После арестов в марте 1798 г. Фицджеральд скрывался в разных местах под разными фамилиями. Ему приходилось необыкновенно много работать над разрешением тысяч крупных и мелких вопросов и затруднений, всегда обступающих главнокомандующего в подготовительный период войны. Тучи шпионов реяли вокруг тех мест, где предполагалось его присутствие; Рейнольдс даже являлся с визитами к леди Фицджеральд и долго по душе с ней беседовал. Ночью 18 мая 1798 г. [12] лорд Фицджеральд пришел к одному из сообщников, Николаю Морфи. За голову Фицджеральда уже официально была назначена награда в тысячу фунтов стерлингов, и приходилось быть настороже. Лорд был нездоров, жаловался на холод. На другой день разнеслись слухи, что были ночью в городе обыски с целью найти вождя заговора. Пришел Самуэль Нильсон с предупреждением быть особенно осторожным. Прибежала затем женщина с узлом из дома Мура, где в это время происходил обыск: ей удалось унести приготовленную военную форму, уже явно указывающую на участие обыскиваемых в готовящемся восстании. Морфи спрятал узел. Часов в семь вечера лорд Фицджеральд лежал на постели в своей комнате, когда Морфи позвал его пить чай. Едва успел он выйти от своего гостя, как натолкнулся на полицейского майора Свэна и солдата, стоявших перед комнатой Фицджеральда. Морфи спросил, что им угодно. Свэн, не отвечая, бросился прямо в комнату. Лорд Фицджеральд в один миг «как тигр» (по словам Морфи) вскочил с постели и, выхватив кинжал, ударил полицейского. Тот выстрелил из пистолета в своего противника, но не попал, после чего бросился из дома, приказав мимоходом солдатам, пришедшим в квартиру, арестовать Морфи. Тогда в комнату Фицджеральда ворвался другой из полицейских офицеров, Райэн, и началась рукопашная свалка. Фицджеральд изо всех сил бил кинжалом Райэна, а пока с лестницы прибывали все новые подкрепления — солдаты и полицейские. Майор Сирр, пользуясь тем, что арестуемый был всецело поглощен борьбой, выстрелил в него и тяжко ранил; серьезную рану получил Райэн от руки Фицджеральда. Тогда на Фицджеральда, быстро ослабевшего от раны, набросились солдаты, но борьба к удивлению их все еще продолжалась. Наконец, сопротивление одинокого и израненного человека окончилось. Пленник был тотчас отвезен в тюрьму и предоставлен докторам. Он мучился долго, 15 дней. Напрасно жена и родственники во все эти дни умоляли о свидании с умирающим, им было это дозволено лишь к часам агонии.
2 июня он впал в беспамятство. «Ступайте, ступайте! Проклятые, ступайте!», — кричал он в бреду так громко, что было слышно за стеной, на улице. На рассвете следующего дня лорд Фицджеральд скончался, не приходя в сознание.
Почти тотчас за арестом Фицджеральда по указаниям Армстронга были арестованы братья Чирсы, причем у них были при обыске найдены бумаги самого компрометирующего свойства, между прочим цифровые данные о 8 тысячах с небольшим (8100) человек, которые должны были восстать в назначенный срок в окрестностях Дублина.
Спустя полтора месяца после ареста их судили (4 июля 1798 г.). Показания Армстронга довершили гибель подсудимых; оба они были приговорены к повешению. Мольбы родных о свидании не привели ни к чему, и братья были казнены через несколько дней после процесса. Восстание осталось без предводителей, ибо пока еще не осужденные руководители общества «Объединенных ирландцев» сидели почти все в тюрьмах в ожидании решения своей участи. Но восстание летом 1798 г. все же вспыхнуло. Оно выразилось не в ряде обдуманных, планомерных массовых действий, а в учащении и усилении тех отдельных кровавых вспышек, внезапных сожжений лендлордских домов, нападений на войска, т. е. тех явлений, которых было немало уже и в 1796–1797 гг. Но теперь, в 1798 г., все это пошло несравненно интенсивнее, и мятеж охватил даже те местности, которых он пока не затронул. Вешания, засекания и пытки шли нескончаемой вереницей, так же как самые свирепые неистовства инсургентов над своими пленниками, что являлось прямым ответом на соответственные поступки лорда Клэра и ему подобных. Настала осень этого страшного 1798 г., мятеж разгорался, и вновь пронеслась по разоренному, истоптанному кавалерией, сожженному и облитому кровью острову радостная весть, что Вольф Тон снова ведет на помощь французов.