Церковь также, благодаря нерусским митрополитам — болгарину Киприану и греку Фотию, временно высвободилась из‑под влияния Москвы и ее династических интересов. Вновь был возрожден общерусский и даже вселенский характер Церкви. Но это была лишь временная передышка. Во второй половине XV века Иван III, благодаря чрезвычайно стремительной последовательности событий, отчасти захватил, отчасти мирным путем присоединил несколько оставшихся удельных княжеств (Тверь, Ростов и Новгород). Он был первым автократическим правителем Великой Руси, хотя и не принял титул царя. Однако его амбиции пошли еще дальше. Он женился на византийской принцессе Софье Палеолог, племяннице последнего византийского императора, и с минимальными усилиями сокрушил последние остатки зависимости Москвы от слабых ханов Золотой Орды (1480).
После этого Русь, или Московское царство, как объединенное, независимое и могущественное государство стала претендовать на роль духовной и политической наследницы Византии. Византийской империи более не существовало; в 1453 году Святая София стала мечетью. Немного раньше между Византией и Русью произошел церковный раскол из‑за унии с Римом. Находясь под угрозой турецкого завоевания, император Иоанн попросил помощи у папы и на Флорентийском соборе, вместе с патриархом Константинопольским и другими церковными иерархами, признал первенство папы и другие римские догматы. Исидор, последний русский митрополит греческого происхождения, был одним из инициаторов этой унии (1438). Но Русь не пошла за ним. По его возвращении в Москву он был низложен как отступник от православия; собор русских епископов избрал его преемником Иону без какого‑либо согласия или утверждения со стороны Константинополя (1448). Так началась фактическая автокефалия Русской Церкви. Она не вылилась в открытый раскол с греками, хотя восточные патриархи не хотели признавать новый статус Русской Церкви еще целое столетие, до 1589 года, когда митрополит Московский получил титул патриарха.
Однако одним из последствий этой церковной автокефалии было разделение внутри бывшей общерусской, все еще номинально Киевской, митрополии. Западная, или Литовская, Церковь обрела своего собственного главу с титулом митрополита Киевского и всея Руси непосредственно от Константинопольского патриарха, который жил теперь под властью мусульман и уже давно забыл про злополучную унию с Римом. После падения Константинополя Великий князь Московский стал считать себя единственным православным монархом в мире, а идеологи московского национализма, исходя из этого уникального положения, нажили огромный капитал.
Это было завершение длительного процесса. В течение двух столетий велась непрерывная борьба между крепнущей властью Москвы и остальным русским миром, удельным и республиканским. Победа Москвы стала возможной из‑за разделений среди ее противников. Кроме того, не остается никаких сомнений в том, что широкие массы населения, в особенности низшие классы, приветствовали Московскую монархию. Для них она означала конец феодальных войн и установление устойчивого, пусть даже деспотического, порядка. Этот закон и порядок были куплены, однако, дорогой ценой, уплаченной, главным образом, высшими классами. Новый порядок вводился суровыми, подчас революционными, методами. Удельные князья часто оканчивали жизненный путь в московских темницах; свободные институты в различных городах были уничтожены; собственность поместных бояр и даже церковная собственность в Новгороде были конфискованы, многие знатные и богатые семьи были переселены в другие области, чтобы освободить место для новоприбывших из Москвы. Новые территории передавались в подчинение московским воеводам и дьякам. Правосудие никогда не было сильной стороной московской администрации. Несмотря на позднейшие исправления, сделанные в первоначальных местных летописях, в них все же можно уловить отзвуки горьких стенаний порабощенного населения Новгорода, Пскова, Ростова и Ярославля.
В XV и XVI столетиях последней надеждой всех врагов Москвы стала Литва. В самом деле, Великая Русь разрывалась Западом и Востоком. В политическом отношении Запад был представлен Литвой, где наряду с киевским населением и духовным наследием Византии появились, благодаря польскому влиянию, слабые (в то время) ростки латинской европейской культуры. Восток был представлен Москвой, где византийская культура уже отчасти смешалась с небольшим, но неуклонно возраставшим потоком тюркской и мусульманской цивилизаций.
