Канарис был связан с заговорщиками, которые планировали свержение гитлеровского режима накануне вторжения в Чехословакию. Среди наиболее активных заговорщиков были подполковник абвера Ганс Остер и и майор абвера Гельмут Гроскурт, разработавшие тайный план свержения Гитлера и нацистского режима в том случае, если Германия начнёт войну с Чехословакией из-за Судетской области при участии других офицеров и генералов Вермахта, не желавших втягивания Германии в военные авантюры Гитлера. Участники заговора планировали физическое устранение Гитлера и свержение нацистского режима военной силой, после чего предполагалось восстановить монархию во главе с принцем Вильгельмом Прусским, внуком отречённого императора Вильгельма II. Заговорщики также посвятили в свой план министра иностранных дел Эрнста фон Вайцзеккера и дипломатов Теодора Кордта и Эриха Кордта. Теодор Кордт имел налаженные контакты с англичанами, от которых зависел успех заговора, поскольку требовалось чтобы Англия заняла жёсткую позицию в отношении планов Гитлера по захвату Судетской области. Однако Невилл Чемберлен, опасаясь возможности новой большой войны, предпочёл политику умиротворения Гитлера, что в итоге привело к заключению Мюнхенского договора и передаче Германии стратегического района Чехословакии. Это уничтожило все шансы на успех заговора, поскольку дипломатический успех Гитлера привёл к небывалому росту его популярности внутри Германии.
С 1 января 1940 года — в звании адмирала. В 1940 году получил сведения о планах Великобритании по захвату норвежских портов; эта информация, переданная командованию германского флота, дала возможность вермахту быстро осуществить оккупацию Норвегии. В это же время завязал прямые контакты с начальником британской разведки Стюартом Мензисом. Канарис спас от уничтожения более 500 евреев, переправив их за пределы рейха (в основном в Испанию и Португалию) как агентов абвера.
И теперь Канарис после ознакомления с отчетами своих подчиненных задумался и прикрыл глаза. Во всех приграничных округах сбивают самолеты-разведчики, начата массовая эвакуация населения и под видом военных сборов Советы проводят мобилизацию. Почти все войска выведены из Брестской крепости на назначенные по мобилизационному плану рубежи южнее города Брест. Идет интенсивное минирование границы и подготовлены к взрыву ряд стратегических мостов. Все говорило о том, что Сталин каким-то образом прознал про план Барбаросса и нападение на Советский Союз не станет сюрпризом. Канарис решился — он промолчит, пусть этот…банутый ефрейтор впервые получит по зубам. А он подготовит самолет и последует примеру сбежавшего одного из вождей нацистской Германии Рудольфа Гесса, имевшего репутацию одного из главных англофилов Третьего рейха.
Сталин заслушивал наркомов обоих карательных органов. Первым высказался Меркулов — Допрос бывшего командующего Павлова подтвердил все обвинения, которые вместе с ним прислали товарищи Пономаренко, Цанава и Матвеев. Он сознательно привел Белорусский особый округ до состояния, позволяющего немцам с наименьшими потерями дойти до Москвы. Этот враг народа из проведенной штабной игры на картах сделал выводы и углубил и без того страшное положение наших войск. По сути, он решил пожертвовать сотнями тысяч красноармейцев ради желания отомстить за репрессии в армии и в первую очередь за высший комсостав. Ради этого он добился того, чтобы на брестском направлении у Красной армии не было противотанковой артиллерии. По предварительному сговору с командованием дивизий и соединений в составе Двадцать девятого стрелкового корпуса, сформированного из бывшей армии Литвы, причем войска корпуса сохранили литовскую форму одежды с нашитыми на неё советскими знаками различия, корпус почти не окажет сопротивления, и противник очень быстро выйдет в тыл минской группировке через Литву, из-за чего придется сдать Минск и всю линию укреплений вдоль старой границы СССР, к тому же разоружённую.
Сталин побледнел и вызвал помощника — Немедленно вызвать все командование РККА и флота. — затем кивнул — Продолжайте!
— Начальник штаба округа Климовских полностью оказался зависим от Павлова и боялся выступать против его очевидных вредительских решений. Гражданин Павлов планировал после поступления приказа о выводе войск в места их дислокации по мобилизационному плану отправить красноармейцев без патронов.
