20 мая 1998 г. он был отстранен от должности председателя Комитета по обороне, а в ночь с 2 на 3 июля того же года — убит на собственной даче. В его убийстве обвинили супругу — Тамару Рохлину.
В ходе расследования убийства в лесополосе недалеко от места преступления нашли три обгоревших трупа. Многие соратники Рохлина считали, что это и есть исполнители — настоящие убийцы, которых ликвидировали ельцинские спецслужбы.
По другой версии, посчитали убийцами его трех охранников. Все трое изворачивались, путались и врали так, что их причастность к убийству лидера ДПА становилась все очевидней. Однако следствие пошло по легкому пути. Тянулось оно долго, проводилось дважды с затягиванием судебного процесса.
По первому суду жену Рохлина приговорили к 8 годам колонии. Уже находясь на «зоне» эта несломленная женщина при помощи адвоката А. Кучерены подала жалобу в Страсбургский суд по правам человека и выиграла дело. Суд постановил в качестве компенсации за моральный вред в ходе незаконного уголовного преследования взыскать с российских властей в пользу истицы 8 000 евро. Верховный суд РФ приговор в отношении осужденной Т.П. Рохлиной отменил как несправедливый, незаконный и необоснованный.
По словам Рохлиной, «огромная сумма денег, собранная со всей России единомышленниками мужа для финансирования акции по освобождению страны, пропала с дачи сразу после убийства».
После повторного следствия был второй суд, в ходе которого 29 ноября 2005 г. было вынесено решение о признании Рохлиной виновной в убийстве мужа. Ее приговорили к четырем годам лишения свободы условно.
Сразу после убийства лакействующие СМИ поспешили озвучить бытовую версию убийства. Больную женщину Тамару Рохлину упрятали на полтора года в СИЗО, гноили в переполненных душных камерах, в то время как дома страдал больной сын Игорь — пожизненный инвалид I группы. На нее давили, мол, хочешь на свободу — пиши «признательные показания». Но она не сломалась и стояла на своем: «Не убивала!»
В своем последнем слове на суде истерзанная женщина открыто выступила в поддержку планов супруга «мирным путем сбросить кремлевских временщиков с шеи замордованного народа»:
В книге бывшего вице-премьера М. Полторанина «Власть в тротиловом эквиваленте. Хроника царя Бориса» автор утверждает:
А что касается самого мятежа, бывший советник Рохлина Петр Хомяков рассказывал журналистам, что должны были быть перекрыты трассы, по которым в Москву доставлялись некоторые товары. Лужков назывался непосредственным участником проекта Рохлина. В случае прихода к власти планировалось создание Комитета спасения России и институтов «смотрящих за властью», на которых замыкалась бы и исполнительная власть, и законодательная, и армия, и милиция.
Попытка смещения Ельцина провалилась.
На эту тему в Интернете автор нашел такой текст одного из блогеров:
