Французское вторжение началось 12 июня 1812 года через Ковно и Тильзит. Русские войска были сильно растянуты и не имели надежного сообщения. Первые оценки положения показали неожиданное превосходство французских сил. Император обратился к народу и армии с манифестами и призвал к борьбе, пока последний вражеский солдат не покинет русскую землю. Ответом ему была буря патриотического воодушевления. По желанию своих генералов Александр отправился в Москву. Москва была сердцем России, оплотом патриотического духа. В течение четырех недель смогли сформировать семь новых полков. В начале августа император возвратился в Петербург.
В последовавшие недели императорская семья действовала сосредоточенно и напряженно. Сообщения о ходе войны становились все более тревожными как относительно французского продвижения, так и не кончающихся беспрерывных споров среди русских полководцев. Не Мария Нарышкина, а Елизавета была в эти тяжелые недели решающей моральной поддержкой для императора и империи. Елизавета писала тогда матери: «Как мучительно, что я не в состоянии сообщить тебе, что постоянно днем и ночью занимает мой ум, все равно, бодрствую я или сплю. Привет от моей дорогой и превыше всего любимой России, к которой я в этот момент питаю чувства, как к любимому ребенку, который тяжело болен! Я уверена, что Бог ее не оставит, но она должна вынести страдание, и я терплю вместе с ней и разделяю каждое ее тревожное вздрагивание». Должен был быть найден радикальный выход. Генерал Кутузов был назначен главнокомандующим. Решение последовало в момент крайней опасности. Наполеоновская армия стояла в 240 километрах от Москвы. 7 сентября 1812 года у деревни Бородино, в 124 километрах западнее Москвы, главнокомандующий вынудил французов пойти на открытое сражение.
Это была опустошительная баталия, при которой должны были отдать свои жизни свыше 70 000 русских, французов и их союзников. Победителем можно считать обе стороны. Кутузов не возобновил битвы, исход которой не был решен в первый день. В ночной темноте он вывел остатки своей армии к Москве и маршем прошел через Москву. Французы последовали за ним и заняли древнюю русскую столицу. Наполеон поселился в Кремле.
Известия о ходе и результатах Бородинской битвы доходили до Санкт-Петербурга медленно и отрывочно. Елизавета с ликованием встретила «великую победу». Когда горькая действительность приняла четкие очертания, воцарился ужас. За патриотизмом последовало оцепенение. Но война не терпит бездействия.
В конце октября начались первые ответные действия русских. Кутузов атаковал французов в Москве, казаки и партизаны досаждали растянутым французским коммуникациям, а на западе под Полоцком совершил нападение корпус Витгенштейна. Это произвело впечатление звука трубы, когда 27 октября в Петербург пришло известие: Наполеон вынужден отступить из Москвы. Маршалы Наполеона отходили назад, прочь из России. Наполеон покорился и вел свою Великую армию к гибели.
Под влиянием Елизаветы император в это тяжелое время особенно интенсивно предавался духовному очищению. «Я погрузился в Библию, и я нашел, что слова дают моему сердцу неизведанный мир и утоляют жажду моей души». Первые успехи в войне, отступление Наполеона, рано наступившая зима и склонность к мистицизму вновь пробудили в Александре желание самому командовать армией. Его супруга, мать и советники смогли его удерживать, пока французы после переправы через Березину спешно не покинули страну. Но 19 декабря 1812 года Александра больше ничто не удерживало.
Император возвышался в религиозном опьянении, интенсивность которого больше не коренилась в набожности его супруги: апокалиптический бог мести летел над Европой: «Всю мою победу я посвящаю преуспеянию власти господа нашего Иисуса Христа». Этому настроению временно способствовала и забота о Екатерине. Сестра оказывала на императора более сильное политическое влияние, чем Мария Федоровна или Елизавета. В конце декабря 1812 года умер Георг Ольденбургский, и 24-летняя вдова не переставала упрекать себя в том, что супруг, которому недоставало заботливости, был принесен в жертву ее собственному неутомимому честолюбию. Несколько недель спустя Екатерина обнаружила, что ей идет черное траурное одеяние. Она отправилась в Петербург и окунулась в придворные интриги, которыми она докучала своему брату на поле сражения до тех пор, пока он довольно резко не ответил, что должен заниматься более важными вещами. Вообще же эти месяцы были в меньшей мере дамским временем. Мария Федоровна, императрица Елизавета, а также и вышедшие замуж в Европе сестры Александра волновались за судьбу Отечества. Только после Битвы народов под Лейпцигом в октябре 1813 года они смогли немного вздохнуть.
