В 1938 г. Коротков отозван в Москву и переведен в резерв назначения. В 1939 г. был уволен из органов НКВД, но не побоялся написать письмо на имя Л. П. Берии. Друзья и близкие посчитали, что он просто сошёл с ума: обжаловать решение Берии в письме на имя того же Берии! Более того, в письме не только опровергались возможные мотивы увольнения, но и высказывалось желание вернуться в разведку. Изумление родных и близких Александра Короткова было запредельным после того, как он, действительно, был восстановлен на службе в разведке. Семья не знала, что делать - радоваться или ждать ближайшими ночами ареста отважного разведчика. К счастью, всё не только обошлось, но Коротков даже получил повышение: c апреля 1939 г. становится старшим уполномоченным, а с мая 1939 г. - заместителем начальника 1-го (немецкого) отделения 5-го отдела ГУГБ НКВД.
В конце 1939-го Коротков выезжал в загранкомандировки в Данию и Норвегию под прикрытием должности дипкурьера НКИДа. В июле 1940-го был направлен на месяц в Германию под прикрытием стендиста по обслуживанию советских выставок в Кенигсберге и Лейпциге для восстановления связи с особо ценными источниками, работа с которыми была законсервирована в 1936-1938 гг. В конце августа 1940-го вновь возвращается в Берлин в качестве заместителя резидента легальной резидентуры под прикрытием должности 3-го секретаря полпредства СССР в Германии. Там он активизировал восстановленные связи, в частности, с Вилли Леманом ("Брайтенбахом"), установил личные контакты с руководителями антифашистского подполья Харро Шульце-Бойзеном ("Старшиной"), Адамом Кукхофом ("Стариком"), Куртом Шумахером ("Тенором"). От этих антифашистов резидентура получала наиболее ценную информацию о подготовке Германии к нападению на Советский Союз.
В первые дни войны, когда здание советского полпредства в Берлине было блокировано гестапо, A. Коротков, рискуя жизнью, сумел несколько раз выехать в город для проведения встреч с агентурой, постановки задач и передачи радиостанции для связи с Центром. Вскоре в числе интернированных сотрудников Полпредства СССР в Германии он вернулся в Москву. С августа 1941 г. - заместитель начальника, а с октября 1941-го - начальник 1-го отдела (разведка в Германии и на оккупированных ею территориях) 1-го управления НКВД СССР. Координировал операции по организации связи с агентурой, руководил подготовкой агентов-нелегалов и их выводом на территорию противника.
В 1943-1944 гг. Коротков выезжал в Тегеран и дважды в Афганистан для выполнения специальных заданий по ликвидации германской агентуры в этих странах, действуя под фамилией полковника Михайлова. С 20 октября 1945 г. по 19 января 1946 г. находился в Берлине в качестве резидента объединённой резидентуры внешней разведки в Германии и заместителя политического советника при СВАГ. С мая 1946 г. A.M. Коротков - начальник управления "1-Б" (нелегальная разведка) и заместитель начальника ПГУ МГБ СССР.
В последующие годы работал начальником 4-го управления (нелегальная разведка) Комитета информации при Совете Министров СССР, заместителем начальника Бюро 1 МГБ СССР по разведке и диверсиям за границей, заместителем начальника ПГУ МГБ СССР, начальником управления "С" (нелегальная разведка), заместителем начальника и и. о. начальника ВГУ МВД СССР, начальником отдела HP ВГУ (нелегальная разведка), и. о. начальника Спецуправления (НР - нелегальная разведка), врио заместителя начальника ПГУ, начальником Спецуправления и заместителем начальника ПГУ КГБ при Совете Министров СССР. С 23 марта 1957 г. Коротков - Уполномоченный КГБ по координации и связи с МГБ (Министерство государственной безопасности) и МВД ГДР, действовал под прикрытием должности советника Посольства СССР в ГДР.
Был награждён орденом Ленина (25.06.1954), шестью орденами Красного Знамени (1944,1945 и в последующие годы), орденом Отечественной войны 1-й степени (1945), двумя орденами Красной Звезды (1943, 1944), а также многими иными государственными наградами Советского Союза и стран Варшавского Договора и социалистического содружеств.
***
