С фронта царь вернулся в декабре 1877 года. Но и в России покоя не было. Правительство думало не столько о продолжении реформ, сколько о борьбе с революционерами. Созданная в 1879 году законспирированная и централизованная организация «Народная воля» со своей типографией, бюджетом в 80 тысяч рублей и службой безопасности, агент которой долгое время работал в Третьем отделении, приступила к политическому террору. Их главной мишенью стал император, олицетворявший ненавистный режим. Александру долго везло: его поезд не сошёл с подорванных рельсов осенью 1878 года на пути из Крыма, он сумел уклониться от шести выстрелов в упор из револьвера на Дворцовой площади в апреле 1879-го, в феврале 1880-го опоздал к обеду, когда народоволец Степан Халтурин взорвал царскую столовую в Зимнем дворце. Царская семья не пострадала, но на месте взрыва, разнёсшего перекрытия двух этажей, погибли пять человек и ещё 37 были ранены.
В мае 1880 года скончалась императрица Мария. Едва прошло 40 дней, как Александр II в Царском Селе тайно обвенчался со своей Катей, которой пришлось ожидать этого дня 14 лет. Вскоре она получила титул светлейшей княгини Юрьевской. Позаботился государь и об обеспечении семьи: из своего капитала, составлявшего 12 миллионов 470 тысяч рублей, перевёл на имя жены 3,3 миллиона.
Его последняя любовь была искренней, но для династии опасной: Долгорукова родила от государя сына и двух дочерей и не скрывала желания добиться для них более высокого статуса. Конфликты с наследником и особенно с дамами из царской фамилии, на дух не переносившими «авантюристку», привели к тому, что в июле 1880 года государя хватил удар — на время отнялись рука и нога.
После Берлинского конгресса царь сосредоточил внимание на внутренних делах и постепенно стал вновь склоняться к тому направлению, которого придерживался в первые десять лет своего правления. В феврале 1880 года он назначил председателем Верховной распорядительной комиссии министра внутренних дел графа М. Т. Лорис-Меликова, известного не только боевыми заслугами, но и успешной борьбой с террором в бытность харьковским генерал-губернатором, сочетавшего подавление «крамолы» с либеральной программой. Александр II понимал и принимал её, говоря: «Был у меня один человек, который пользовался полным моим доверием. То был Я. И. Ростовцев (председатель Редакционных комиссий. —
Лорис-Меликов, получивший для борьбы с революционерами диктаторские полномочия, предложил для успокоения общества включить в состав Государственного совета представителей от земств и городских дум для обсуждения вырабатываемых законопроектов. Александр II принял предложение «первого министра». Поданный 28 января 1881 года всеподданнейший доклад был одобрен на совещаниях высших чинов 9 и 14 февраля.
Первого марта император утвердил проект правительственного сообщения, призванного информировать подданных о готовящихся реформах:
«...Государь император, следуя влечениям своего любвеобильного сердца и желая явить новый знак монаршего доверия к своим верноподданным, по разсмотрении соображений министра внутренних дел в Особом совещании из высочайше назначенных к тому лиц, всемилостивейше соизволил одобрить основную мысль относительно пользы и своевременности привлечения местных деятелей к совещательному участию в изготовлении центральными учреждениями законопроектов по тем вопросам, которые признаны будут его величеством подлежащими ныне разрешению...
Подготовительные Комиссии учреждать из чинов правительственных ведомств и приглашённых, с высочайшего соизволения, сведущих, служащих и неслужащих, лиц, известных своими специальными трудами в науке или опытностью по разным отраслям государственного управления и народной жизни...