Алексей придавал чрезвычайно высокое, общенациональное значение составленному в XVI веке проповедником Сильвестром «Домострою». В Москве во времена правления Алексея патриархом был престарелый Иосиф, который считал, что все несчастья страны происходят из-за увеселений и пьянства. После ссылки Морозова он оказывал большое влияние на Алексея. Богослужения, молитвы, посты и ежедневные посещения церкви определяли жизнь царя и его семьи. В 1648 году в течение нескольких месяцев указами по всей стране были запрещены все увеселения и игры, празднества и шутки. Было предусмотрено суровое наказание, и даже на свадьбе царя пели только псалмы. С одной стороны, регламентация отвечала последовавшему за Смутой строгому духу времени, с другой стороны, в результате драконовских мер простой народ утратил чувство самоценности. Следовало предвидеть, что под угрозой наказания религиозно мотивированными ультимативными требованиями простой народ нельзя на длительное время заставить расстаться с данной ему природой беззаботностью. И царь Алексей, который способствовал широкому толкованию «Домостроя», был непостоянен в своем поведении. Он не отказался от охоты и часто принимал «детей Люцифера» — иностранных послов и гостей.
С 1652 по 1667 год патриархом на Руси был Никон. В 1653 году он приступил к осуществлению всеохватывающей церковной реформы. Он унифицировал церковные традиции и богослужение по греческому образцу. В результате староверы отделились, и произошел церковный раскол. Реформы Никона натолкнулись среди прочего на резкое неприятие священников Ивана Неронова, Аввакума Петрова и Даниила Костромского. Строптивые предводители староверов (старообрядцев) были подвергнуты суровому наказанию. Наиболее наглядным примером жестоких обычаев времени была судьба протопопа Аввакума, который был сослан, 15 лет под строжайшей охраной провел в яме и в 1682 году сожжен в Москве как еретик. При этом царица Наталья — вторая жена Алексея — выступила в защиту Аввакума и добилась по меньшей мере того, чтобы его не подвергли еще более жестокому наказанию!
Ни Аввакум, ни раскольники не могли сдержать реформ Никона, который получил полную свободу при редактировании текстов богослужебных книг. В 1655 году появился церковный устав. Изменения, внесенные Никоном в богослужение, были утверждены Синодом в 1656 году. В 1658 году произошел разрыв между Алексеем и Никоном. Ссора переросла в борьбу за власть в вопросе примата церкви или государства. В конце концов патриарх отказался от своей должности. Он удалился в расположенный недалеко от Москвы Новоиерусалимский монастырь, где дожидался, пока его вновь призовут. В 1660 году Алексей велел епископальному синоду освободить Никона от должности. Сами же реформы были продолжены. В 1666–1667 годах Священный Синод в Москве в присутствии антиохийского и александрийского патриархов одобрил реформы: каждый, кто откажется им подчиняться, будет отлучен от церкви и предан анафеме. Патриарх Никон, который, как и Филарет, имел титул «великий правитель», который характеризовал взаимоотношения царя и патриархата как взаимоотношения луны и солнца, был отправлен на Белоозеро в Ферапонтов монастырь.
«Соборное уложение», «Домострой» и реформы Никона дают представление о правлении Алексея, которое ни с чем нельзя спутать. Укрепление правовых основ и усилия по более широкому применению законности во всех сферах государства привели не только к распространению письменности. Правила поведения и задачи, например, царицы в семье, при дворе и в государстве были более основательно зафиксированы и стали более заметны посторонним. Даже если публичные появления первой супруги Алексея Марии столь же неотчетливы, как и ее предшественниц на троне, тем не менее существует значительно большее число источников, относящихся к середине XVII века, которые позволяют более подробно говорить об образе жизни царицы. Только начиная с этого времени можно обнаружить несколько конкретизированные сведения о разделении задач, религиозных занятиях и культурных запросах, вопросах воспитания, отношениях собственности, системе коммуникаций или интересах и возможностях образования. Эти данные свидетельствуют о том, что прежняя изолированность женских членов царской семьи от общества медленно, с тенденцией к остановкам и задержкам, исчезала.
Уже ко времени Алексея царица держала внушительный собственный придворный штат. Это давало женщинам из различных слоев постоянную работу — мужчин принимали редко и только на более низкие должности. Охраняли царицу и ее двор боярские сыновья. Около 20 пажей от десяти до семнадцати лет, чаще всего из числа своих родственников, прислуживали дамам за столом. Когда пажи вырастали, они поступали на службу к царю.
