Екатерина общалась с министрами через Кабинет — личную канцелярию во главе с опытным бюрократом А. В. Макаровым. Оттуда же выходили её именные указы, касавшиеся прежде всего пожалований чинами и «деревнями», увольнений и назначений — в этих случаях государыня иногда отстаивала своё право наперекор мнению министров-«верховников». Кроме того, она издала указы, закреплявшие практику доклада императрице по делам своих ведомств Меншикова, Апраксина, командующих войсками на Украине (М. М. Голицына) и в Иране (В. В. Долгорукова), а также послов. Екатерина также оставила за собой право в случае разногласий членов Верховного тайного совета получать их письменные мнения «для решения об оных».
Создание Верховного тайного совета не прекратило борьбу в «верхах». Если в первые месяцы правления Екатерины наиболее влиятельным советником, судя по донесениям дипломатов, был Толстой, то скоро его оттеснил Меншиков. Весной 1725 года светлейшему князю была возвращена должность президента Военной коллегии, с него были сняты все обвинения в хищениях и денежные начёты в пользу казны. В день ангела Екатерины он получил поистине царский подарок — украинский город Батурин с 1300 дворами и еще две тысячи дворов по соседству, в Гадячском округе. Но, к крайнему неудовольствию Меншикова, императрица ввела в состав совета герцога Карла Фридриха, сделала его подполковником Преображенского полка и лично представила зятя солдатам и офицерам.
После провала датского похода Меншиков выступил против дальнейшей поддержки голштинцев, но зато сам пытался стать коронованной особой, пусть и в маленьком Курляндском герцогстве, вассальном владении Речи Посполитой. Летом 1726 года, прибыв в Курляндию, он сделал рыцарству выговор за избрание герцогом неугодного Петербургу кандидата — внебрачного сына польского короля Морица Саксонского: «Он их Сибирью стращал и при том им сказывал: по их правам не довлеет им блядина сына в своё братство принимать, а ныне оне блядина сына над собою в герцоги выбрали». Светлейший князь предложил собственную кандидатуру, а после отказа представителей ландтага созвать депутатов для её утверждения потребовал у Петербурга «ввести в Курляндию полков три или четыре» для успешного завершения дела. Новый международный конфликт никак не входил в намерения русского правительства, и Меншикову был послан указ немедленно возвращаться в Петербург.
Голштинские амбиции Екатерины I и курляндский вояж Меншикова показали, что императрица и её ближайший друг так и не освоились с ролью руководителей великой державы, выдвигая на первый план династические и чисто личные интересы. Хорошо ещё, что министры и дипломаты служба сумели удержать страну от втягивания в ненужные конфликты и найти стратегического союзника в европейской политике. В августе 1726 года после долгих и трудных переговоров был заключён русско-австрийский союзный договор, определявший взаимные гарантии европейских границ, условия совместных действий против Турции и сохранение статус-кво государственного строя Речи Посполитой.
Отказ от датского похода и выбор стратегического союзника в Европе позволили вернуться к решению внутренних проблем, главными из которых были перенапряжение сил страны и хроническая нехватка средств. Выбор был сделан в пользу сокращения затрат на государственный аппарат и привёл к ломке созданной Петром I системы управления. Количество сотрудников всех коллегий сокращалось вдвое. В Юстиц- и Вотчинной коллегиях прекращалась выплата жалованья — служащие должны были обеспечивать себя за счёт добровольных «акциденций» просителей.
«Известно нам учинилось, что нашей империи крестьяне, на которых содержание войска положено, в великой скудости находятца и от великих податей и непрестанных экзекуций и других непорядков в крайнее и всеконечное разорение приходят», — гласил именной указ от 9 февраля 1727 года. Военным надлежало срочно завершить все дела по переписи и вернуться в свои части. Полки выводились с недостроенных полковых дворов в города, а 2/3 офицеров и солдат из дворян могли отправиться в отпуск в свои имения, «когда конъюнктуры допустят». Сбор подушной подати переходил к провинциальным воеводам, которые имели дело непосредственно с помещиками и вотчинной администрацией. Началось сокращение петровских учреждений и должностей: администрации судов, прокуроров, земских комиссаров и пр. В 1727 году был упразднён Главный магистрат. Управление городским и сельским населением по традиции XVII века передавалось губернаторам и воеводам, поскольку, гласил указ, «чин воеводский уездным людям в отправлении всяких дел может быть страшнее». По предложению Меншикова правительство решило отчеканить легковесные медные пятаки на общую сумму два миллиона рублей и низкопробные серебряные гривенники. Инициаторы этого шага понимали, что он неизбежно вёл к обесценению денег и вздорожанию товаров, но видели явное преимущество в том, что «денег будет в казне и в народе довольно».
