Создавать подземные сооружения в Севастополе начали сразу после его основания. Разумеется, использовались и многочисленные естественные пещеры в крутых скалистых берегах бухт. Десятилетиями их расширяли и углубляли, превращая в подземные пороховые погреба и артиллерийские лаборатории, арсеналы и склады. Аналогичные сооружения строились и на прикрывавших подступы к Севастополю фортах и батареях. Город рос, и вместе с ним разрастался и совершенствовался его подземный «двойник».
К началу Крымской войны общая площадь подземных сооружений Севастопольской крепости превысила 25 тыс. кв. м. В них размещались снаряды и порох, продовольствие и войсковое имущество. Кроме того, в условиях, когда на улицах города непрерывно рвались вражеские бомбы, это были надежные укрытия для гарнизона и гражданского населения. Так, только в подземных казематах Николаевской батареи могло укрыться около 10 тысяч человек.
Красные военморы занялись проектированием и постройкой подземных военных объектов в Севастополе в середине 1930-х гг. В первую очередь создавались склады для хранения боеприпасов, командные пункты и узлы связи. На западном берегу Южной бухты в 1934 г., в тоннеле на глубине 30 м, была оборудована подземная телефонная станция «АТС-175». На безопасном расстоянии от города, в пустынном тогда районе Юхариной балки, был построен подземный склад химических боеприпасов и боевых отравляющих веществ, в Троицкой балке – огромный для того времени подземный комплекс центрального торпедного арсенала флота.
В конце 1930-х гг. под центральным городским холмом началось строительство транспортного тоннеля, который должен был соединить между собой улицы Ленина и Фрунзе (ныне – Большая Морская).
Но самыми «обжитыми» в годы войны были, пожалуй, знаменитые инкерманские штольни, где ещё с прошлого века добывали известняк для строительства Севастополя. Этих штолен в окрестностях Инкермана было около двух десятков, протяженностью до 150 м каждая. До войны здесь размещался филиал артиллерийского арсенала Черноморского флота, а с началом обороны был оборудован подземный госпиталь на 3 тысячи коек, хлебозавод, мастерские по пошиву обмундирования для войск, убежища для гражданского населения.
Особый интерес представляет собой объект «Крот», строительство которого началось в середине 1930-х гг. в районе Георгиевской балки. Это была подземная тепловая электростанция – 4—5-этажный подземный лабиринт общей площадью около 30 тыс. кв. м. Там находились два турбогенератора мощностью по 25 тыс. киловатт в двух подземных машинных залах, мельницы для размола топлива – каменного угля, бункеры для его хранения, трансформаторные и насосные станций, помещения обслуживающего персонала.
Достроили объект «Крот» только в 1950-е гг.
В нижней части горы имеется три портала (один недостроен), в которые ведут железнодорожные пути, на вершине горы – множество бетонных сооружений, построенных в 1950-х гг. Эти сооружения покрыты гудроном и по проекту должны были быть засыпаны вровень с землей.
Особо впечатляют две дымовые трубы диаметром метров по пять каждая, которые заканчиваются на уровне земли. Изнутри они выложены огнеупорным кирпичом, верхний пролет труб составляет 30–40 м. Наверху имеется бетонная конструкция, внутри которой вертикальная шахта 10–12 м в диаметре.
К 2010 г. часть подземных сооружений принадлежала Севастопольской ТЭЦ, остальное, как и везде, расхищались «металлистами». Украинские власти планировали на базе объекта соорудить подземную атомную электростанцию.
В 2010 г. в подземных сооружениях объекта «Крот» режиссер Федор Бондарчук снимал эпизоды кинофильма «Обитаемый остров».
Начало холодной войны не могло не привести к усилению строительства подземных сооружений. Согласно американскому плану нападения на СССР с кодовым названием «Дроп шот», на Севастополь предполагалось сбросить 12 ядерных боеголовок: одну на Инкерман, одну на Балаклаву, остальные по самому городу – главной базе Черноморского флота. Ну а в завершающей стадии операции для оккупации района Севастополя предназначалась целая американская дивизия.
В конце 1940-х – начале 1950-х гг. в Клеопиной балке в Инкермане на базе жидкого топлива по чертежам проектной организации ВМП-30 были восстановлены старые и построены новые подземные резервуары с системой приема топлива с железнодорожных цистерн и подачи его на корабли. Реализация этого проекта с использованием новейших технологий позволяла Черноморскому флоту укрыть и защитить от ядерного оружия десятки тысяч тонн нефтепродуктов.
Огромное значение для строительства подземного Севастополя имели Постановление Совмина СССР № 2716–1013 от 11 июня 1952 г. по укрытия населения и важнейших объектов города Севастополя и директивы начальника морского Генерального штаба № 1/13029сс от 3 января 1953 г.: