Все философские системы древности должны были так или иначе ориентироваться на религию, являвшуюся весьма существенной силой в древнем обществе. Санкхья издревле приобрела известность как атеистическая система. Так называемая "классическая" Санкхья, изложенная Ишваракришной в Санкхья-карике и датируемая Дасгуптой первым веком до или после начала нашей эры, всегда носила эпитет "атеистическая". По-видимому, этот эпитет не столько выделял данную школу среди других философских школ Индии, сколько служил для обозначения особого течения внутри самой школы и противопоставлял "классическую", или "атеистическую", Санкхью "теистической" Йоге. На Западе среди интересующихся историей культуры Индии распространено представление об особом "мистическом" характере всей индийской философии. Даже некоторые специалисты, как например, Ольтмар, поддерживают это представление. Этого взгляда придерживаются и некоторые современные индийские философы. Конечно, нельзя отрицать спиритуалистического характера индийской философии, но в применении к индийским философским школам этот термин приобретает несколько своебразный оттенок.
Общий тон старших Упанишад пантеистичен; ярким образцом такого пантеизма является начало Брихадараньяка-упанишады, изображающее космос в виде жертвенного коня ашвамедхи; это вариант знаменитого гимна Ригведы (X, 90), изображающего развитие космоса как жертвоприношение Пуруши (Человека).
Иногда пантеизм Упанишад переходит в решительный атеизм; в качестве примера можно сослаться на отдел Брихадараньяка-упанишады, излагающей учение Яджнавалкьи. В IV, 5, 13―15 Яджнавалкья категорически отрицает всякое сознание после смерти; так как для него сознание равнозначно познанию, а познание возможно лишь при наличии субъекта и объекта, но такое разделение отрицается понятием единства (advaita ― букв. "без двойственности").
В той же многослойной Брихадараньяка-упанишаде можно найти и зачатки теизма, но лишь в средних Упанишадах (в Шветашватаре, Иша) теистические идеи достигают полноты своего развития. В Шветашватара-упанишаде, так часто сопоставляемой с "Бхагавадгитой", есть упоминание о Санкхье (VI, 13), самое древнее, как принято думать.
Дейссен, следуя Шанкаре, в Шветашватара-упанишаде не принимает слова saбkhya и yoga за технические термины, за названия систем, а придаёт им более широкое значение: "доказательство" (санкхья) и "упражнение в размышлении" (йога).
В поздних Упанишадах выражен не только теизм, но и конфессионизм, так как эти Упанишады разделяются на вишнуитские и шиваитские.
Школа ньяя была атеистической, так как для неё, как и для Лапласа, "бог оказался ненужной гипотезой", противоречащей основному положению школы о природе познания. Школа вайшешиков настолько тесно связана с ньяей, что говорить о ней особо нет надобности.
Лишь условно можно назвать Веданту Шанкары теистической, хотя предание и повествует о нём, как о горячо набожном человеке: бог (Ишвара) Шанкары не менее иллюзорен, чем и весь мир, его творение. Ишвара Шанкары исчезает вместе с исчезновением космической майи перед лицом чистой абстракции, реализованного Абсолюта, "застылого, со стеклянными глазами", по удачному выражению Радхакришнана (L. c. [19], II, 617).
Итак, даже среди "ортодоксальных" систем индийской философии атеизм является скорее правилом, нежели исключением, и нет основания выделять одну из систем как сугубо атеистическую. Скорее эпитет "атеистическая" наводит на мысль о существовании иной, неатеистической Санкхьи. Обычно этот эпитет объясняется так: Санкхья называется атеистической в противопоставлении теистической Йоге, именно в этом моменте принято видеть сущность различия между этими двумя системами.
Санкхья, создающая теоретическое обоснование Йоги, приходит к атеистическим выводам, а Йога, принимая теорию Санкхьи, практически теистична. Такое толкование глубоко снижает философскую ценность систем: выходит, что атеизм Санкхьи не вытекает из сущности её теоретических построений, а является моментом, легко сменяемым на противоположный, то есть внеположным системе, а теизм Йоги является каким-то произвольным довеском к Санкхье, теоретически не обоснованным, попавшим в систему как-то случайно, благодаря, примерно сказать, личным наклонностям Патанджали.
По существу понятие "Ишвара" введено в сутры Патанджали случайно, оно не присуще им органически, удаление этого понятия из системы не только не нарушает её построения, но придаёт большую последовательность изложению. Йога-сутры, перечисляя способы достижения самадхи, наряду с другими, упоминают и о преданности Ишваре (I, 23), но не как о цели, не как о чём-то самодовлеющем, а лишь как об одном из способов работы над собой. Ясно, что установка Йога-сутр не только не близка Гите, с её органическим теизмом, но прямо-таки антагонистична ей.
