Будучи умной и расчетливой, Екатерина сразу же узрела огромную потенциальную опасность ее властительству в православной стране, исходившую от таких независимых авторитетов, как Ростовский Митрополит. Потому и преследовать его она начала с лютой беспощадностью. Арсений был арестован, препровожден под усиленным военным конвоем в Москву и помещен под «крепкий караул» в Симоновом монастыре.
Императрица лично следила за всем ходом «дела Арсения» и давала инструкции по его содержанию. Мало того, она лично решила допросить Арсения, который и в её присутствии повторил свои доводы и против секуляризации, как и вообще против вторжения в церковные дела светских лиц. Не утаил он и своих сомнений по поводу законности властепреемственности самой Екатерины. С «великой государыней» при этом случилась чуть ли не истерика, и она завопила, чтобы ему «закляпили рот».
Волю повелительницы приспешники исполнили немедля. Арсений уже в апреле 1763 года был привлечен к синодальному суду по обвинению «в оскорблении Величества». Суд был скорый и неправый; его решение определяла сама Екатерина II. Снять священнический сан, сослать в отдаленный северный Николо-Карельский монастырь и «строго смотреть» за тем, чтобы он не смог и там «развращать ни письменно, ни словесно слабых и простых людей».
Владыка же и в отдаленной ссылке оставался честным и простодушным. Он не только не прекратил «возмутительных речей», но и «совратил» монастырскую братию, среди которой очень быстро стал пользоваться почитанием. Естественно, что нашлись «доброхоты», оповестившие о том «венценосную особу», которая просто пылала огнем неугасимой ненависти. Арсений был снова судим и лишен монашеского чина. В 1767 году он был под охраной перевезен из Архангельской губернии в Ревель. Там полуживого Арсения поместили в крепостном каземате, запретив с ним всякие разговоры.
Но и на этом Екатерина не успокоилась. Она лично написала коменданту, чтобы, когда арестант будет умирать, «попа при смертном часе до него допустить с потребою, взяв с попа подписку под смертной казнью, что не скажет о нем никому». Повелительница объяснила и причину: «Народ его очень почитает, исстари и привык его считать святым». В конце концов камеру просто замуровали, оставив лишь маленькое оконце для передачи пищи. Да и ту давали от случая к случаю, истязая страдальца и голодом. Заживо погребенный Арсений прожил еще некоторое время и преставился 28 февраля 1772 года, и в тот же день он был тайно погребен. Фактически Екатерина II убила престарелого Владыку, а его «дело» навсегда осталось темным пятном её царствования. Конечно, почитатели «Екатерины Великой» в своих восторженных описаниях это злодеяние обходят стороной…
Цесаревич и Цесаревна оказались в трудном положении. Разговоров «о пользе путешествий» в присутствии Императрицы больше не возникало. Время шло, и надо было что-то делать. За советом было решено обратиться к мудрому Никите Панину. Мария Фёдоровна написала «проект условий», которые «нужно соблюсти, чтобы привести в исполнение планы о путешествии». Рука Марии выводила на бумаге планы, которые формулировал ей Цесаревич. По вполне понятным причинам он не рискнул сам в этом щекотливом случае корреспондировать сановнику, находившемуся в полуопале. Речь ведь шла, по сути дела, о том, как обыграть Императрицу и заставить её согласиться на то, что не соответствовало её намерениям. В том же, что такого желания у Самодержицы не имелось, не приходилось сомневаться.
Указанный план действий Никита Панин внимательно прочитал и сделал важные дополнения и пояснения. Он-то хорошо знал Фике, знал, что этой тщеславной особе нельзя ничего навязать, её нельзя ни в чём убедить; она будет намертво стоять на своём, и никакие аргументы тут не сработают. Исключение составляли лишь фавориты, которые могли и капризами и лестью заставлять Самодержицу изменять свои решения и принимать то, что буквально ещё вчера отвергалось. Для всех же остальных подобный путь был навсегда закрыт. Императрицу можно лишь тонко привести к принятию необходимого решения, но так, чтобы это решение вроде бы ей самой и пришло в голову. Здесь нужны были ненавязчивые, но целеустремленные приемы; это была «высшая придворная дипломатия», приемами которой Панин и поделился с Павлом и Марией.
В первом пункте «записки» Марии Фёдоровны значилось, как затевать беседу о желании совершить заграничное путешествие: ссылаться на пример других монархов, в первую очередь Императора Иосифа. Начинать же подобный разговор надо «в подходящее время». Этот пункт Никита Панин прокомментировал следующим образом:
