К 17 годам Петр Алексеевич совершенно оторвался от привычек и преданий, составлявших миросозерцание прежних русских государей. Старшие братья Петра переходили от подъячих, обучавших их церковной грамоте, к воспитателю, который кое-как все же знакомил воспитанников с политическими и нравственными понятиями, шедшими далее обычного московского кругозора, говорил о гражданстве, о государе, его обязанностях по отношению к подданным. Петру не досталось такого учителя: место Семена Полоцкого для него заступил голландский мастер, с выучкой столь же мастеровой, технической, как зотовская, только с другим содержанием. Прежде, при Зотове, была занята главным образом память; теперь вовлечены были в занятия глаза, сноровка, сообразительность.
Понятия и наклонности Петра получили крайне одностороннее направление. Он перестал думать об обществе раньше, нежели успел сообразить, кем мог быть для него. «Потехи» заслонили для царя весь остальной мир.
В январе 1689 г. состоялась свадьба Петра с Евдокией Лопухиной, что по русским традициям означало его совершеннолетие и ненужность регентства царевны Софьи Алексеевны. Та, видя, насколько возмужал ее сводный братец, «потешные» которого стали реальной угрозой для ее дальнейшего правления, вместе со своим новым фаворитом Ф. Шакловитым решила с помощью все тех же стрелецких полков окончательно избавиться от Петра и его матери и короновать себя царским венцом.
В августе 1689 г. ничего не подозревавший Петр лишь в последний момент услыхал о заговоре и, страшно перепугавшись, бежал из Преображенского в Троице-Сергиев монастырь, бросив на произвол судьбы мать и беременную жену. Но это бегство было излишним, так как на этот раз стрельцы не поддержали Софью, как ни старался их начальник Ф. Шакловитый. Большая часть стрельцов перешла на сторону Петра.
Повторение мая 1682 г. не произошло, и «троевластное правление», которому удивлялись за границей, которым все были довольны дома, кроме села Преображенского, кончилось: «третье зазорное лицо», как называл Петр Софью в письме к брату Ивану, заперли в монастырь. Царь Иван остался выходным, церемониальным царем. Петр продолжал свои «потехи».
Разрыв с Софьей и переход власти к Петру были в значительной степени больше делом рук матери, нежели молодого правителя. Устранив регентское правление, Наталья Кирилловна взяла верх над своей падчерицей и соперницей. С этим были связаны и действия Натальи, направленные против «латинизирующих» веяний, исходивших из Киевской академии, например выбор нового, враждебного иностранным идеям патриарха Адриана, который заменил умершего в 1690 г. Иоакима. Это свидетельствует о том, что Петр, высказавшийся против кандидатуры Адриана, в это время еще должен был подчиняться приказам матери.
Но царица Наталья, по отзыву князя Б. И. Куракина, «была править некапабель, ума малого». Дела правления распределились между ее присными. Лучший из них, князь Б. А. Голицын, был человек умный и образованный, говорил по-латыни, но «пил непрестанно» и, правя Казанским дворцом почти неограниченно, разорил Поволжье. Два другие временщика, брат царицы Лев Нарышкин и свойственник обоих царей по бабушке Тихон Стрешнев были еще хуже: первый — человек очень недалекий и пьяница, взбалмошный, второй — тоже недалекий, но еще и лукавый и злой, «интриган дворовый». Эти люди и повели «правление весьма непорядочное, с обидами и судебными неправдами; началось мздоимство великое и кража государственная». Брак Петра привел ко двору более чем 30 душ Лопухиных обоего пола, приход которых тоже мало кого обрадовал.
Впечатления, шедшие из Москвы, не привлекали внимания Петра к государственным и общественным делам, и он вполне отдался своим привычным занятиям, ушел в «Мареевы потехи». Это теснее сблизило его с Кукуем. Изредка он принимал довольно незначительное участие в принятии правительственных решений, но, встретившись в очередной раз с боярской грызней, быстро возвращался к себе в Преображенское. Увлеченный техническими новшествами и мастерством иностранных ремесленников, живших в Кукуе, Петр старался чаще бывать там и стремился ближе познакомиться с иноземным житьем-бытьем. Так, царя Петра нередко приглашал к себе Патрик Гордон, наместный дворянин и верующий католик из Шотландии, который поступил офицером на русскую службу еще в 1661 г., дослужился до генерала и был выдвинут новым монархом в главные военные советники.