Сотрудничая с Институтом социальных исследований, Хабермас, тем не менее, с самого начала демонстрировал независимую интеллектуальную ориентацию. В 1957 г. написанная Хабермасом статья стала причиной раздора с директором Института, Максом Хоркхаймером, Хабермас настаивал на критическом образе мысли и практических действиях, но Хоркхаймер опасался, что такая позиция может представлять собой опасность для Института, который финансировался из бюджета. Хоркхаймер настоятельно рекомендовал уволить Хабермаса из Института: «Вероятно, перед ним хорошая, или даже блестящая, писательская карьера, но Институту он бы только причинил огромный вред» (цит. по Wiggershaus, 1994, p. 555). В конце концов, статью опубликовали, но не под патронажем Института и фактически без упоминания о нем. В конечном счете, Хоркхаймер создал Хабермасу невозможные условия работы, и тот уволился.
В 1961 г. Хабермас стал приват-доцентом и защитил свою вторую диссертацию в Марбургском университете. К тому времени Хабермас уже опубликовал ряд заметных работ, и был рекомендован на место преподавателя философии Гейдельбергского университета еще до защиты второй диссертации. В Гейдельберге он оставался до 1964 г., а затем перешел в университет Франкфурта на должность преподавателя философии и социологии. С 1971 по 1981 год он возглавлял Институт Макса Планка. Хабермас вернулся во Франкфуртский университет на место преподавателя философии, а в 1994 г., выйдя в отставку, стал заслуженным профессором этого университета. Он получил ряд престижных академических наград и был удостоен титула почетного профессора нескольких университетов.
