За годы пребывания в Воронеже здоровье святителя, и без того слабое, расстроилось окончательно. Появились нервные припадки с приливами крови, судорогами и мучительными головными болями. Епископ вновь обращается в Святейший Синод с просьбой об увольнении с кафедры, и на этот раз его просьба была удовлетворена. 17 декабря 1767 года святитель ушел на покой с пенсией 500 рублей в год.
Первоначально святитель удалился в Толшевский монастырь в 40 верстах от Воронежа, на берегу реки Асмани. Однако монастырь этот не подошел ему из-за сырого нездорового климата; кроме того, настоятель обители выражал крайнее недовольство появлением в монастыре столь важного в недавнем прошлом лица. Святитель обращается с просьбой о переводе его в Задонский монастырь, расположенный в 90 верстах от Воронежа, на высоком берегу Дона. (Ныне город Задонск — районный центр Липецкой области.) Именно в этом монастыре святитель провел оставшуюся часть своей жизни, почему и вошел в историю православия с именем Тихона Задонского.
Пребывание святителя Тихона в Задонске наполнено иноческими подвигами и трудами. Почти ежедневно он ходил на литургию и вечерню, пел на клиросе; ночи проводил в молитвах и пении псалмов (спал не более четырех часов ночью и еще один час днем); весною и летом работал в монастырском саду; помимо того, рубил дрова, косил траву, занимался другим физическим трудом. Обстановка его кельи была крайне простой, даже убогой: святитель спал на тюфяке, набитом соломой, укрывался заячьим тулупом. У него не имелось даже сундука для хранения вещей, а только ветхий кожаный мешок. Одевался также очень бедно.
Постепенно здоровье святителя стало поправляться. Он даже начал подумывать о возвращении в Новгородскую епархию, куда приглашал его митрополит Гавриил (Петров), один из видных церковных деятелей того времени. Митрополит предлагал Тихону место настоятеля в Иверском Валдайском монастыре. Тихон даже приготовил прошение на этот счет в Священный Синод, но судьбе было угодно, чтобы он оставался в Задонске. Келейник Тихона рассказал о намерении святителя старцу Аарону, жившему в том же монастыре. «Что ты беснуешься? Матерь Божия не велит ему выезжать отсюда» — велел передать старец. «Если так, не поеду», — с кротостью отвечал Тихон и разорвал уже подготовленное прошение.
По своему характеру святитель был человеком горячим, и ему немало пришлось потрудиться над собой, чтобы преодолеть в себе гордыню и стремление к самопревозношению. Случалось, что, проходя по монастырю, он слышал за спиной насмешки иноков или даже монастырских служек. «Так Богу угодно, а я достоин этого за грехи мои», — говорил святитель сам себе. Еще он часто повторял: «Прощение лучше мщения». Однажды святой сидел на крылечке кельи, причем его мучили сомнения. Вдруг к нему подошел юродивый Каменев в сопровождении каких-то мальчишек и ударил по щеке, сказав при этом: «Не высокоумь». И действительно: тотчас святитель почувствовал, что бес высо-коумия как бы выходит из него. Святитель в благодарность за это положил выдавать блаженному по 3 копейки в день.
Долгие годы святитель боролся с искушениями плоти и грехом уныния, который нередко одолевал его. Он часто общался с друзьями: ездил в имение Липовку, принадлежащее помещику Бахтееву, в 15 верстах от Задонска (здесь он иногда оставался месяца на три и больше), иногда заезжал в Толшевский монастырь. В полутора верстах от Задонского монастыря он облюбовал себе полянку, на которой молился; здесь же он трудился над устройством родника. Однако когда его поездки стали возбуждать в окружающих злые толки, святитель тотчас прекратил их. Он общался с друзьями и в монастырских стенах. Рассказывают о таком случае. Однажды во время поста он зашел в келью к своему другу схимонаху Митрофану и застал его вместе с другим своим близким другом купцом Кузьмой Игнатьевичем вкушающими уху и рыбное заливное. Те смутились, ибо еда не соответствовала уставу, но святитель успокоил их словами: «Любовь выше поста», и сам отведал ухи, чем до слез растрогал их.
Прославился святитель и ежедневной щедрой раздачей милостыни. Так было и в годы его святительства, так продолжалось и во время пребывания в монастыре.
В Задонске святитель написал свои главные литературные произведения: «Об истинном христианстве» (1770–1771; в 6-ти томах) и «Сокровище духовное, от мира собираемое» (1777–1779). Он вел обширную переписку, плодом которой стали изданные им «Письма к приятелям» и «Письма келейные» (1772–1775). Эти сочинения принесли ему славу одного из лучших духовных писателей России нового времени.