Император любил быструю езду, за что и поплатился: в октябре 1888 года под Харьковом тяжёлый царский поезд из-за значительного превышения скорости потерпел крушение, с рельсов сошли десять вагонов. 21 человек из свиты погиб, 24 были ранены. Члены царской семьи отделались ушибами, погиб пёс Камчатка; полученные самим императором травмы поясницы, по мнению врачей, положили начало его смертельной болезни.
Строительство железных дорог дало тяжёлой индустрии мощный импульс. В 1881 — 1893 годах выплавка чугуна в империи увеличилась с 27,3 до 70,8 миллиона пудов, стали — с 18,7 до 59,3 миллиона, добыча угля — с 200,9 до 460,2 миллиона, нефти — с 21,4 до 337 миллионов пудов. За то же время возникли 383 акционерные компании — почти в два раза больше, чем в предыдущее десятилетие.
В индустриализацию государь вкладывал и личные средства. С 1882 по 1893 год он совершил со своего счёта в Банке Англии 31 покупку российских облигаций пятипроцентного займа 1822 года общей стоимостью 167 381 фунт стерлингов, или 1 086 303 рубля. Для российской экономики эта сумма была небольшой, но для частного инвестора весьма существенной. Главное же — царь поддерживал российские ценные бумаги на западных рынках, показывая, что они являются выгодным вложением денег.
Но вместе с промышленным подъёмом в России появился пролетариат, и «рабочий вопрос» напоминал о себе первыми массовыми забастовками. Власти пришлось реагировать: в 1882 году было запрещено использовать труд детей до двенадцати лет, а закон 1886 года регулировал правила найма и увольнения. Теперь рабочим выдавалась стандартная расчётная книжка, запрещалось расплачиваться с ними условными знаками, хлебом или другими товарами, брать с них плату за врачебную помощь, освещение мастерских и использование орудий производства; общая сумма штрафов не могла превышать трети заработка, а перевод штрафных денег в прибыль запрещался. Для контроля за соблюдением трудового законодательства была образована государственная фабричная инспекция.
При Александре III была отменена подушная подать (1887), Крестьянский банк с 1883 года стал выдавать ссуды на покупку земли отдельным хозяевам и сельским обществам. В 1894 году для податного населения вместо разрешений на длительный (на год или полгода) отъезд вводили долгосрочные паспорта, а в своём уезде можно было передвигаться без паспорта. Закон 1883 года разрешал старообрядцам совершать «общественные моления и богослужения», заниматься промышленностью и торговлей, получать паспорта на общих основаниях, занимать общественные должности в местностях, где они составляли большинство населения, но по-прежнему запрещал благотворительную и образовательную деятельность и любые «акты публичного оказательства раскола».
Таким образом, власть пыталась укрепить патриархальное самодержавие и дворянские привилегии и одновременно была вынуждена вопреки этому проводить реформы. Трудно сказать, ощущал ли Александр III это противоречие своей политики. Однако хорошо знавший государя консервативный публицист князь В. П. Мещерский отметил характерную черту его личности: «...не подчинялся, так сказать, силе окружающей его жизни, не моделировал себя по ней». Он искренне считал, что упрочивает будущее династии и России и создаёт некие предохранительные клапаны против болезненных ударов модернизации. Однако в спокойные годы его правления сохранялись и умножались зёрна проблем, в будущем давшие всходы потрясений. Власть при Александре III утратила инициативу начатых в 1861 году преобразований, и в начале XX века она перешла к иным силам.
Царствование подошло к концу неожиданно быстро. Александр III производил впечатление сильного и здорового человека, почти никогда не болел. Но в январе 1894 года его свалила «инфлюэнца» (грипп), переросшая в пневмонию. Он не желал лечиться и лишь тогда, когда стало совсем худо, уступил требованиям врачей. Государя вылечили, но очевидцы отмечали, что он похудел, его мучила бессонница, упадок сил мешал вести обычную напряжённую работу. В августе знаменитый московский терапевт Г. А. Захарьин диагностировал у царя болезнь почек — нефрит.
Император рассчитывал поправить здоровье отдыхом — в августе он с женой и сыновьями Николаем и Михаилом в последний раз прибыл в Беловежскую пущу, чтобы поохотиться. Но и в лесной глуши не отпускали дела — по специально проложенной к царскому приезду железнодорожной ветке курьеры и фельдъегеря ежедневно доставляли целые портфели с докладами. Видевшие Александра III в эти дни вспоминали: «Государь был бледен, лицо его и вся фигура похудели, выражение лица его было тоскливое, страдальческое». Он нервничал, сердился, не желал соблюдать диету. Его уговорили сменить сырой климат на мягкий крымский — но было уже поздно.
