Объезжал он и другие приходы в Японии. 17 октября 1954 г. Ириней открыл семинарию, закрытую еще в 1919 г. Это было необходимо: возраст всех священников был преклонным. Сначала для занятий использовали Клуб молодежи, пока в сентябре 1955 г. не освятили здание семинарии, воздвигнутое усилиями епископа. В нем имелись три большие классные комнаты, студенческое общежитие, кухня, умывальник, гардеробная, канцелярия и кладовая. Строительство этого, на первый взгляд, небольшого здания стоило священнику немалых трудов. За сбором средств Ириней ездил в Америку, где 350 тысяч иен выделил американский общественный и церковный деятель Спирас Окурас, известный благотворитель.
На торжественное открытие семинарии собрались около 180 человек. Присутствовали представители Токийской думы, Министерства иностранных дел Японии, многие религиозные и общественные деятели. В выступлениях от церковных дел то и дело переходили к насущным проблемам, в частности, помощи русским беженцам в Китае. Господин Я. Такено сказал: «Есть определенные законы, которыми я, как чиновник японского правительства, должен руководствоваться, но в целях гуманности, я делаю все возможное для помощи русским эмигрантам и выдачи им виз на временное пребывание в Японии».
20 июля 1960 г. Ириней сдал все дела по церкви епископу Никону, который, пробыв в Японии два с половиной года, из-за болезни вернулся в Америку. Затем обязанности главы Японской православной церкви временно исполнял епископ Ситкинский и Аляскинский Амвросий, приехавший в Японию в начале ноября 1962 г. Затем Указом Собора епископов Американской метрополии от 10 марта 1964 г. епископом Токийским и Японским стал владыка Владимир. «Получив предложение от Американской православной церкви, — отмечал Бакулевский, — стать автономной, Японская церковь созвала Собор, выбрала архиепископа Владимира главой Японской автономной церкви в сане митрополита. Архиепископ Владимир поехал в Москву, где от патриарха Московского Алексия получил томос, которым он утверждался в сане митрополита и назначался главой Японской автономной церкви. Но, пробыв в таком положении сравнительно короткий срок, он в начале 1972 года по неизвестной причине отказался от возглавления Японской автономной церкви и в сане митрополита уехал в Сан-Франциско, где стал именоваться митрополитом Владимиром Сан-Франциским и Западно-Американским. Потом, вдруг, его удалили в Канаду, в Винипег, на место соборного священника». Следующим главой Японской православной церкви стал настоятель прихода в Кагосиме Василий Нагасима, постриженный в монахи под именем Феодосия в 1964 г.
Александр Николаевич Бакулевский, оказывавший большую помощь Иринею и другим главам Японской православной церкви (он был секретарем четырех иерархов, которые ее возглавляли: архиепископов Иринея и Никона, епископов Амвросия и Владимира), скончался на 94-м году жизни 5 июня 1979 г., ослепший от долгой болезни, но не переставший интересоваться жизнью. Он оставил после себя исследование по истории Японской православной церкви и жену-японку, которая очень переживала утрату.
В конце 1950-х гг., когда русская диаспора насчитывала 300–500 человек, экономическое положение вновь стало складываться не в пользу русских. Экономика Японии стала быстро развиваться, и руководящие посты вновь вернулись к японцам. Японские компании перестали брать на работу иностранцев. Резко увеличились налоги. Это вызвало новый поток покидавших Японию. К 1956 г. репатриировалось или выехали в другие страны около половины русских. Объединения эмиграции так и не получилось. Как только вступили в силу новые иммиграционные квоты на выезд в США, активисты РНО покинули Японию и общественная жизнь окончательно заглохла.
Идеологическая борьба среди русских между тем еще не утихла: даже прошли шумные манифестации против тех, кто под влиянием коммунистической пропаганды получил советские паспорта. В зарубежье дорога от национализма к патриотизму иногда была совсем короткой. Советская миссия организовала для обладателей советских паспортов Русский клуб. Как писал очевидец, «новые советские граждане стали посещать клуб, зимой тепло, не как в японских домах, летом под потолком работает электрический пропеллер. Можно попить чайку с бесплатным сахаром, почитать «Огонек» и «Крокодил» и благодушно послушать докладчиков о марксистской диалектике».
Многие спрашивали о времени возвращения на родину, но советские представители отвечали: «Подождите. Вы нам нужны будете здесь. Вы должны доказать свою преданность советской власти и принести пользу, заслужить поездку!» Конечно, эти люди больше годились в Японии, для пропаганды всего русского, а значит и советского. Даже зная о репрессиях в Советском Союзе, они находили им оправдание. Кроме того, через русских эмигрантов советские дипломатические представители собирали сведения о настроениях в японском обществе. Особый интерес вызывали молодые люди, для которых японский язык был родным: из них получились квалифицированные переводчики.
