генерал Б. К. Жубер в сражении при Нови в августе 1799 года погиб, а его армия была разгромлена. Почти вся Италия оказалась в руках союзников.
Суворов уже готовился вторгнуться во Францию, но Великобритания и Австрия, опасаясь усиления влияния России, решили удалить русские войска из Италии. Суворов получил из Вены приказ идти с войсками в Швейцарию на соединение с корпусом А. М. Римского-Корсакова. Швейцарский поход начался в августе 1799 года. Суворов избрал кратчайший, хотя и наиболее трудный путь через занятый противником перевал Сен-Готард и заставил противника отступить. Но все усилия оказались напрасными. «Я покинул Италию раньше, чем было должно. Но я сообразовывался с общим планом... Я согласовываю свой марш в Швейцарию... перехожу Сен-Готард, преодолеваю все препятствия на своём пути; прибываю в назначенный день в назначенное место и вижу себя всеми оставленным... Позиция при Цюрихе, кою должны защищать 60 000 австрийцев, оставлена на 20 000 русских, коих не обеспечили продовольствием... Что мне обещали, ничего не исполнили», — в гневе писал русский полководец австрийскому эрцгерцогу Карлу 20 октября.
Предательские действия австрийского командования, поражение корпуса Римского-Корсакова, крайнее изнурение и большие потери (более четырёх тысяч убитыми и ранеными) привели к тому, что цель похода не была достигнута. Провалом завершилась и операция в Голландии — в результате ошибки английского главнокомандующего герцога Йоркского русско-английские войска потерпели поражение (правда, англичане сумели захватить значительную часть голландского флота).
«Князь Александр Васильевич. Побеждал повсюду и во всю жизнь Вашу врагов отечества, не доставала Вас особого рода слава: преодолеть самую природу, и Вы и над нею одержали ныне верх», — написал полководцу император 29 октября 1799 года, пожаловал ему титул князя Италийского и произвёл в высший, чрезвычайный воинский чин генералиссимуса. Но по возвращении Суворова ждала опала. Павел разжаловал его из национальных героев за то, что полководец вёл себя противно новому воинскому уставу, «...имел, — сказано в императорском приказе от 20 марта 1800 года, — при корпусе своём по старому обычаю непременного дежурного генерала, что и делается на замечание всей армии». Кроме того, Павел не забывал, что в ближайшем окружении полководца вынашивались планы государственного переворота. Любимец фельдмаршала полковник А. М. Каховский замышлял поднять дивизию Суворова и двинуть войска на Петербург. Но сам генералиссимус затевать гражданскую войну не хотел: «Не могу. Кровь сограждан». И всё же после смерти полководца государь нашёл в себе силы отдать ему последний долг. Прямо с вахтпарада он выехал на Невский проспект, где двигалась в Александро-Невскую лавру похоронная процессия; снял шляпу, промолвил: «Прощай! Прости!.. Мир праху великого!» — и заплакал.
