Два года спустя после коронации царь Иоанн женился, точнее, его женили, на дочери именитого боярина Салтыкова Прасковье. Она была старше своего суженого на два года, но, как и её супруг, оставалась «безмолвной» за толстыми стенами кремлёвских палат. Лишь в торжественных случаях Иоанн в полном царском облачении являлся перед народом или присутствовал на приёме иностранных послов и церковных празднествах. В основном же он вместе с красавицей-женой вёл мирную уединённую жизнь, несмотря на свой высокий титул, в вопросы политики не вмешивался, предоставив решение всех государственных дел своей властолюбивой сестре Софье, которая была назначена регентом молодых царей.
Первые пять лет супружеской жизни детей в семье не было, а затем Прасковья стала рожать одну дочь за другой. Первые две скончались во младенческом возрасте. 29 октября 1692 года Благовест Успенского собора Московского Кремля вновь возвестил о прибавлении в царской семье. Девочку назвали Катериной. Год спустя в семье молодого царя появилась дочь Анна, а ещё через год Прасковья. Катерине будет суждено соединить семейство Романовых с герцогским Домом Мекленбург-Шверина. Вторая, Анна, в течение десяти лет будет восседать на престоле. Но это случится уже после смерти отца. Он умер в январе 1696 года, едва достигнув тридцати лет: во время рождественского крестного хода Иоанн Алексеевич промочил ноги и, не справившись с сильной простудой, скоропостижно скончался. Похоронили его в Архангельском соборе Кремля.
Принц Брауншвейгский, внук царевны Екатерины Иоанновны и герцога Мекленбург-Шверина Карла Леопольда, с 1740 по 1741 г. номинальный российский император.
Иоанн родился 12 апреля 1740 года в Петербурге. Его матерью была Анна Леопольдовна, урождённая принцесса Мекленбургская, племянница императрицы Анны Иоанновны. Отец — принц Брауншвейг-Вольфенбюттельский Антон Ульрих. Когда младенцу было два месяца, императрица Анна Иоанновна издала манифест о назначении его своим законным наследником на российский престол. 17 октября того же года после тяжёлой болезни государыня скончалась. Императором был объявлен маленький Иоанн. Сначала регентом при нем был фаворит усопшей императрицы Эрнст Бирон, а затем вместо него регентшей была объявлена мать ребёнка Анна Леопольдовна.
В ночь на 25 декабря 1741 года был совершён дворцовый переворот. Утром был издан манифест о восшествии на престол цесаревны Елизаветы Петровны Романовой. О незаконности прав Иоанна VI в нем не было сказано ни слова. Вступившая на престол императрица поспешила, однако, навсегда вытравить память о своём предшественнике: приказала уничтожить монеты и медали с его изображением, а также сжечь все бумаги, в которых упоминалось его имя.
Елизавета сурово обошлась с брауншвейгским семейством. Под охраной большого конвоя семью отправили на север России и поселили в Холмогорах, небольшом городке в 70 вёрстах от Архангельска. Маленького Иоанна с родителями разлучили. Его поместили в отдельном небольшом доме и содержали в полной изоляции. К нему был приставлен надзиратель, получивший соответствующие инструкции: ребёнок не должен был знать, кто он и чей он сын.
В 1746 году скончалась мать Иоанна, но ему об этом не было сказано. С ним могли общаться лишь несколько приставленных лиц, которые не должны были знать тайны происхождения мальчика. Но вопреки всем запретам кто-то обучил Иоанна грамоте, а также рассказал ему, кто он такой и как был свергнут с престола. Это резко ухудшило судьбу правнука царя Иоанна V. В строжайшем секрете шестнадцатилетнего юношу перевезли в Шлиссельбургскую крепость. В то время она ещё не была тюрьмой, а служила оборонительным военным сооружением. Отца с детьми (их было четверо) оставили в Холмогорах.
Дальнейшая недолгая жизнь таинственного узника прошла в небольшом тёмном каземате, расположенном в крепости. Страже был дан строгий наказ никому не рассказывать об арестанте. Первый раз его вывели на прогулку лишь спустя четыре года пребывания в крепости. Бывший император — ему уже исполнилось двадцать лет — вновь увидел деревья, цветы, зелёную траву, морские волны.
По мнению большинства русских историков Иоанн Антонович вырос болезненным человеком с «вспышками» полного отсутствия разума. Однако с точки зрения современных исследователей, свергнутый император был вполне нормален. Только зная о своём происхождении, он часто впадал в истерику и требовал освобождения.
Елизавета Петровна правила двадцать лет. Пришедшая после её смерти к власти Екатерина II, принцесса Ангальт-Цербстская, оказалась перед проблемой: что делать с узником, объявленным когда-то императором, правнуком царя Романова. Сначала она решила женить его на себе и тем самым узаконить свои права на российский престол. Екатерина II под каким-то предлогом посетила Шлиссельбургскую крепость, чтобы посмотреть на бедного узника. Но увидев бледного молодого человека с седыми прядями длинных спутанных волос и реденькой рыжеватой бородкой, обрамляющей измождённое лицо, императрица передумала.
