Едва утвердившись на престоле, Беркиярук, следуя совету своей матери Зюбейде хатун, сместил Мюейид уль-Мулька с поста везира, а не его место назначил другого сына Низам ал-Мулька Фахр уль-Мулька[374]. Мюейид уль-Мульк был заключен в тюрьму. Выйдя на свободу, он стал главным организатором заговора против султана Беркиярука. В случае осуществления заговора трон должен был занять младший брат Беркиярука принц Мухаммед Тапар. Тапар в это время был меликом Гянджи и Аррана. Подстрекаемый Мюейид уль-Мульком, Тапар приказал прекратить упоминание имени Беркиярука в пятничной молитве в своих вассальных владениях, что было равносильно провзялашению независимости. Затем Тапар объявил себя новым султаном империи Великих Сельджуков. Своим везиром он назначил Мюейид уль-Мулька. Собрав войска, Мухаммед Тапар двинутся на Рей. Уклоняясь от сражения, Беркиярук был вынужден отойти к Исфахану[375]. Главной причиной, заставившей законного султана отступить, была неуверенность в лояльности армии. Незадолго до описываемых событий был убит один из самых известных военачальников государства эмир Порсук. Убийство было организовано Мюейид уль-Мульком, но, по мнению военных, повинен в убийстве был близкий к Беркияруку человек Меджд уль-Мульк, являвшийся главой учреждения, отвечавшего за финансовое состояние государства (Sahib-i Divan-i İstifa). Военные обвиняли Меджд уль-Мулька в связях с батинидами и требовали его выдачи. Беркиярук отказывался удовлетворить это требование. В свою очередь армия отказывалась повиноваться и угрожала взять Меджд уль-Мулька силой. Беркияруку не удалось спасти своего приближенного, он был растерзан солдатами на глазах толпы[376]. После этого часть армии ушла к Мухаммеду Тапару.
В сентябре 1099 г. Тапар занял Рей. По приказу везира Мюейид уль-Мулька, оставшаяся в Рее мать Беркиярука Зюбейде хатун была казнена. Количество сторонников Тапара и его влияние продолжали расти. Осенью 1099 г. он направил в Багдад посольство, которое передало халифу требование Тапара впредь упоминать в пятничной молитве его имя. В ноябре 1099 г. халиф Мустахзир впервые прочитал хутбу в Багдаде с именем Мухаммеда Тапара[377]. Это означало, что халиф признает Тапара правителем империи Великих Сельджуков.
Султан Беркиярук, отступивший сначала к Исфахану, а затем ушедший в Хузистан, узнав о решении халифа, лично прибыл в Багдад и потребовал объяснений. Халиф Мустахзир под нажимом Беркиярука вновь начал читать пятничную молитву с именем султана Беркиярука (декабрь 1099 г.). В июне 1100 г. Беркиярук оставил Багдад и во главе войска выступил к Хамадану, где предполагал найти Мухаммеда Тапара. В мае 1100 г. в окрестностях Хамадана произошло сражение, в котором армия Беркиярука была наголову разгромлена. После этой победы Тапара хутба в Багдаде вновь читалась с его именем.
В империи Великих Сельджуков сложилась исключительно сложная внутриполитическая обстановка, усугублявшаяся беспринципной позицией халифа. Фактически, в империи было два султана. Причем, легитимным Багдад считал того из них, на чьей стороне был перевес сил. Оба правителя занимали бескомпромиссную позицию, поэтому выход из сложившегося положения они пытались найти с помощью оружия.
В апреле 1101 г. в окрестностях Хамадана произошло второе сражение между Беркияруком и Тапаром. На этот раз успех сопутствовал Беркияруку. Сражение продолжалось в течение всего дня и носило ожесточенный и кровопролитный характер. Войска Тапара были разгромлены, а его везир Мюейид уль-Мульк взят в плен и казнен лично султаном Беркияруком[378]. Тапар был вынужден бежать в Гурган. В это время правителем Хорасана и Мавераннахра был один из сыновей Меликшаха и родной брат Тапара Санджар. Узнав о поражении брата, Санджар немедленно направился в Гурган, где между Тапаром и Санджаром был заключен политический и военный союз, направленный против Беркиярука[379]. По приказу Санджара были собраны войска Хорасана, и из Гургана объединенные силы Тапара и Санджара (большую часть которых составляла армия Санджара) выступили в направлении г. Дамган. Дамган был разрушен и разграблен. Затем Тапар и Санджар двинулись на Рей, где в это время находился Беркиярук.
Беркиярук после победы над Тапаром был вынужден распустить значительную часть постоянной наемной армии, так как у него не было средств, чтобы ее содержать. Зная, что к Рею идут войска его противников, Беркиярук направился в Багдад и потребовал у халифа финансовой помощи. Халиф был вынужден выделить Беркияруку 50 тысяч динаров[380]. Но этой суммы было явно недостаточно для продолжения войны.
Пытаясь получить необходимые средства, Беркиярук направил везира Эбуль Мехасина к своему вассалу арабскому эмиру Садака бин Мезйеду с требованием вернуть 1 млн динаров, которые эмир был должен государственной казне. Эмир Садака отказался возвращать долг и приказал более не упоминать имя Беркиярука в пятничной молитве.
