В начале октября 1901 года Алексей сообщил родителям:
«Занятия у нас идут полностью, но не на все лекции хожу, так, напр., считаю излишним слушать богословие, иногда пропускаю нач<ертательную> геом<етрию>, т. к. начала ее проходили в реальном. Но уже зато стараюсь не пропускать математики. В самом деле, и предмет-то интересный, и читает Коялович уж больно хорошо. Целые дни просиживаю над чертежами, по вечерам иногда занимаюсь с Мишкой Куст<одиевым>, иногда совершаю путешествие (9 верст) к Ю. В. <…> В общем, занятия совсем обратные реал<ьному> училищу, занимаешься днем. Но скоро придется и покоптеть за книгами, в середине ноября начнутся репетиции, которые нужно по возможности сдать как можно лучше, а то ничего нет легче, как вылететь с первого курса».
Студентам механического отделения на первом курсе в то время читали лекции по богословию и следующим предметам: математика (аналитическая геометрия, высшая алгебра, дифференциальное исчисление и основные сведения из интегрального исчисления), начертательная геометрия, физика, неорганическая химия (металлоиды), теоретическая механика, низшая геодезия, архитектурные формы. Молодых людей также обучали техническому черчению и проводили с ними занятия по архитектурному черчению. Их вели гражданские инженеры А. А. Венсан и А. П. Максимов, а также выпускник Академии художеств (окончил ее в 1891 году со званием классного художника 2-й степени) Е. Е. Баумгартен. Во время учебы в Академии Евгений Евгеньевич получил малую и большую серебряные медали (1889) и малую золотую медаль.
Е. Е. Баумгартен также руководил занятиями рисованием (4 часа в неделю). Вероятно, во время этих занятий у А. Н. Толстого родилась мысль стать художником. Она владела сознанием молодого человека в течение нескольких лет.
О том, с каким окружением он столкнулся в институте, Алексей написал матери 11 октября 1901 года:
