Ключевая идея административной реформы заключалась в разделении функций федеральных органов исполнительной власти на три типа: правоустанавливающие (закреплены за министерствами), правоприменительные (принадлежат агентствам, управляющим госимуществами, финансами и оказывающим профильные госуслуги) и контрольно-надзорные (входят в сферу полномочий федеральных служб). При запуске административной реформы в мае 2004 года планировалось соответствующим образом разграничить полномочия и ответственность между министерствами, агентствами и службами. Формально, на уровне положений о федеральных ведомствах, это разграничение было проведено еще в апреле 2004 года. Фактически оно не произошло до сих пор, что стало главным функциональным недостатком проводимых преобразований. Главная причина – в отсутствии подробно разработанных и законодательно утвержденных стандартов госуслуг и административных регламентов их предоставления, то есть как раз инфраструктурной и институциональной базы реформы. Соответствующая работа начата правительственной комиссией по административной реформе лишь в I квартале 2005 года.
Согласно регламенту деятельности Правительства, министры утверждают службам и агентствам смету расходов и производят ключевые кадровые назначения. Таким образом, федеральные службы, осуществляющие надзорные функции, не были выведены из-под контроля министерств. Этот второй функциональный просчет разработчиков реформы предопределил борьбу Председателя Правительства и ключевых министров за контроль над федеральными службами. Установившееся хаотическое распределение надзорных функций не мотивировано логикой эффективного государственного управления. Оно отражает сложившийся баланс аппаратных влияний премьера, ключевых экономических министров и конкурирующих группировок в Администрации Президента. Вместе с тем утверждение сметы расходов не является достаточным рычагом для оперативного контроля министерств над деятельностью агентств. Осуществлять оперативный контроль над агентствами, в части их расходования смет и управления госимуществами, министерства не вправе.
Административная реформа была начата в условиях отсутствия четко регламентированных полномочий, зон ответственности и субординации вновь созданных федеральных органов исполнительной власти. Равным образом не были заранее отработаны: взаимодействие между вновь созданными структурами; взаимодействие самих новых ведомств с собственными территориальными органами; взаимодействие новых структур госуправления с хозяйствующими субъектами.
В настоящее время деятельность ряда агентств носит фактически фиктивный характер. Целый ряд агентств и госкомпаний, наоборот, открыто игнорируют указания профильных министров. Это в особенности характерно для системы Минтранса, где министр фактически утратил оперативный контроль над Федеральным агентством воздушного транспорта (Росавиацией), Федеральным агентством железнодорожного транспорта и ОАО “РЖД”. Подобная ситуация характерна и для взаимоотношений Минфина России с Федеральной налоговой службой и пр. Отмечен беспрецедентный случай двойного подчинения федеральной службы. Например, Федеральная таможенная служба находится в ведении Минэкономразвития, контролирующего нормативно-правовое регулирование в таможенной сфере. Кроме того, в ведении Минфина осталось право определять таможенную стоимость товаров (на основе которой и устанавливается размер пошлины) и контролировать поступление таможенных платежей через систему Федерального казначейства. Таким образом, за ФТС остались только функции надзора за выполнением законодательства участниками внешней торговли.
В целом, по оценке экспертов правительственной Комиссии по административной реформе, число признанных избыточными и ликвидированных функций Правительства составляет примерно 2 тысячи. Как полагают эксперты, из оставшихся примерно 3 тысяч около 200 важных функций, объединенных логикой управления в 30-40 однотипных групп, неправомерно раздроблены, распределены между несколькими федеральными ведомствами; неадекватно своему значению представлены в структуре федеральных органов исполнительной власти, фактически выполняются не теми ведомствами, за которыми они закреплены указами Президента и распоряжениями Правительства.
Форсированные мероприятия по реализации административной реформы вызвали ускоренную фрагментацию Правительства. Уже в апреле–мае 2004 года оно превратилось в конгломерат конкурирующих групп игроков, занятых ожесточенной борьбой за ключевые властные функции (формирование бюджета, управление Стабилизационным фондом, управление госимуществом, таможенное регулирование и пр.).
