В XVII веке православная церковь в Восточной Сибири обслуживала преимущественно русское население. Кроме Якутска, лишь в нескольких наиболее людных поселениях и острогах были церкви или часовни. Возводились они исключительно из дерева, повторяя выразительные черты деревянного зодчества русского Севера. Пока перед духовенством не ставилась цель широкой миссионерской деятельности. «Церковь в Сибири не была призвана в XVII в. воздействовать на туземное население путем принудительного крещения, - писали авторы работы «Якутия в XVII веке». - Более того, правительство неодобрительно смотрело на принятие туземцами христианства. Это объяснялось опасением, что крещение может привести к русификации ясачных люден и отказу их от охотничьих промыслов. В условиях Сибири церковь была необходима для царского правительства главным образом для воздействия на русских колонистов, в частности, на буйных служилых людей, которых не всегда было легко держать в узде одними средствами принуждения». Все же случаев обращения якутов в христианство было немало, особенно среди тех, кто оказывался в родстве с русскими или поступал на русскую службу. Обращение в христианство обычно носило внешний, формальный характер. Выкрест, то есть крещеный якут, продолжал придерживаться своих традиционных верований и обрядов, но при этом посещал церковь, желая извлечь из этого определенные для себя выгоды. Крестились, как правило, якутки, становившиеся женами русских. Но основная масса якутов продолжала в XVII веке придерживаться своих верований. Еще в большей мере это относилось к эвенкам, эвенам и юкагирам.
Служилые и торговые люди не намерены были молча сносить обиды и злоупотребления воеводы. Они писали на него жалобы, перечисляя все его лихости и прегрешения, и слали в Москву. Головин опасался жалоб и старался вылавливать жалобщиков и наказывать их лото. По повелению воеводы таможенные заставы досматривали караваны, трясли с пристрастием все грузы, чтобы обнаружить тайные грамоты, обличающие Петра Головина. И все же грамоты доходили до Москвы с купцами, со служилыми людьми, сопровождавшими соболиную казну. Беспредельна была всеобщая ненависть к жестокому воеводе. Рискуя многим, люди зашивали письма-жалобы в одежду, тайники и довозили. Сибирский приказ оказался осведомленным об обстановке в Якутске.
Поток жалоб встревожил московское правительство и заставил его поспешить с заменой Головина Василием Никитичем Пушкиным. Он не был прямым предком великого поэта, но представлял тот же старинный дворянский род. Колоритной в своем роде фигурой был третий якутский воевода Дмитрий Андреевич Францбеков (Ференсбах, 1649-1651), выходец из ливонских немцев, принявший православие. Человек деятельный, не лишенный организаторских способностей, он направлял экспедиции для открытия новых земель. Вместе с тем это был цепкий ростовщик, корыстный взяточник, изобретательность которого в изыскании новых источников личного обогащения поистине не знала предела. В целях вымогательства взяток у торговых и промышленных людей Францбеков практиковал под всякими предлогами задержку в выдаче разрешений на выезд на промыслы. Рискуя упустить сезон навигации и благоприятное время для охоты, купцы и начальники промысловых групп были вынуждены давать воеводе крупные взятки. Только после этого они могли выехать из Якутска. Таким путем Францбеков взял с Ивана Гурьева пятьдесят рублей деньгами и меду на сто рублей.
Среди документов XVII века сохранилось много жалоб на воевод и их приближенных. В 1646 году была подана коллективная жалоба. 400 служилых людей Якутского острога, среди которых был и Курбат Иванов, обратились с челобитной на царское имя. Они жаловались на свою судьбу на Лене и иных «сторонних реках», по острожкам и ясачным зимовьям. Им приходится покупать лошадей, лыжи и нарты и другое снаряжение по высокой цене у торговых людей. Приходится голодать, питаться травой, сосновой корой, кореньями, а иной раз и помирать голодной смертью. Они собирали ясак с большой прибылью, поставили новый Якутский острог и съезжую избу, церковь и амбары. А воевода Головин удерживает из их хлебного жалованья одну треть на содержание семьи, жены и детей, остававшихся в Якутске. Иной раз семья эту треть получала, а иной раз и не получала. Приходилось покупать хлеб также по дорогой цене - до 4 рублей за пуд. Челобитчики жаловались и на то, что воевода привлекает их к строительству кочей. Если же кто строить кочи не умеет, тот должен нанимать за свой счет плотника.
Торговые люди Матюшка Яковлев Воропаев и Стенько Семенов Самойлов жаловались в челобитной: «Нас, сирот твоих, задерживал и прикащиков наших и наемных людей и покручеников твой государев воевода Д.А. Францбеков в Якутском остроге, и мы, государь, сироты твои, в тех… худых местах, где соболей нет, и в том нам, сиротам твоим, становилась беспромыслица и мы, сироты твои, обнищали и одолжали великие долги».
