Конечно, эти изменения не были радикальными. По приговорам волостных судов крестьян продолжали пороть. Деятельность земств и городских дум была ограничена их финансовыми возможностями (они получали средства только в виде сборов с земли и с выдачи прав на торговлю и промыслы) и контролем со стороны администрации — губернатор мог отменить любое их решение. Сохранялся особый духовный суд по семейному праву. Герои романа Льва Толстого «Анна Каренина» не могли развестись, поскольку сам по себе роман Анны с Вронским по этим законам основанием для развода не являлся — необходимо было публичное уличение в прелюбодеянии, совершённом в присутствии свидетелей. Сохранялась и привилегия («административная гарантия») для чиновников: только министр или губернатор решал вопрос о привлечении своих служащих к суду, а чаще всего просто увольнял их.
Реформы стимулировали экономическое развитие — в стране началось масштабное железнодорожное строительство, вызвавшее создание новых отраслей промышленности. К 1865 году протяжённость железных дорог составила три тысячи километров, они соединили Москву с основными хлебопроизводящими районами и морскими портами. В 1880 году была введена в эксплуатацию Оренбургская железная дорога, доставлявшая российские товары на азиатские рынки; в ходе её прокладки Александр II лично курировал строительство самого длинного в Европе Сызранского моста через Волгу, состоявшего из тринадцати пролётов по 111 метров.
Преобразования были важным шагом на пути модернизации российского общества, но практически не затронули политическую систему. А ведь такие планы имелись. Министр внутренних дел Пётр Александрович Валуев в 1861—1863 годах предлагал создать Кабинет министров во главе с премьером, отвечавшим за работу своей «команды», ввести систему одинакового для всех подоходного налогообложения и образовать при Государственном совете нижнюю палату из выборных представителей земств, городов и национальных окраин с правом совещательного голоса: «Это мероприятие представляет то преимущество, что не наносит никакого удара полновластию государя, сохраняет ему всю законодательную и административную силу, а между тем создаёт центральное учреждение, которое было бы чем-то вроде представительства страны. Император смог бы призвать туда временных советников, взятых из различных провинций империи, и привлечь их к законодательным работам, не допуская в департаменты и не растягивая период законодательных работ на весь год».
Но эти предложения были отклонены царём. «Я готов подписать какую угодно конституцию, если бы я был убеждён, что это полезно для России. Но я знаю, что сделай я это сегодня — и завтра Россия распадётся на куски», — отвечал Александр II в 1865 году на предложение собрать «выборных людей». А ведь в таком «парламенте» дворяне, буржуазия и даже крестьяне приобретали бы политический опыт, закладывались бы основы будущих политических партий; тем самым монархия не только не проиграла бы, но и расширила собственную опору.
Боязнь распада империи была не единственной причиной незавершённости реформ — в стране ещё отсутствовало активное общественное движение, способное «подтолкнуть» правящие круги к их продолжению.
Эйфория «эмансипации», надежды на быстрое преодоление хозяйственной и культурной отсталости прошли; реализация реформ приносила разочарование — ломка традиционного уклада жизни была болезненной для всех слоёв общества. С одной стороны, дворянство в своих собраниях и земствах выступало с критикой правительственного курса. С другой стороны, появились молодые радикалы-«нигилисты», отрицавшие образ жизни предшествовавшего поколения: «Наши отцы были стяжателями, ворами, тиранами и эксплуататорами крестьян». Студенты, гимназисты, семинаристы, стриженые барышни-курсистки активно протестовали против светских манер и приличий, бесправия, казённой системы преподавания. Эти горячие головы требовали всего и сразу. Рядом с идейными противниками режима появились эмансипированные карикатуры. В Третье отделение поступило донесение: «Приказчик из магазина Исакова надул при публике “гондон”, а полиции заявил, что его мать — нянька у великого князя Николая Николаевича... о том, как с ним поступила полиция, [он] сообщит Герцену для напечатания в “Колоколе”».
К политическим сложностям добавилась трагедия в царской семье: в апреле 1865 года на 22-м году жизни скончался наследник Николай Александрович.
