Вслед за татарами из Крыма депортировали пятнадцать тысяч греков, двенадцать тысяч болгар, десять тысяч армян. Очень немногие представители этих народностей служили в вермахте, СС или административных оккупационных учреждениях. Поэтому для обоснования высыпки их пришлось обвинять, например, в активном участии
Опасаясь грядущего конфликта с Турцией и западными державами, Сталин путем выселения из Крыма ряда этнических групп стремился добиться преобладания славянского населения. В таком конфликте стратегическое значение Крыма было велико, и Верховный главнокомандующий хотел избавиться от татар и народов других национальностей, которых считал потенциальной «пятой колонной».
Особое положение в годы войны сложилось на Кавказе. Здесь политическое руководство нацистской Германии не предполагало в будущем проводить обширной колонизации и намеревалось предоставить местным горским народам широкую самостоятельность при условии, что те выступят против большевиков. Однако это условие выполнялось еще до начала войны: мусульманские народы Северного Кавказа фактически не прекращали борьбы против Советской власти все предшествующие Второй мировой войне годы.
Коллективизация вызвала здесь активное сопротивление, поэтому властям не удалось установить контроль над местным населением, какой существовал на остальной части территории Советского Союза. Хуторская система расселения, существовавшая в горных районах, препятствовала коллективному ведению хозяйства, хотя земля и угодья издавна находились в общинной собственности. Сильное влияние родовых и семейных связей привело к тому, что даже местные партийные и советские работники больше ориентировались на мнение земляков, а не на приказы из центра, и нередко сами возглавляли антисоветские восстания. Так, в 1932 году в Ингушетии в восстании участвовало более трех тысяч человек под руководством местных секретарей райкомов.
Жестокие карательные операции с применением артиллерии и авиации лишь озлобляли население, поскольку погибало немало мирных жителей. Поэтому многие чеченцы, ингуши, карачаевцы, балкарцы, калмыки ждали солдат вермахта как своих освободителей.
В немецких листовках, которые распространялись в горных районах, говорилось:
И кавказские народы действительно активно боролись с Красной Армией, войсками НКВД и «СМЕРШ», численность которых в мятежных районах значительно уменьшилась. На территориях, занятых вермахтом, карачаевцы и балкарцы вступали в кавказский легион. Туда же стекались и дезертировавшие из Красной Армии представители других народов Северного Кавказа.
В Чечено-Ингушетию войска вермахта не дошли.
Однако большая часть территории республики контролировалась повстанцами, получавшими от немцев оружие и инструкторов. После отступления германской армии советские спецслужбы и войска к осени 1943 года подавили основные очаги восстания на Северном Кавказе, загнав мятежников в труднодоступные горные районы.
Именно тогда было решено провести депортацию.
6 ноября 1943 года в ссылку отправились шестьдесят девять тысяч карачаевцев, в декабре — девяносто три тысячи калмыков, 23 февраля 1944 года вывезены 496 тысяч чеченцев и ингушей, 8 марта — тридцать три тысячи балкарцев.
Для участия в депортации привлекались не только войска НКВД, но и местное русское население. Например, в операции по депортации ингушей и чеченцев, кроме ста тысяч солдат внутренних войск и девятнадцати тысяч оперативных работников НКВД, НКГБ и «СМЕРШ», были задействованы около семи тысяч дагестанцев, три тысячи осетин и сельский актив из русских. Немногочисленные попытки сопротивления жестоко подавлялись. Выселение сопровождалось большой кровью.
Один из чеченцев очевидцев вспоминал:
