Как видно из дневника Маргарет, помимо болезни супруга ее угнетали непрерывные холода и хроническое безденежье. Приходилось одалживать небольшие суммы у Владимира и Михаила, чтобы свести концы с концами. В феврале 1888 года пришел наконец долгожданный перевод от Екатерины Семеновны из Малина, но этих денег хватило ненадолго, так как нужно было рассчитаться с долгами и уплатить деньги за квартиру.
Между тем болезнь продолжала прогрессировать. Усилились боли. Облегчение приносил лишь прием морфия.
Известный врач Черепнин предложил отвезти больного в Крым, для лечения сакскими грязями. Этот замысел подхватили Владимир с Михаилом, предложив, что будут сами сопровождать больного в дороге. Однако вскоре стало очевидно, что больной не перенесет дороги. Последние дни жизни Миклухо-Маклай провел в клинике Виллие при Военно-медицинской академии в Петербурге.
Вечером 2 апреля 1888 года в 8 часов 15 минут путешественник окончил свой земной путь на руках у жены, не дожив и до 42 лет. Последними словами его были: "Погиб мой труд". Фраза эта, безусловно, относилась к отвергнутому императором предложению Миклухо-Маклая — проекту колонизации Россией Новой Гвинеи.
Отпевание знаменитого путешественника состоялось в госпитальной церкви. На гроб были возложены только два венка: от семьи и с надписью: "От друзей и почитателей". Среди шедших за гробом были П.П. Семенов-Тян-Шанский, адмиралы П.Н. Назимов, Н.Н. Копытов, путешественник А.В. Елисеев, профессора В.И. Модестов, К. А. Поссе и И.Р. Тарханов. Владимир Николаевич все время поддерживал едва державшуюся на ногах Маргарет.
В некрологе, опубликованном в "Сыне отечества", были такие строки: "Пожелаем, чтобы его пример не прошел бесследно для последующих путешественников… Пусть то братское отношение к так называемым дикарям, которое проявил Миклухо-Маклай, ляжет впредь в основу отношений европейцев к обитателям мало известных стран.
Но любовь к людям вообще он умел соединять с горячей любовью к родине… И русская наука с большим почетом будет упоминать на страницах своей истории славное имя Николая Николаевича Миклухо-Маклая".
Известный журналист, поэт и бытописатель Москвы Владимир Гиляровский написал стихотворение "Памяти Н.Н. Миклухо-Маклая":
Николая Николаевича похоронили рядом с отцом и сестрой Ольгой в одной ограде. У Михаила и Владимира, взявших на себя печальные хлопоты, не было денег на организацию похорон. Пришлось занять. Маргарет заказала черную мраморную плиту, на которой кроме имени и фамилии покойного и отрывка из Библии должна была быть выгравирована аббревиатура N.B.D.C.S.U. Да, только смерть разлучила ее с супругом…
А затем в квартире Николая Николаевича Миклухо-Маклая на Галерной улице разгорелась настоящая драма. Обезумевшая от горя и отчаяния Маргарет лихорадочно рылась в бумагах мужа и никого не допускала в его кабинет. "Поссе и Суфщинский (друзья Н.Н. Миклухо-Маклая. —
