Затем, после долгой осады, был взят город Люблин. В праздничный вечер казаки подожгли синагогу, когда в ней было много молящихся, и во время пожара в еврейском квартале убили сотни человек. Произошло это в праздник Суккот, и долгие годы затем этот праздник для люблинских евреев был днем памяти и плача. В городе Быхове в Белоруссии казаки убили триста евреев, затем «огнем и мечом» разорили Пинскую общину и весь Пинский округ. Когда войско Богдана Хмельницкого и Ф.В. Бутурлина осадило Львов, Хмельницкий потребовал от жителей этого города выдать ему евреев. «Евреи, — писал он магистрату города, — как враги Христа и всех христиан должны быть выданы нам со всем своим имуществом, с женами и детьми». Но взять Львов за всю войну так и не удалось. Кстати, обороняли его все сословия, невзирая на свою национальную и конфессиональную принадлежность. Доставалось и белорусским городам. Как и во Львове, защищая родину, вместе с белорусами на городских стенах Быхова, Слуцка, Несвижа и других городов мужественно стояли евреи, католики и представители других конфессий.
Слуцк, например, так и не был ни разу взят за всю 13-летнюю войну Алексея Михайловича, хотя боевые действия велись в основном на территории Беларуси. Причины такого упорства объяснимы: после взятия городов ВКЛ московскими войсками их укрепления и замки, как правило, срывались, а население в значительной мере либо уничтожалось, либо уводилось в плен. Например, в Гродно был разрушен Старый замок, построенный при Витовте и перестроенный при Стефане Батории. Первую столицу ВКЛ — город Новогрудок московские войска брали дважды, поэтому от посада и замка там остались одни руины, а сам город никогда более не оправился от этого нашествия. Немало пострадали Минск, Борисов, Пинск, Туров, Орша, многие другие белорусские города поменьше, не говоря уже о многострадальном Гомеле.
Вообще, облик почти всех белорусских городов в результате этой войны был изменен почти до неузнаваемости. Первоначально незначительно пострадали только Полоцк, Витебск и Могилёв, жители которых присягнули царю добровольно. Военную разруху довершила эпидемия чумы, самая крупная в XVII веке на территории ВКЛ и Московского царства. Она волнами прошла сквозь города и поветы Великого княжества Литовского дважды, сначала с востока на запад, а после — с запада на восток. Кроме того, эпидемию сопровождал ужасный голод. «Господь Бог допустил в воеводстве Минском, в различных местах и в моем доме огромное количество полевых мышей, так что хлеб, сначала на полях, а потом в копнах, амбарах и гумнах, они ужасно портили. За сим попущением Божиим тотчас наступил голод, который продолжался до уборки хлеба 1657 года: люди ели кошек, собак, всякую падаль, напоследок резали людей, и тела их ели, не давали покоя в гробе человеческим трупам. Это все я, ничтожный человек, видел собственными глазами», — писал в те годы Ян Цедровский.
Сколько людей в Великом княжестве Литовском погибло в результате интенсивных военных действий, а сколько от чумы, сказать невозможно — в условиях войны такая статистика не велась. А вот потери от чумы в Московском государстве, где никаких боевых действий не было и текла мирная жизнь, известны. Писцовые и переписные книги отмечают колоссальные потери населения, вызванные этим бедствием. К примеру, в Чудовом, Вознесенском и Ивановском монастырях умерло от 70 до 87 % монахов. Калуга потеряла 70 % своих жителей, Торжок — 26,4, Кашин — 26,6, Тула — 70,4, Переяславль Рязанский — 85,6, Углич — 45,9, Суздаль — 45,8, Переяславль-Залесский — 79,4 %. В самой Москве количество умерших на «боярских дворах» доходило до 95 %, например, у Б.И. Морозова умерло 343 человека, а осталось 19, у А.Н. Трубецкого умерло 270, осталось 8. По рассказам толмача, прибывшего к антиохийскому посольству, будто бы от «морового поветрия» в Московском царстве умерло 480 000 человек. «Многие жители из городов бежали в поля и леса, но из них мало кто остался в живых». Таким образом, потери от «морового поветрия» в Московском государстве были ужасные. На дорогах стояли кордоны, которые не пропускали в города посторонних, чтобы хоть как-то попытаться воспрепятствовать заразе. Но тщетно. Мор в равной степени косил и ратников, и жителей, не разбирая ни национальности, ни вероисповедания.
В ВКЛ ситуация была и того хуже, мор прекратился только в январе 1658 года. Упомянутый Ян Цедровский в своих записках писал: «Насилу уничтожилось поветрие, которое началось в 1653 году в октябре, в это время зверь достаточно поживился телами людей». Возможно, первоначально чуму в ВКЛ в какой-то степени и занесли московские войска, но обвинять их в этом по меньшей мере глупо. В равной степени можно обвинить еще Украину, где в городе Гадяче, например, были тогда сожжены две «жонки», которые «на пытках повинились в том, что, будучи ведьмами, напускали моровое поветрие».
