Несмотря на сознанную потребность и постоянно ощущаемый недостаток в Сибири в образованных людях, дело университета с 1835 года умолкло лет на 20. В это время на Сибирь всего менее обращалось внимания, она стала страною забытой, и даже период золотопромышленности в 40-х годах не привлек забот о просвещении края. Это был весьма темный период в жизни сибирского общества. Нечего говорить, что две гимназии могли дать самый ничтожный контингент людей среднего образования, даже если бы они стояли на уровне своего призвания. К сожалению, эти гимназии, отдаленные, не снабженные достаточно учебными средствами и преподавателями, представляли очень долго картину убогого существования. В сибирские гимназии неохотно являлись преподаватели, а потому множество кафедр оставалось вакантными, остальные замещались людьми, случайно на них попавшими, или разными авантюристами, наполнявшими Сибирь. Среди них встречались слепые, хромые, полусумасшедшие, спившиеся с круга, люди жестокого нрава и крайне скудных познаний. «Я помню свою гимназию, — пишет один сибиряк в своих воспоминаниях, — как собрание монстров-преподавателей, которые ежедневно перед нами не столько излагали познания, сколько давали разные комические и эквилибристические представления; один рассказывал избитые анекдоты, над другим, немцем, глумились и хохотали до упаду, третий гонялся за нами с костылем; в коридорах и на окнах артель учеников ставила часовых, чтобы предупреждать пьющих в коридоре водку учителей о появлении инспектора. Тут было не до науки!» Гимназии в таком виде существовали до 60-х годов. Кто же пополнял роль образователей в нескольких губерниях и областях Сибири за отсутствием просвещения? Состав местных канцелярий снабжали семинарии, бурсы, наконец, полубатальон военных кантонистов. Понятно, каких деятелей из них получала сибирская администрация. Если из низших школ выходили иногда люди способные и с дарованиями, как сообщает г-н Вагин, то не нужно забывать, что из тех же бурс и кантонистов выдвигались забитые розгами идиоты, воришки казенного имущества, безграмотные писаря, выслуживавшиеся иногда до высших должностей холопством и пронырствами. Другую часть сибирского общества воспитывали ссыльные преступники или заезжие спекулянты, которые вместе с просвещением развивали у детей пороки. Иные глумились над претензией сибирских жителей «обучаться», и какой-то ссыльный иностранец филолог обучил сына купца в насмешку татарскому языку вместо французского. Такова была судьба края, где не было правильной системы воспитания, где не было представителей настоящей науки, не было здорового воздуха умственной жизни. В такой среде настоящий просвещенный человек рисковал или задохнуться, или спешил бежать, бежать из нее, и из Сибири бежали.
Университетский вопрос между тем находился как бы под спудом. Это происходило оттого, что Сперанский и другие администраторы, мечтая о привитии просвещения, а также поднимая вопрос о высшем учебном заведении для края, к сожалению, слишком понадеялись на обыкновенный административный прием поднятия этих вопросов путем канцелярской переписки, забывая одно, что в таком деле, как просвещение, должно быть привлечено и общество своим участием, что в нем самом должна быть затронута потребность жизни — искра сознания, и что только на этом фундаменте прочны и осуществимы подобные учреждения. Мысль о высшем образовании в Сибири не могла, однако, совершенно заглохнуть, она появляется снова в половине 50-х годов. Это совпало уже с началом прошлого царствования.
Что мысль о сибирском университете не была совершенно забыта в официальных сферах, свидетельством служит всеподданнейший доклад министра народного просвещения Норова по некоторым вопросам народного образования, представленный им государю императору 5 марта 1856 года; из доклада видно, между прочим, что правительство в то время уже признало полезным учреждение в Сибири университета. Заявляя об этом, Норов присовокупил, что «эта благодетельная мера, если признана будет возможною, обещает великие последствия краю, которого природные богатства и местные обстоятельства ожидают также животворного содействия науки, чтобы доставить государству неисчислимые выгоды». Но предположение Норова осталось невыполненным отчасти по причинам, приведенным выше, отчасти же вследствие того, что в течение 20 лет, протекших со времени его заявления, министерство было озабочено различными работами по устройству других училищ, преобразованиями их и учреждением новых учебных заведений в европейской России.