Заботясь о сохранении древних памятников, Д. А. Клеменц вывез из степи в Минусинский музей два каменных изваяния (одно изображало женщину с распущенными волосами, второе — рогатое трехглазое существо с человеческим лицом), изучал быт местного населения, много времени отдавал географическим и топографическим экспедициям. Не обошлось без неприятностей. Его дважды пытались ограбить проводники сойоты и тувинцы. В 1886 г. «дело решилось рукопашной схваткой», а в следующем году он чуть не погиб. Желая воспользоваться его имуществом, проводники завели путешественника в непроходимую местность и скрылись в надежде, что он заблудится и погибнет. Клеменц, однако, не растерялся. Лошадей он потерял, по собственноручно сделал плот из семи бревен и выплыл на нем по порожистой реке, фарватер который совершенно не был известен. Эти происшествия отнюдь не охладили пыл неутомимого исследователя. В письме к И. С. Уваровой он замечает: «Мне всегда становится досадно, глядя на роскошную флору нашей, тайги, что ей так мало пользуются и как будто не признают необыкновенных красот. Говорю это как человек лично знакомый с лучшими местностями побережья Средиземного и Адриатического морей… Может быть лучшие часы своей жизни провел я среди той обстановки, где на границе вечных снегов, на голых каменных россыпях растет и цветет во всей красе сибирский рододендрон»{24}.
13 октябре 1886 г. с Д. А. Клеменца был снят надзор полиции. Срок ссылки кончился. Несколько ранее, 18 августа, он женился на начальнице женской гимназии Минусинска Елизавете Николаевне Зверевой. Осенью 1887 г. молодая семья переехала в Томск. На новом месте жилось неуютно, остро ощущалось отсутствие друзей, особенно таких, как П. М. Мартьянов. Дмитрий Александрович скучал по Минусинску и в последующие три года использовал любую возможность навестить близких себе людей и поработать в музее. Даже вернувшись в 1904 г. в Петербург, он ездил вновь в Минусинск, чтобы повидать своего неизлечимо больного учителя. Тогда же, только переехав в Томск, Клеменц писал своему минусинскому другу: «Скучно знаете ли мне как-то без Вас и работа идет вяло. Я так уже привык делиться с Вамп всякой всячиной, что испытываю теперь большое лишение в недостаточности обмена мыслей. Эх, какое будет удовольствие повидаться со всеми Вамп, господа Мипусипцы, да еще весной»{25}. Живя в Томске, Клеменц вынужден был постоянно искать заработок. Он сотрудничал в «Сибирской газете», давал уроки политической экономии, посылал статьи в разные журналы, ибо «за уплатой долгов мало остается на прожиток, а денег нужно, — не голодом же морить молодую жену, а она когда еще найдет себе занятие». В Томске он познакомился и быстро подружился с Г. Н. Потаниным, которого просил похлопотать о получении места в Восточном отделении Сибирского географического общества в Иркутске. По отъезд туда задержался, так как в 1888 г. Клеменц получил право и деньги на раскопки в Енисейской губерний. Разрешение на раскопки имело вид официального документа под названием «Открытый лист на 1888 г.» В нем говорилось: «Выдан этот лист г. Дмитрию Александровичу Клеменцу Императорской Археологической комиссией на право производства археологических раскопок в течение 1888 года на землях казенных, общественных и принадлежащих разным установлениям в пределах Минусинского и других округов Енисейской губернии с обязательством доставить в Комиссию отчет или дневник по произведенным работам, а также при особой описи всех находок наиболее ценные и интересные из найденных предметов…» В паши дни документ, разрешающий вести раскопки тому либо иному лицу, сохранил название «Открытый лист». Он выдается ежегодно Институтом археологии АН СССР. Раскопки без наличия «Открытого листа» считаются незаконными.