Внезапно в лагере появился Михаил Александрович Усачёв и решил навести там порядок. Это был бывший директор Московского авиазавода, где построили тот самый самолет, на котором разбился Чкалов, и естественно, его посадили в тюрьму. Будучи бывшим тренером по боксу, он быстро приструнил старосту-уголовника, который более других издевался над «врагами народа». В одной из палаток староста показал Усачёву доходягу: «Король… Из ваших. Вряд ли поправится». Сбросив тряпье, Михаил Александрович узнал в доходяге Королёва. Тем же днем по настоянию Усачёва больного цингой Сергея Павловича перевели в санчасть, где благодаря принятым Михаилом Александровичем мерам Королёва удалось поставить на ноги. Этот добрый поступок Сергей Павлович запомнил. Уже много позже, в начале шестидесятых, когда Королёв станет Главным конструктором, он разыщет своего спасителя, Усачёва, и примет на работу заместителем главного инженера опытного производства. А пока… Мать Королёва продолжала стучаться в разные двери. Откликнулись и старались облегчить участь ее сына депутаты Верховного Совета СССР, знаменитые летчики В. С. Гризодубова и М. М. Громов. Взялся за это также сам пребывавший в заключении авиаконструктор Андрей Николаевич Туполев.
Народный комиссариат внутренних дел (НКВД) создал закрытое Центральное конструкторское бюро (ЦКБ), расположившееся в переоборудованном здании на улице Радио в Москве. Там были комнаты для жилья и конструкторской работы и, конечно, охранный персонал. Туда отправили А. Н. Туполева и других «врагов народа»: конструкторов и инженеров авиации. Андрей Николаевич был недоволен нехваткой рук и добился перевода нескольких заключенных специалистов, в число которых включил своего бывшего дипломника и сотрудника ЦАГИ – Сергея Павловича Королёва. В этот момент произошло крупное политическое событие, повлиявшее на жизнь Королёва: на посту наркома внутренних дел Ежова сменил Берия. Он пересмотрел некоторые дела предшественника, в том числе и дело Королёва, срок заключения которого был сокращен на два года. Так, в начале 1940 года, Сергей Павлович попал в группу Туполева закрытого ЦКБ. Худой, усталый, с нездоровым цветом лица и темными кругами под глазами – таким предстал перед новыми коллегами Королёв. «Очень устал. Еще два-три месяца, и я бы не выдержал колымского «курорта». Спасибо, в Хабаровске подлечили…» – простуженным вялым голосом мрачно пошутил тогда Сергей Павлович.
С. П. Королёв спустя полтора года заключения. 29 февраля 1940 года.
В бюро велись работы над пикирующим бомбардировщиком 103, который нужно было сдать Государственной комиссии до января 1941 года. Даже в заключении Королёв не утратил своего рвения в работе. Он принимал активное участие в разработке бомбардировщиков Пе-2 и Ту-2 и, кроме того, по своей инициативе разрабатывал проекты управляемой аэроторпеды и нового варианта военного перехватчика.
Несмотря на жизненные трудности, Королёв не перестает думать о своей семье и ее материальном благополучии. 23 июня 1940 года он пишет заявление начальнику Главного управления НКВД СССР с просьбой возвратить жене деньги и облигации, отобранные у него при аресте, аргументируя просьбу тем, что он осужден повторно, но уже без конфискации имущества. Как ни странно, деньги и компенсацию за конфискованные вещи действительно возвращают жене. А пианино и облигации уже никак не возмещаются.
Маленькая Наташа тогда не знала, что ее отец отбывает срок в тюрьме. Ей всегда говорили, что он летчик, находящийся в командировке. С конца 1940 года время от времени в «туполевской шарашке» стали разрешать свидания с родными. Встречи проходили в Бутырской тюрьме. Перед первым таким свиданием Ксения Максимилиановна сказала дочке, что отец ненадолго прилетел. К месту встречи они шли через маленький дворик. Увидев отца, девочка первым делом спросила: «Как ты мог на таком маленьком дворике сесть на своем самолете?». Вместо Сергея Павловича на вопрос Наташи ответил сопровождавший его «дядя»: «О девочка, сесть-то сюда легко, а вот улететь намного труднее».
22 июня 1941 года по радио прозвучал голос заместителя председателя Совета народных комиссаров СССР и наркома иностранных дел, В. М. Молотова. Он возвестил о начале Отечественной войны против агрессора. В конструкторском бюро Туполева после этих слов наступила гнетущая тишина. Все работники собрались в КБ и ждали Андрея Николаевича. Он пришел бледный, но решительный. «От нас Родина ждет бомбардировщика. И как можно быстрее. Время не ждет, надо работать», – произнес Туполев. И все работали. Без отдыха, сна, полностью отдавая себя труду.
В августе 1942 года Государственная комиссия приняла Ту-2 к войсковым испытаниям и серийному производству. Было признано, что этот самолет лучше, чем немецкие и итальянские бомбардировщики.
