Иннокентий просит своего учителя дать завет монастырю: как жить после его смерти и кому быть игуменом. После долгого молчания старец дал ответ, который дословно приводит Иннокентий в своем Сказании: «Блюдите сами себя, братья, если чин церковный и монастырские порядки хотите сохранить: церковного пения никогда не оставляйте; свечи возжигайте; священников держите честно, как и я, не лишайте их положенного им; пусть не оскудевают божественные службы — ведь ими все держится; трапезную от странников не затворяйте; о милостыни пекитесь, просящего с пустыми руками не отпускайте; бесед с приходящими мирянами избегайте; в рукоделье трудитесь; храните сердце свое с неизменным усердием от лукавых помыслов; после повечерницы в разговоры друг с другом не вступайте — пусть каждый в своей келье безмолвствует; от общей молитвы ни по какой причине, кроме болезни, не уклоняйтесь; весь устав монастырский и правило церковное блюдите со смирением и покорностью, и молчаливостью, и, попросту сказать, поступайте так, как видите меня поступающим. Если всем этим, заповеданным мной, не будете пренебрегать — не лишит Господь места сего всех благостей своих. Но знаю я, что по отшествии моем в монастыре будет смутьянов много, чувствую — душу мою смутят и среди братии раздор поднимут. Но Пречистая усмирит их, и бурю отвратит, и дому Своему и живущим в нем успокоение подаст».
Преподобный Пафнутий скончался 1 мая 1477 года, в четверг, за час до захода солнца. На следующий день братия похоронили его, как он и завещал, без мирян. Горе всех иноков обители преподобного было так велико, что никто не мог вымолвить ни слова от рыдания и даже пропеть полагавшиеся погребальные песни. Лишь после того, как тело было предано земле, о смерти святого дали знать в город, в котором давно уже все находились в тревожном ожидании. Все пришли в движение: в течение всего дня народ приходил в монастырь, чтобы поклониться гробу святого.
Местное празднование преподобному Пафнутию было установлено в 1531 году. Его особо почитали в великокняжеской семье, он сделался как бы фамильным святым московских князей.
Царь Иван Грозный считался рожденным по молитвам святого Пафнутия (его отец, Василий III, долго не имел детей и объезжал разные монастыри, ближние и дальние, надеясь на заступничество их святых покровителей). Сам Иван Грозный называл имя Пафнутия Боровского в ряду величайших московских святых — Сергия Радонежского и Кирилла Белозерского. Общецерковное прославление святого было установлено на соборе 1547 года.
Церковь празднует память преподобного Пафнутия Боровского в день его кончины 1 (14) мая.
Жития святых на русском языке, изложенные по руководству Четьих Миней св. Димитрия Ростовского с дополнениями из Пролога. М., 1902–1911. Кн. 9. Май;
Рассказ о смерти Пафнутия Боровского // Памятники литературы Древней Руси. Вторая половина XV в. М., 1982.
В последней трети XV — начале XVI века Русская Церковь переживала трудный период. Падение Византийской империи (1453) привело к нарушению традиционного порядка поставления русского митрополита (с 1448 года русские митрополиты ставились не константинопольским патриархом, а собором русских епископов). Произошел окончательный раскол единой прежде Русской митрополии: в землях, подвластных Великому княжеству Литовскому, действовал митрополит «Киевский и всея Руси», враждебный московскому митрополиту. Установление безграничной власти московского государя все чаще оборачивалось бесцеремонным вмешательством его в церковные дела. Покорение Новгорода сопровождалось изъятием значительных земельных владений новгородской Церкви, что не могло не встревожить церковные власти и в других городах России. Наконец, настоящий раскол в среде русских церковных иерархов вызвало обнаружение в конце XV века так называемой «ереси жидовствующих», возникшей в Новгороде и быстро распространившейся в Москве.
Серьезный кризис переживали и монастыри. Возникшие на принципах высших христианских добродетелей — в том числе нищелюбия, нестяжания и полного отказа от всего земного, они со временем обрастали огромными земельными владениями, начинали вести обычное вотчинное хозяйство, погрязали в мирских заботах. Братия обогащались, и, как следствие, утрачивались те самые принципы, которые провозглашались святыми основателями этих обителей. В рядовых монастырях нередко процветали такие пороки, как пьянство, а иногда и самый настоящий разврат.