Особую ярость вызвало у запорожцев разорение князем Голицыным Самаро-Михайловского Запорожского монастыря, в котором доживали свой век монахи - старые запорожцы. Монахи были недовольны строительством возле монастыря военной крепости с назначенным московским воеводой. Князь Голицын, возвращаясь после второго неудачного похода из Крыма, буквально разгромил монастырь, не пощадив престарелых монахов. После этого позорного дела запорожцы стали в открытую оппозицию гетману Мазепе, которого считали главным пособником Москвы и даже начали переговоры с Крымским ханом. В 1692 году на Запорожье появился войсковой канцелярист Петро Иваненко (Петрик), который стал генеральным писарем и возглавил оппозиционное движение против гетмана Мазепы. Однако, его намерения не были поддержаны украинским казачеством и трехлетние попытки поднять украинских казаков на выступление против гетмана успехом не увенчались.
1708 год стал для Запорожского коша годом возрождения политического признания со стороны гетмана Мазепы, который, приняв решение подчиниться шведскому королю, обратился к запорожцам за помощью. Вначале запорожцы сомневались в намерениях гетмана и выпытывали, что им ожидать от нового союза. Политические настроения на Запорожье были всегда переменчивы и зависели от силы той или иной партии. Старики настаивали на сохранении верности царю и даже послали Мазепе извещение об этом. Но кошевым атаманом в тот период был Кость Гордиенко, ярый враг московских властей. Запорожцы собрались на раде и выслушали универсал Мазепы, в котором он особенно упирал на то, что сам слышал, как царь говорил: "Надобно искоренить этих воров и злодеев запорожцев". Рада приняли сторону Мазепы, после чего кошевой атаман Кость Гордиенко с товарищами выехал в Диканьку, где и встретился с бывшим гетманом. Объяснившись теперь с глазу на глаз, сечевики на следующий день были представлены королю Карлу, перед которым Гордиенко произнес речь. Запорожцы провели в гостях несколько дней, вместе с украинскими казаками и присягали друг другу в верности. Одновременно казаки и Карл составили и утвердили договор, по которому Карл обязывался не заключать мир с царем без условия изъятия Украины и Запорожья из состава России.
В апреле 1709 года запорожцы, на помощь которым пришли шведы, разбили войско генерала Рена. Тогда фельдмаршал Шереметьев направил в Запорожье полковника Яковлева, который вместе с перешедшим на сторону царя полковником Галаганом, разрушил Сечь. Причем раздражение и гнев нападавших были столь велики, что они не только убили всех до единого казаков, находившихся в Сечи, но даже разрывали казацкие могилы и отрубали мертвым головы.
Теперь, после такого отступления, которое было необходимо для объяснения участия запорожских казаков в предприятии Мазепы, перейдем к описанию событиям, последовавших после измены гетмана.
Полтавская битва. В начале июня 1709 года противоборствующие силы встретились возле Полтавы, обложенной шведами. В это время в самой Полтаве находился русский гарнизон. Карл безуспешно пытался овладеть городом. Но шведская армия, особенно после страшной зимы, представляла собой довольно жалкое зрелище. Петр же привел свежие силы. Карл пытался уклониться от сражения, но этого уже нельзя было сделать: он был со всех сторон окружен русскими войсками, украинскими полками гетмана Скоропадского, польскими войсками - противниками короля Станислава и даже калмыками с волохами. 27 июня началась полтавская битва. Самоуверенный Карл не сомневался в своем успехе. Днем раньше раненный в ногу, король уверенно заявил своим генералам: "Завтра мы будем обедать в шатрах у московского царя, нет нужды заботиться о продовольствии солдат, в московском обозе всего много приготовлено для нас". Начало битвы было за шведами, но через короткое время благодаря усилиям русских генералов и разногласиям в стане противника, ход битвы изменился, и к полудню дело было решено. Шведская армия была разгромлена, Карл, Мазепа и оставшиеся в живых, в том числе и запорожцы (которые, кстати, участия в битве фактически не принимали) бежали. Сломленный Мазепа из последних сил убеждал Карла бежать как можно скорее, страшней смерти виделся ему плен и сама возможность встречи с тем, кто ему доверял в течение 20 лет.
Петр на радостях начал праздновать победу, забыв о противнике. Снаряженная позже погоня за Карлом и Мазепой длилась почти месяц. Только чудом, благодаря знаниям запорожцев местности и способов переправы через реки, беглецам удалось уйти. Но старый гетман уже не мог вынести тяжелейшего напряжения последних месяцев и умер 2 августа 1709. Он был похоронен в Яссах в присутствии казаков и шведского короля. Оставшаяся с ним старшина с помощью Карла XII избрала гетманом Филиппа Орлика, который стал первым украинским гетманом в изгнании.
Отношение православной церкви к Мазепе.