Предложение Панина предполагало два существенных изменения в государственном устройстве. Во-первых, он предлагал учредить Императорский совет «в шести и до осми персонах», который собирался бы в присутствии государыни и обсуждал будущие законы. Во-вторых, он рекомендовал разделить Сенат, который был высшим судом России, но также и одним из ее важнейших органов контроля, на шесть департаментов: по внутренним политическим делам, апелляциям, коммерции, юстиции, военным делам, управлению провинциями [СИРИО 1867–1916, 7: 209–217].
Императорский совет должен был рассматривать «все дела, принадлежащия по уставам государственным и по существу монаршей самодержавной власти нашему [императрицы] собственному попечению и решению» [СИРИО 1867–1916, 7: 212]. В совет Панин предполагал включить четырех статских секретарей: иностранных дел, внутренних дел, военного департамента и морского департамента. Он также планировал включить в совет по меньшей мере двух секретарей без портфеля [СИРИО 18671916, 7: 211–212]. Четыре статских секретаря «с портфелями» должны были вести переписку с самодержицей и своевременно представлять отчеты с «точным сведением» по вопросам, находящимся в их сфере ответственности. В пределах своей компетенции статские секретари должны были выступать в качестве представителей монарха. По формулировке Панина, «…секретари должны быть нашею живою запискою рачительному государю принадлежащаго точнаго сведения о установлениях и состоянии всех вещей составляющих дела, порядок и положение государства всего, в чем каждый по своему департаменту и заимствует часть нашего собственного [монарха] попечения». Совет в целом должен был стать таким механизмом, «чтоб средством онаго сам государь мог объять все части государственныя под свое монаршее попечение для удобнейшаго в пользу общую законодательства». Императорский совет, по замыслу Панина, есть «не что иное, как то самое место, в котором мы [государыня и секретари] об империи трудимся…» [СИРИО 1867–1916, 7: 212].
Панин предложил проводить заседания Совета каждый будний день, кроме праздников. На заседаниях совета секретари должны были представлять вопросы на рассмотрение монарха, высказывать по ним свое мнение и приглашать к обсуждению других членов совета. При этом должен был вестись стенографический протокол обсуждения, подписываемый каждым участником заседания, что гарантировало бы его достоверность. Согласно статье 10 плана Панина, «всякое новое узаконение, акт, постановление, манифест, граматы и патенты, которые государи сами подписывают, должны быть контрасигнированы тем статским секретарем, по департаменту котораго то дело производилось, дабы тем публика отличать могла, которому оное департаменту принадлежит». Панин утверждал, что эта оговорка в статье 10 гарантировала, что «из сего императорскаго совета ни что исходить не может инако, как за собственноручным монаршим подписанием». В конце проекта Панин писал, что каждому статскому секретарю должна быть предоставлена «свободность» обсуждать с монархом новые императорские указы, «ежели они в исполнении своем могут касаться или утеснять наши государственные законы или народа нашего благосостояние». Согласно тексту проекта, государыня «конфирмует правом» ту самую «свободность», которую предоставил правительству Петр [СИРИО 1867–1916, 7: 214].
Представляя проект реформы Сената, Панин призывал, чтобы каждый из вновь создаваемых департаментов принимал решения в коллегии, состоящей «не меньше как из пяти сенаторов». Единогласные решения той или иной департаментской коллегии должны были «почитаться… равно как бы всем сенатом то учинено было» [СИРИО 1867–1916, 7: 215–216]. Любой важный вопрос, который не мог быть решен единогласно, передавался генерал-прокурору Сената, которому предписывалось при решении проблемы «поступать весьма осмотрительно» [СИРИО 1867–1916, 7: 216]. По замыслу Панина, обер-прокурор (глава департамента) был вправе попытаться разрешить спорный вопрос внутри департамента, однако разногласия между обер-прокурором и сенаторами или противоречия между сенаторами, оставшиеся неразрешенными после обсуждения в департаменте, должны были передаваться на обсуждение всего Сената. В этом случае генерал-прокурор имел право по своему усмотрению созвать полное собрание Сената для обсуждения и решить дело большинством голосов [СИРИО 1867–1916, 7: 215–216]. Правовые решения Сената «для всяких новых и в департаментах не трактованных еще государственных дел» должны были совершаться «по государственным уставам и в силе законов». Если же новаторские толкования полностью выходили за рамки положений действующего свода законов, то генерал-прокурор должен был доложить об этом самодержцу [СИРИО 1867–1916, 7: 216].