В Муроме им пришлось переменить несколько квартир, и наконец одна знакомая женщина позвала их жить к себе в деревню. Это было прекрасное уединенное место, далеко в лесу. У хозяйки одновременно с ними жил тайно священник, и у них всегда была дома служба.
Осенью 1932 года их всех арестовали и повезли во Владимир. Владимирская тюрьма — строгого режима. Мать Рафаила очень тяжело переживала разлуку с матушкой и одиночное заключение, а мать Анатолия говорила, что ей там было очень хорошо. В тишине и уединении она творила Иисусову молитву.
Просидели они в тюрьме несколько месяцев, и мать Анатолию по болезни отпустили домой, а мать Рафаилу сослали на три года в Петропавловск. В 1933 году мать Анатолия поселилась в Кулебаках. Большим утешением для нее служило в то время то, что близко находился храм, где ежедневно совершалась служба, и служил в нем ее любимый монастырский духовник о. Михаил Гусев.
По мере сил матушка ежедневно посещала богослужение. Там с утра была утреня и обедня. Под праздники служили всенощную с вечера. Храм был деревянный, просторный, иконостас был расписан дивеевскими сестрами. Осенью 1935 года вернулась из заключения мать Рафаила и разместилась вместе с матушкой в комнате на сундуке. Так прожили они почти два года.
Осенью 1937 года они купили в Муроме маленький домик на самом краю высокого берега Оки. Хозяйкой домика стала духовная дочь матушки Анатолии Елизавета Щ., поскольку дом был куплен на ее деньги. Мать Рафаила с Елизаветой заняли комнату, а мать Анатолия поселилась в бывшей кладовке — маленькой комнатке с небольшим окошком со вставленной в него решеткой. В этой комнатке она прожила до самой смерти. Комнатка была не приспособлена для жилья, холодная и полутемная, с неутепленным полом, но мать Анатолия дороже всего ценила уединение и ради него все терпела.
Началась война, возникли материальные трудности. Приходилось засаживать огород помидорами и ехать их продавать повыгоднее, подороже. Раньше, когда они жили одни, они никогда ни о чем не заботились, кроме молитвы, и Господь не посрамлял их надежды. У них было не только необходимое для себя, но они даже имели возможность делиться с неимущими.
Наступила зима 1948-1949 годов. Мать Анатолия все время болела, заметно слабела и старалась уединяться. Она все реже принимала приходивших к ней сестер, а одной, просившей принять ее, ответила: «Мне уже больше нечего тебе говорить, все тебе сказала; ты все знаешь и все понимаешь».
В январе 1949 года она заболела воспалением легких. С каждым днем ей делалось все хуже и хуже. Сестры пришли к ней прощаться, она перекрестила их, а потом еще перекрестила воздух: «А это всех, всех». Во время болезни батюшки приходили причащать ее каждый день. 18 января вечером ей сделалось совсем плохо, в одиннадцать часов вечера послали за батюшкой. Батюшка пришел около двенадцати часов. Начал читать обычные молитвы. Она только повторяла: «Скорей, скорей!» В двенадцать часов ночи 19 января матушка причастилась (1 февраля н. ст.) и через полчаса тихо скончалась. Еще живя в Вертьянове, она как-то говорила матери Рафаиле: «Какие есть счастливые люди, причащаются в час смерти...»
Мы знаем о том, какую мать Анатолия пережила страшную вражескую брань. Безусловно, она не могла бы ее выдержать, если бы не имела особой благодатной помощи и утешения, но она никогда об этом не упоминала даже намеком, настолько она была смиренна и боялась всякого возношения. Рафаила рассказывала, что иногда во время тяжелой болезни она видела, как у матушки лицо делалось ангельским. Мать Анатолия каждую-неделю приобщалась Святых Таин, и в то время ее лицо, всегда бледное, делалось розовым, а всегда ясные голубые глаза светились особым светом. После причащения Святых Таин она никогда не выходила, а закрывалась и одна пила чай у себя в келии. Она всегда учила повторять про себя: «Пресвятая Владычице моя Богородице, избавь меня от козней и наветов диавольских, Боже, в помощь мою вонми!»
Мать Анатолия была прозорлива. Мне она задолго сказала, когда и какая страсть будет особенно меня мучить.
— А когда же покой? — воскликнула я.
— Покой будет, когда пропоют «Со святыми упокой», а раньше этого покоя не жди.
Рассказывала одна монахиня. Незадолго до кончины матушки Анатолии она пришла к ней. Схимница велела ей открыть все свои грехи с детства. С великим сокрушением и слезами исповедала та свою жизнь. Выслушав, мать Анатолия сказала:
— Все грехи твои с рождения я беру на себя.
И с тем отпустила.
После матушка Анатолия спросила келейницу:
— Утешила ли, угостила ли ты ее чем-нибудь?
— Нет, — ответила та.
— Она насытилась слезами, — сказала матушка.
Матушка всегда принимала откровение помыслов сидя, как делали и старцы, а мы становились на колени. Приедешь к матушке со скорбью, с искушением. Уткнешься ей в подол, поплачешь и все тут оставишь. Куда что денется? Домой летишь как на крыльях.
