Кроме того, НКВД создал отдельное Управление особых отделов (или ОО), которое контролировало все особые отделы в действующих фронтах и армиях, организовывало контрразведывательные операции и действия агентов в тылу вермахта.
В то же самое время НКВД реорганизовал пограничные войска, разбив их на комендатуры, полки и отряды и возложив на них ответственность за обеспечение безопасности в пограничных областях Советского Союза. Теперь пограничный полк имел в своем составе 800-1000 человек, состоял из трех батальонов по шесть-семь рот, разведроты, медицинского, транспортного взводов и взвода химзащиты. Такие полки служили основным «строительным материалом» новых пограничных войск НКВД. По оценкам немецкой разведки, пограничные войска НКВД к 1 января 1943 года имели в своем составе от 100 000 до 160 000 бойцов.
В конце 1943 года и в 1944 году НКВД сформировал дополнительные полки и отряды пограничных войск для охраны новых границ Советского Союза и обеспечения внутренней безопасности на территориях, освобожденных от немецкой оккупации, особенно в Прибалтийских республиках, Белоруссии и на Украине. Например, в августе 1944 года 1-й Белорусский фронт использовал 157-й, 127-й и 18 пограничные полки в восточной Польше против войск Комитета Польского Национального Освобождения, а 1-й Украинский фронт применял схожим образом 2-й, 16-й и 83-й пограничные полки для борьбы с силами украинских националистов в Западной Украине.[307] С другой стороны, когда в последний год войны протяженность боевого фронта сильно сократилась, НКВД часто проводил сокращения своей войсковой структуры, сливая полки.[308]
К середине 1943 года Управление внутренних дел НКВД управляло наиболее важными войсками НКВД, включая внутренние, конвойные, железнодорожные и охранные войска. Управление свело эти войска в дивизии, бригады и полки — последние либо входили в состав дивизий, либо действовали отдельно. Эти дивизии, бригады и полки являлись полностью боеспособными войсками, развернутыми для поддержки фронтов Красной Армии либо действовавшими отдельно под началом Главного Управления войск НКВД. Структура стрелковых (и мотострелковых) дивизий НКВД была гибкой: каждая имела по восемь полков, в ряде случаев моторизованных и кавалерийских, а также различные отдельные батальоны. Кроме того, некоторые дивизии имели артиллерийский дивизион или даже полк, во всех дивизиях имелись отдельные части, в том числе противотанковый и саперный батальоны той же организации, что и в стрелковых Дивизиях Красной Армии, а также отдельные разведывательные и снайперские роты. Численность этих дивизий варьировалась в диапазоне от 8 000 до 14 000 человек.
В военное время бригады НКВД первоначально формировались в составе нескольких полков, а позже — различного числа отдельных батальонов и вспомогательных подразделений, насчитывая примерно по 5000 бойцов каждая. Стрелковый полк НКВД состоял из штаба со взводами разведки, химической разведки и саперов, разведроты, трех стрелковых батальонов, противотанковой батареи (четыре 45-мм орудия), минометной роты (четыре 82-мм и восемь 50-мм минометов) и роты противотанковых ружей (27 штук). На самом нижнем командном уровне каждый из стрелковых батальонов состоял по меньшей мере из трех, а иной раз даже девяти стрелковых рот и пулеметного взвода общей численностью как минимум в 397 человек.
Вдобавок к дивизиям, бригадам и полкам внутренних войск, а также железнодорожных, конвойных и охранных войск НКВД сформировал несколько отдельных соединений, выполнявших на протяжении всей войны важные и высокоспециализированные, но куда менее заметные задачи. Наиболее важным из этих соединений была так называемая
ОМСБОН ведет свою историю от 27 июня 1941 года, когда Политбюро ЦК КПСС и НКО предписали НКВД создать особую группу отрядов, «предназначенных главным образом для ведения разведывательно-диверсионной деятельности в фашистском тылу». Первоначально эти войска состояли из двух бригад, а также саперно-подрывной и автотранспортной рот и роты связи. Однако в октябре 1941 года НКВД реорганизовал эти войска в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения, состоявшую из двух мотострелковых полков, отдельных рот боевого охранения, саперной и связной, медицинской и парашютно-десантной служб, нескольких училищ и авиачасти. В октябре 1943 года НКВД преобразовал ОМСБОН в Особый отряд для выполнения задач, поручаемых Центральным (Главным) Управлением НКВД, НКГБ (Народным Комиссариатом Государственной Безопасности) и командованием 2-й мотострелковой дивизией НКВД, в подчинении у которой бригада состояла с октября по декабрь 1941 года.[310]
